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文章平均质量分 87
luobiubiu
这个作者很懒,什么都没留下…
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hmmbuild结果文件解读:hmm文件
这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题,有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能,丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Markdown编辑器你好! 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Mar原创 2022-08-26 22:02:46 · 1046 阅读 · 0 评论 -
同源基因功能注释:pfam-COG-eggng-COG
pfamscan#安装hmmerconda install hmmer#下载pfam数据库,这里文件下载到哪里都可,记住库地址就行wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam33.1/Pfam-A.hmm.gzgzip -d Pfam-A.hmm.gz得到 PFAM 数据库的 HMM 文件。 HMM 文件是文本文件,需要将其变成二进制格式,以加快运算速度,同时进行压缩,并建立成索引数据库。hmmpress Pfam-A原创 2021-11-03 11:09:46 · 1276 阅读 · 0 评论 -
roary数据输入,参数设置,结果文件
1.数据输入(1)Roary 的输入端需要 gff 格式的数据文件。由于 NCBI 下载的 gff 是不含核酸序列的 gff 格式文件,无法直接用来分析。Prokka 生成的 gff 格式文件包含核酸序列,所以可以下载 NCBI 上的 fna 文件然后用 prokka 注释后再用 roary 分析。(2)所有参与计算的gff放进一个文件夹2.参数设置(1)roary 用 blastp 对 gff 文件中的序列进行 orthologs 分析,获得 pangenome 和 coregenome 结果,还原创 2021-10-13 10:56:13 · 4328 阅读 · 1 评论 -
Krona绘制物种或功能组成圈图
简介:Krona采用多图层饼图,交互式探索层级数据。软件同时支持Linux命令行脚本和图片界面下Excel插件+模板,方便所有用户使用。结果为html网页文件,可用浏览器方便交互式查看。linux安装应该是最新的安装方法,不知道为什么conda找不到资源#安装wget https://github.com/marbl/Krona/releases/download/v2.8/KronaTools-2.8.tar #或者下载到本地,再上传至服务器 tar vxf KronaTools-2.8.ta原创 2021-11-09 15:26:25 · 2334 阅读 · 2 评论