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2022-08-26 22:02:46
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原创 Krona绘制物种或功能组成圈图
简介：Krona采用多图层饼图，交互式探索层级数据。软件同时支持Linux命令行脚本和图片界面下Excel插件+模板，方便所有用户使用。结果为html网页文件，可用浏览器方便交互式查看。linux安装应该是最新的安装方法，不知道为什么conda找不到资源#安装wget https://github.com/marbl/Krona/releases/download/v2.8/KronaTools-2.8.tar #或者下载到本地，再上传至服务器 tar vxf KronaTools-2.8.ta
2021-11-09 15:26:25
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原创 同源基因功能注释：pfam-COG-eggng-COG
pfamscan#安装hmmerconda install hmmer#下载pfam数据库，这里文件下载到哪里都可，记住库地址就行wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam33.1/Pfam-A.hmm.gzgzip -d Pfam-A.hmm.gz得到 PFAM 数据库的 HMM 文件。 HMM 文件是文本文件，需要将其变成二进制格式，以加快运算速度，同时进行压缩，并建立成索引数据库。hmmpress Pfam-A
2021-11-03 11:09:46
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原创 roary数据输入，参数设置，结果文件
1.数据输入（1）Roary 的输入端需要 gff 格式的数据文件。由于 NCBI 下载的 gff 是不含核酸序列的 gff 格式文件，无法直接用来分析。Prokka 生成的 gff 格式文件包含核酸序列，所以可以下载 NCBI 上的 fna 文件然后用 prokka 注释后再用 roary 分析。（2）所有参与计算的gff放进一个文件夹2.参数设置（1）roary 用 blastp 对 gff 文件中的序列进行 orthologs 分析，获得 pangenome 和 coregenome 结果，还
2021-10-13 10:56:13
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空空如也
空空如也
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