R的for循环非常慢,当看见这句话时:Thanks to the abstractions provided by Rcpp, the code implementing gibbs in C++ is nearly identical to the code you’d write in R, but runs 20 times faster.采用Rcpp实现R和C++的无缝连接是非常有必要的,至少从效率上讲。下面简单的介绍下我的初步成果:
首先在R里面安装包Rcpp:install.packages('Rcpp')
然后编写自己的c++文件,假设在Rstudio里面编写c/c++ script 如下:一个简单的循环输出循环变量程序
#include <Rcpp.h>//必须的头文件
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
void gibbs(int N, int thin) {
for(int i = 0; i < N; i++) {
for(int j = 0; j < thin; j++) {
std::cout<<i<<" "<<j<<std::endl;//可以在前面using namespace std;
}
}
//return(N);//可以定义返回值和函数返回值相同然
}
//下面是R脚本程序
/*** R
#格式非得这样:/*** R
gibbs(3,1)
*/
脚本输出: