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先思考再行动
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绘制heatmap
我们在分析了差异表达数据之后,经常要生成一种直观图--热图(heatmap)。这一节就以基因芯片数据为例,示例生成高品质的热图。比如钢蓝渐白配色的热图首先还是从最简单的heatmap开始。> library(ggplot2)> library(ALL) #可以使用biocLite("ALL")安装该数据包> data("ALL")>转载 2014-01-10 21:14:58 · 3592 阅读 · 0 评论 -
miRNA的命名规则
一、miRNA的定义miRNA(microRNA)是一组由基因组编码的长度约17~25个核苷酸的非编码RNA,通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。miRNA在物种进化中相当保守,在植物、动物和真菌中发现的miRNA大部分在特定的组织和发育阶段表达。miRNA的组织特异性和时序性,决定组织和细胞的功能特异性,表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节转载 2014-01-11 11:30:01 · 5299 阅读 · 0 评论 -
将GEO的soft 数据转换为expression matrix
#从soft文件中得到mRNA 和 miRNA 的表达值#或者在命令行直接运行 getgeo --file=GSE16441_family.soft #【若soft 数据在多个platform上得到的,就分别运行】 use Microarray::GEO::SOFT; use Cwd; # initialize my $soft = Micr原创 2014-03-08 21:47:32 · 8949 阅读 · 2 评论 -
bioinformatics databases
各种类型的数据库,仅供参考,希望大家一起补充综合数据库★ INSD,国际核酸序列数据库(International Nucleotide Sequence Databank)。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。★ EMBL库,欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 http://www.ebi.ac.uk/embl.html转载 2014-06-10 10:04:56 · 5143 阅读 · 0 评论 -
如何在NCBI实现大批量数据的一一对应
有时我们手头会有一批数据,或者是只有大量的某些id。比方说:accession number、gi、geneid、symbol、go、unigene、pubmed、taxid等等。事实大部分数据库都会有提供一些专门的文件或工具来实现这些数据间大批量的一一对应。先来讲讲NCBI的。用FTP登陆ftp.ncbi.nih.gov(windows下可以直接打开或是用迅雷/Flastge转载 2014-07-30 20:51:13 · 3607 阅读 · 0 评论