shell 常用命令

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文件处理

sed -i "s/jack/tom/g" test.txt  # 替换jack为tom
awk 'NR%4==1' filename  #提取文件4倍数行
sed /^$/d wuhui.txt  #删除空白行

安装命令

sudo apt-get install pack #可以更换源： /etc/apt/sources.list
sudo gdebi pack.deb     #安装deb软件
aptitude  #自动安装依赖 可替代apt-get


# python 
pip install -i https://pypi.douban.com/simple pandas #更换源：~/.config/pip/pip.conf
# index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
conda install pandas  # 源：~/.condarc

# R
install.packages(c("cowplot","ggpubr"))  #源：~/.Rprofile
# options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

SHELL

# 杀死进程
kill -9 id
pgrep -l bwa  //根据名字搜索
pkill bwa   //根据名字kill