Nanopore base-calling from a perspective of instance segmentation阅读笔记
思想:将碱基检测任务当做一种多类标签分割任务。
2 方法
流程有两个:
1. UR-net分割信号和碱基检测;
2. 后处理,负责合并碱基成完整的read。
后处理
这个简单所以先介绍这个。后处理有两步。首先,接收网络输出的标签,并将连续重复的标签折叠为一个,然后,将标签映射到A,C,G,T{A,C,G,T}A,C,G,T。
其中网络的输出碱基值值范围有:(A1,A2,C1,C2,G1,G2...
原创
2019-10-18 21:35:30 ·
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