Linux every day

1.shell 常用命令

root to ylx or zdx
chown -R root:zdx *
chown -R zdx *

tar .bz2
tar jxvf *.tar.bz2
scp usename@ip:/home/suename/master . #从服务器上复制文件到当前目录，若是文件夹则加 -r 

ps aux | grep name | cut -b number1-number2 #获取进程IDcat 11.txt | sed 's/\//  /g' #将斜杠替换成空格
grep Converged name.log -A4 #查看收敛情况

sed -i '$a \589nm\n\n\n' *.gjf  #最后添加一行东西解释：数字1，是说只对第一行执行操作，i代表在insert（熟悉vim的同学应该知道，i会在当前字符的前面插入，a是在后面插入），因此，1i就表示在将Employee, EmpId插入到第一行之前，
sed -i '1i %nproc=4\n%mem=20GB' *.gjf  #在开头加参数
sed -i '1i %nproc=1\n%mem=10GB' *.gjf
sed -i "s/6-31++G\*\*/6-31g\*\*/g" `grep "6-31++G\*\*/" -rl * | grep .gjf`
sed -i "s/\#Put Keywords Here, check Charge and Multiplicity./\#p cphf=rdfreq b3lyp\/6-311g\*\* scrf=(smd,solvent=methanol) polar=optrot td=(nstates=20)/" `grep "\#Put Keywords Here, check Charge and Multiplicity." -rl * | grep .gjf`
sed -i "s/6-311g\*\*/6-31g\*/g" `grep "6-311g**" -rl * | grep .gjf`   cphf=rdfreq    polar=optrot

ls */* | grep ':' | tr -d ':'   #文件及二级文件

ls * |cut -d '.' -f1    #切除.以后的
sed -i '1i %chk='${var}'.chk' $var.gjf  #在文档第一行添加%chk=var.chk
sed -i 'nd' *.gjf   #删除第n行
sed '2,$d' -i aa.txt  #这条命令是 删除从第2行（包括第2行）到文件末尾的所有行
sed -ie  's/C;/ /g'  A.txt  #(将"C;"替换为空就相当于删除）

grep ^vivek /etc/passwd  #你可以分别使用 ^ 和 $ 符号来正则匹配输入行的开始或结尾。下面的例子搜索显示仅仅以 vivek 开始的输入行

2.查找含有特定字符的目录文件，并将完整目录及文件

ls */*/docking_pdbqt|grep ':'|tr -d ':'>> train_id.txt
for var in `cat train_id.txt`
do
cp train_id.txt train_id_modify.txt
sed -i "s/\/docking_pdbqt/ /g" train_id_modify.txt
cat train_id_modify_test.txt | grep '/' | cut -d '/' -f1 >> train_id_modify_uid.txt
done

for i in `cat train_id_modify_uid.txt`
do
cp -r $i train/$i
done

ps -ef | grep '/bin/sh -c docking.py' | grep -v grep | awk '{print $11}' | cut -c 36-46 >> rm_ID.txt
for R in `cat rm_ID.txt`
do
rm -rf train/$R
done

for r in `ls`
do
mv train_*.txt log/
done