【LINUX-centos7.9系统下数学三方库-HDF5的编译安装调用】

LINUX-centos7.9系统下数学三方库-HDF5的编译安装调用

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本系列主要讲解在linux-centos7.9系统下，对于开源的流体和结构软件编译过程中经常调用的数学库软件进行源码编译安装调用的内容，这一篇主要介绍数学库中的HDF5的源码基本编译，以及不同参数下各种不同版本的编译内容。

一、★HDF5定义

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HDF（Hierarchical Data Format）5是一种用于存储和管理数据的数据模型、库和文件格式。它支持无限多种数据类型，专为灵活高效的 I/O 以及大容量和复杂数据而设计。最开始由美国国家超算中心研发，后来由一个非盈利组织HDF Group支持.HDF支持多种商业及非商业的软件平台，包括MATLAB、Java、Python、R和Julia等等，现在也提供了Spark.其版本包括了HDF4和现在大量用的HDF5。HDF5 是可移植且可扩展的，允许应用程序在使用 HDF5 时不断发展。

HDF5官网下载地址:

二、★安装环境介绍

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• Linux系统：centos7.9离线(已配置离线YUM源)

  Centos7.9_YUM源离线配置链接

• 编译器：GNU4.8.5(gcc/g++/gfortran系统默认安装版本)

• 构建工具：cmake-3.25.0

• 并行库：mpich/openmpi

  OpenMPI_linux-centos7.9系统源码编译链接

• 软件版本：hdf5-1.12.2.tar.gz

三、★HDF5源码编译(make构建方式)

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3.1 HDF5默认编译(GNU编译器)

# hdf5默认编译，这种情况是不开启和关闭任何参数，一切都是软件本身默认设置
./configure --prefix=指定HDF5安装路径 \
make -j 4
make install

3.2 HDF5开启Fortran/C++绑定(GNU编译器)

# hdf5绑定Fortran编译参数，需要系统安装gfortran编译器
./configure --prefix=指定HDF5安装路径\
--enable-fortran \
--enable-cxx
make -j 4
make install

3.3 HDF5开启并行功能(GNU编译器)

# hdf5开启并行编译参数，需要系统安装并行软件并导入当前编译环境
CC=mpicc  CXX=mpicxx  FC=mpif90 F77=mpif77 \
./configure --prefix=指定HDF5安装路径 \
--enable-parallel
make -j 4
make install

3.4 HDF5最全编译参数(GNU编译器)

# hdf5满足绝大部分流体软件需求编译参数,需要系统安装mpich/openmpi并行软件且绑定过Fortran
CC=mpicc  CXX=mpicxx  FC=mpif90 F77=mpif77 \
./configure --prefix=指定HDF5安装路径 \
--enable-fortran \
--enable-shared \
--enable-parallel
make -j 4
make install

3.5 HDF5最全编译参数(Intel编译器)

# hdf5满足绝大部分流体软件需求编译参数,需要系统安装intel编译器，且绑定了mpich/openmpi并行库
CC=mpicc  CXX=mpicxx  FC=mpifort F77=mpifort \
./configure --prefix=指定HDF5安装路径 \
--enable-fortran \
--enable-shared \
--enable-parallel
make -j 4
make install

四、★HDF5源码编译(cmake构建方式)

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# hdf5满足绝大部分流体软件Cmake构建方式
mkdir build;cd build
CC=mpicc  CXX=mpicxx  FC=mpif90 F77=mpif90 \
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=指定HDF5安装路径 \
-DBUILD_SHARED_LIBS=ON \
-DHDF5_BUILD_FORTRAN=ON \
-DHDF5_ENABLE_PARALLEL=ON \
-DHDF5_ENABLE_Z_LIB_SUPPORT=ON
make -j 4
make install

五、★HDF5环境导入

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# 导入用户环境
echo -e "#hdf5_env\nHDF5_ROOT=指定上面hdf5的安装路径" >> ~/.bashrc
echo -e 'export PATH=$HDF5_ROOT:$PATH' >> ~/.bashrc
echo -e 'export PATH=$HDF5_ROOT/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
echo -e 'export LD_LIBRARY_PATH=$HDF5_ROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

六、★最后

以上内容都是经过实战验证过的，在编译过程中也要注意hdf5版本和mpich/openmpi版本的对应，如果加入某些参数导致编译失败，而又不需要这个参数，可以取消掉重新编译即可。

(●’◡’●)最后感谢屏幕另一端的你，强有力的支持。