Linux安装HDF5及遇到的问题总结

ubuntu版本:16.04.2   64位

从HDF官网(https://support.hdfgroup.org/HDF5/)上下载hdf5-1.8.17.tar.gz

简要安装步骤如下:(详细步骤:hdf5-1.8.17/release_docs/INSTALL)

            $ gunzip < hdf5-X.Y.Z.tar.gz | tar xf -   #解压缩
            $ cd hdf5-X.Y.Z
            $ ./configure --prefix=/usr/local/hdf5  #安装路径
            $ make
            $ make check                # run test suite.
            $ make install
            $ make check-install        # verify installation.

注:X.Y.Z是HDF版本

安装成功后,在安装目录/usr/local下出现hdf5文件夹,打开后

在/share/hdf5_examples/下是示例程序。打开c文件夹,下面我们来测试。该文件夹下有个名为run-c-ex.sh文件,执行该文件可以将c目录下所有.c文件执行。


运行命令  $ sudo ./run-c-ex.sh

即可得到所有文件的执行结果。


打开run-c-ex.sh文件可查看该文件内容如下


下面我们来讲怎么执行单个.c文件,以/usr/local/hdf5/share/hdf5_examples/c目录下h5_extend.c为例

执行 $ sudo h5cc -o h5_extend h5_extend.c

可是却报出错误:h5cc:command not found

我们在命令行输入h5cc,可以看到


提示我们h5cc没有安装,按照指示,我们输入sudo apt install hdf5-helpers


接下来再执行,却报出hdf5.h: No such file or directory的错误


只要安装libhdf5-serial-dev就可以了。

执行命令: $ sudo apt-get install libhdf5-serial-dev

再次执行 $ sudo h5cc -o h5_extend h5_extend.c

没有问题,执行: $ ./h5_extend

在/share/hdf5_examples/c目录下除了生成h5_extend和h5_extend.o两个文件,还有extend.h5文件。



下面介绍一个可视化工具HDFView,它可以用来查看和编辑HDF文件。(https://support.hdfgroup.org/products/java/hdfview/)

下载HDFView,即可查看我们刚刚得到的extend.h5


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### 回答1: 在Linux安装HDF5,可以按照以下步骤进行: 1. 下载HDF5的源代码包,可以从官网(https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5/)下载。 2. 解压源代码包,进入解压后的目录。 3. 执行以下命令进行配置: ``` ./configure --prefix=/usr/local/hdf5 ``` 这里的--prefix参数指定了HDF5安装路径,可以根据需要进行修改。 4. 执行以下命令进行编译: ``` make ``` 5. 执行以下命令进行安装: ``` make install ``` 6. 安装完成后,可以在指定的安装路径下找到HDF5的库文件和头文件。 ``` /usr/local/hdf5/lib /usr/local/hdf5/include ``` 在编译程序时,需要指定HDF5的库文件和头文件路径。 ``` gcc -o myprogram myprogram.c -I/usr/local/hdf5/include -L/usr/local/hdf5/lib -lhdf5 ``` 这里的myprogram.c是编译的源代码文件,-I参数指定了头文件路径,-L参数指定了库文件路径,-lhdf5指定了需要链接的HDF5库文件。 ### 回答2: HDF5是一种用于存储和管理大型科学数据的文件格式和库,支持多种平台和编程语言,广泛应用于天文学、生物学、化学、地球科学等领域。Linux平台是HDF5最常见的部署平台之一,本文将介绍如何在Linux安装HDF5。 一、下载HDF5源代码 在HDF5官方网站(https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5/)上下载最新的HDF5源代码压缩包(比如hdf5-1.12.0.tar.gz),并解压到任意目录(比如/opt/hdf5-1.12.0)。 二、配置编译参数 进入解压后的源代码目录,运行以下命令进行配置: ./configure --prefix=/usr/local/hdf5-1.12.0 make make check 其中,--prefix选项指定HDF5安装路径,默认为/usr/local/hdf5-1.12.0。如果需要更改安装路径,可以修改该选项参数。 make check命令用于对编译后的代码进行单元测试,可以验证编译是否成功。 三、安装HDF5 运行以下命令进行安装: sudo make install 该命令将编译好的HDF5库和头文件安装到指定路径(默认为/usr/local/hdf5-1.12.0)中。 四、配置环境变量 为了方便使用HDF5库,需要将HDF5的库路径添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量中,以便动态链接器能够找到HDF5库。假设HDF5安装路径为/usr/local/hdf5-1.12.0,则需要修改~/.bashrc文件,在其中添加以下行: export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/hdf5-1.12.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH 保存并关闭文件后,运行以下命令使环境变量生效: source ~/.bashrc 五、测试HDF5 安装完成后,可以编写测试程序来测试HDF5是否正常工作。下面是一个简单的测试程序: #include <stdio.h> #include "hdf5.h" int main(int argc, char **argv) { hid_t file_id = H5Fcreate("test.h5", H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT); if (file_id > 0) { printf("HDF5 library is working.\n"); H5Fclose(file_id); return 0; } else { printf("HDF5 library is not working.\n"); return -1; } } 运行该程序时,如果输出“HDF5 library is working.”表示HDF5已经成功安装并正常工作。 六、总结 Linux安装HDF5需要下载源代码、配置编译参数、编译安装、配置环境变量和编写测试程序等步骤,但总体来说比较简单。HDF5可在Linux下提供高效、可扩展和可靠的数据存储和管理能力,是很多科研工作者和开发人员的首选。 ### 回答3: 在Linux系统中安装HDF5可用于处理科学数据分析和处理。 HDF5是一种面向对象的数据托管库,可用于存储和交换大型和复杂数据集,并且可以让用户轻松地编写和读取HDF5文件。 下面是一些在Linux系统下安装HDF5的步骤: 1. 下载HDF5软件包。 HDF5常用的版本是1.8.20和1.10.5,您可以从HDF5官方网站上下载tar.gz压缩包。 2. 解压HDF5软件包。 打开终端,使用“tar –xvf”命令解压软件包文件。例如: `tar –xvf hdf5-1.8.20.tar.gz` 3. 进入已解压的目录。 使用命令“cd”进入解压后的目录,例如: `cd hdf5-1.8.20` 4. 配置HDF5。 输入以下命令,以配置HDF5: ``` ./configure --prefix=/usr/local --enable-shared --enable-hl make sudo make install ``` 其中,第一个命令将HDF5配置为使用标准安装目录“/usr/local”和生成共享库和高级性能库(HL库)。第二条命令编译HDF5软件包,而第三个命令则安装HDF5。 5. 检查HDF5是否被正确安装。 输入以下命令,以检查HDF5是否被正确安装: `h5dump --version` 如果它输出类似于“h5dump: Version 1.8.20”的东西,则意味着HDF5已被正确安装。 以上就是在Linux系统下安装HDF5的步骤。对于不同版本的Linux系统,步骤可能有所不同,但基本的步骤是相同的。如果您遇到任何问题或需要更多帮助,请查看HDF5官方网站或向相关的技术支持寻求帮助。

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