FLASH 模拟程序学习笔记（2）

FLASH 的基本组织结构

FLASH主要部分是用Fortran编写的，但是利用不同的文件夹层次，使得该程序具有类似C++的继承特性。了解FLASH的代码组织结构是非常有益的。FLASH利用文件夹将具有相似功能的代码聚集起来，构成一个单元。利用FLASH提供的这些单元的公共接口（API函数），用户构建自己的应用程序来解决特定的科学问题。

FLASH的文件结构

FLASH主目录下的文件夹如下图所示。

source文件夹

图中的source文件夹是FLASH的核心部分，该目录下的每个文件夹代表一个单元。其中用户的应用程序在Simulation单元下构建，构建方法后面再介绍。每个单元下还包含一系列文件夹，其中每个子文件夹均继承了父文件夹提供的函数的功能，并且子文件夹里的函数在构建的应用程序中具有更高的优先级。在下图中右下角的结构展示了Simulation单元的目录结构。每个单元下具有一个以单元名Main命名的目录，来实现该单元的主要功能，同级的其他目录用来进行单元需要的私有功能的实现。Main目录下可以有其他子文件夹（代表一个子单元），不同的字单元必须实现不同的API接口，即不能有相同的函数。每个子单元下可以有不同的目录结构，字单元下的同级文件夹表示对同一个函数功能接口的不同实现。

用户的应用程序文件夹里的函数一般属于目录层次的最里层，因而在编译时具有最高的调用优先级。FLASH为每个API接口函数实现了一个默认的功能，放在父文件夹的函数里，如果用户要修改该API函数的实现，只需要在应用程序文件夹下写一个相同的名字的函数就可以了。

不同的单元之间的调用只能通过FLASH提供的API来进行。同一个单元可能具有不同的实现，但是这些实现具有相同的接口。因此对其他单元来说，实现的细节就可以被隐藏了。

bin文件夹

程序的构建采用python脚本自动提取和生成可执行程序所需的代码和资源，使得极大的简化了用户根据自己的科学问题进行建模的流程，脚本放在bin目录下。

tools文件夹

对运行的结果可以采用IDL程序或者python进行分析，放在tools目录下。这些分析软件可能并不是很好用，但是用户可以很方便的调用成熟的软件如VisIt，Paraview等进行可视化分析，或者编写自己的python工具进行分析。

sites文件夹

这个文件夹主要设置服务器相关的一些配置文件，用户可以针对不同的计算服务器进行不同的配置，提高程序的运行效率和正确性。

lib文件夹

这里可以将FLASH要求的库安装在这里，但是并不是必须的，这个文件夹可以忽略。

FLASH的功能结构：

FLASH从功能上主要分为5类，如下图所示。五个部分的功能分别为：

• Infrastructure:
  
  • 主要提供一个服务性功能，如运行时参数的管理、IO的处理、 网格的管理等
  • 文件夹： ./FLASHX.Y/source/[RuntimeParameters | IO | Grid | numericalTools]
• Physics:
  
  • 主要是针对特定物理问题的偏微分方程的求解算法
  • 物理问题包括：Hydra（流体力学）、EOS（物态方程）和Gravity（引力）
  • 文件夹：./FLASHX.Y/source/[Particles | physics]
• Driver:
  
  • 主要是时间推进算法以及不同的单元之间的相互通信
• Simulation:
  
  • 使用FLASH最主要的部分，用来构建和执行特定的科学问题的模拟。
• Monitor:
  
  • 检测程序的运行状态，如运行时间、日志文件等