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原创 Linux关机命令

【转自】http://oucmsc.blog.163.com/blog/static/1263403282011818115447808/shutdown -h now然后回车,就走人。下面我把常用的几个与关机有关的命令的用法解说一下。     Linux有三个关机命令:halt,shutdown,和poweroff;另外还有重启命令reboot。...

2017-04-29 16:42:47 172

原创 Linux关机命令_圈圈Bio_新浪博客

【转自】http://oucmsc.blog.163.com/blog/static/1263403282011818115447808/shutdown -h now然后回车,就走人。下面我把常用的几个与关机有关的命令的用法解说一下。Linux有三个关机命令:halt,shutdown,和poweroff;另外还有重启命令reboot。shutdown...

2017-04-29 16:42:47 61

原创 shell脚本-合并两个文件夹下同名文件

目录下有两个文件夹170103、170123,里面包含的文件名相同,需要把这些文件合并,生成新的文件在本目录shell代码a=170103 #文件夹ab=170123 #文件夹bfor i in `ls $a`doecho $icat $a/$i $b/$i >> $idone以前整理的:http://www.jian...

2017-04-28 14:24:12 2817

原创 shell脚本-合并两个文件夹下同名文件_圈圈Bio_新浪博客

目录下有两个文件夹170103、170123,里面包含的文件名相同,需要把这些文件合并,生成新的文件在本目录shell代码a=170103 #文件夹ab=170123 #文件夹bfor i in `ls $a`doecho $icat $a/$i $b/$i >> $idone以前整理的:http://www.jianshu.com/...

2017-04-28 14:24:12 296

原创 shell脚本-批量替换文件中的多组字符串

处理文本文件,以前一般用python,但一些简单的任务,感觉用shell还是更高效,代码也更简洁。任务:把文件input.txt中的字符AAAA 替换为aaaaABBBB替换为bbbbBXYZ替换为xyz准备文件:首先建一个文件replace_word.txt,存放替换的词,内容如下(空格隔开,被替换词与替换词):AAAA     aaaaABBB...

2017-04-28 14:02:56 1231

原创 shell脚本-批量替换文件中的多组字符串_圈圈Bio_新浪博客

处理文本文件,以前一般用python,但一些简单的任务,感觉用shell还是更高效,代码也更简洁。任务:把文件input.txt中的字符AAAA 替换为aaaaABBBB替换为bbbbBXYZ替换为xyz准备文件:首先建一个文件replace_word.txt,存放替换的词,内容如下(空格隔开,被替换词与替换词):AAAA aaaaABBBB ...

2017-04-28 14:02:56 92

原创 [转载]NCBI字母表示大全

原文地址:NCBI字母表示大全作者:小熊出没 

2017-04-27 15:21:04 490

原创 [转载]NCBI字母表示大全_圈圈Bio_新浪博客

原文地址:NCBI字母表示大全作者:小熊出没

2017-04-27 15:21:04 149

原创 在线画图工具-CCA与RDA分析

网站:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/006-CCA_RDA/RDA分析(Redundancyanalysis),即冗余分析,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析。RDA或CCA的选择问题:RDA是基于线性模型,CCA是基于单峰模型。一般我们会选择CCA来做直接梯度分析。但是如果CCA排序的效果不太好,...

2017-04-27 09:44:21 13586

原创 在线画图工具-CCA与RDA分析_圈圈Bio_新浪博客

网站:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/006-CCA_RDA/RDA分析(Redundancyanalysis),即冗余分析,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析。RDA或CCA的选择问题:RDA是基于线性模型,CCA是基于单峰模型。一般我们会选择CCA来做直接梯度分析。但是如果CCA排序的效果不太好,就可以考虑是不是...

2017-04-27 09:44:21 1091

原创 在线画图工具-chord diagram和弦图

网站:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/005-chord_diagram/和弦图(chord),根据弧度大小反应样本与OTU之间的数量关系,根据中间颜色的对应关系,直观的看出样本与OTU的丰度关系使用教程:导入表格示例:更多画图工具:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps使用问...

2017-04-27 09:39:37 11910

原创 在线画图工具-chord diagram和弦图_圈圈Bio_新浪博客

网站:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/005-chord_diagram/和弦图(chord),根据弧度大小反应样本与OTU之间的数量关系,根据中间颜色的对应关系,直观的看出样本与OTU的丰度关系使用教程:导入表格示例:更多画图工具:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps使用问题欢迎留言 ...

2017-04-27 09:39:37 1225

原创 在线画图工具-tree_barplot聚类树加柱形图

网址:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/004-tree_barplot/聚类树加柱形图:计算样本之间的相似性,使用cluster聚类分析,此工具有多种距离及聚类算法(vegan包)。使用说明:与柱形图类似,可调整legend大小,列数默认距离算法:bray默认聚类方法:complete示例:tree barp...

2017-04-27 09:36:00 2072

原创 在线画图工具-tree_barplot聚类树加柱形图_圈圈Bio_新浪博客

网址:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/004-tree_barplot/聚类树加柱形图:计算样本之间的相似性,使用cluster聚类分析,此工具有多种距离及聚类算法(vegan包)。使用说明:与柱形图类似,可调整legend大小,列数默认距离算法:bray默认聚类方法:complete示例:tree barplot.png...

2017-04-27 09:36:00 579

原创 在线画图工具-barplot柱形图

网址:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/003-barplot/柱形图(barplot),在Excel中也可以画,但是修改一些配色还是挺麻烦的使用说明:上传表格,列名将作为样本名。当样本数很多时,可调整图形宽度与高度。示例:更多画图工具:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps使...

2017-04-27 09:31:56 1634

原创 在线画图工具-barplot柱形图_圈圈Bio_新浪博客

网址:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/003-barplot/柱形图(barplot),在Excel中也可以画,但是修改一些配色还是挺麻烦的使用说明:上传表格,列名将作为样本名。当样本数很多时,可调整图形宽度与高度。示例:更多画图工具:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps使用问题欢迎留言 ...

2017-04-27 09:31:56 155

原创 在线画图工具-heatmap热图

网址:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/002-heatmap.2/热图(heatmap),使用颜色的深浅,或颜色的变化来反应数据值的大小。使用说明:与venn图类似,上传制表符或“,”分隔的表格,可以选择是否中心化数据。修改图表标题热图示例:更多画图工具:http://www.qplot.cn:3838/samp...

2017-04-27 09:29:02 10959

原创 在线画图工具-heatmap热图_圈圈Bio_新浪博客

网址:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/002-heatmap.2/热图(heatmap),使用颜色的深浅,或颜色的变化来反应数据值的大小。使用说明:与venn图类似,上传制表符或“,”分隔的表格,可以选择是否中心化数据。修改图表标题热图示例:更多画图工具:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps...

2017-04-27 09:29:02 787

原创 在线画图工具-venn维恩图

网址:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/001-venn/plot venn维恩图,也叫文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示。可以表示集合与集合之间的相互关系。使用说明:此工具最多只能做5个集合的venn图。使用介绍:上传表格文件(CSV格式、或制表符分隔的文件),将以第一列为行名,计算每列非0的OTU集合。示例数...

2017-04-27 09:22:45 8100

原创 在线画图工具-venn维恩图_圈圈Bio_新浪博客

网址:http://www.qplot.cn:3838/sample-apps/001-venn/plot venn维恩图,也叫文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示。可以表示集合与集合之间的相互关系。使用说明:此工具最多只能做5个集合的venn图。使用介绍:上传表格文件(CSV格式、或制表符分隔的文件),将以第一列为行名,计算每列非0的OTU集合。示例数据:VEN...

2017-04-27 09:22:45 542

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