2015年07月_lxqlxq21

原创 R -- 3 Installing R Packages

一般的R packages 都在CRAN，有些生医工相关的package在Bioconductor Project。a <- available.packages() ##查看一些package的相关信息 head(rownames(a),3) ## Show the names of the first few packages会显示：## [1] "A3" "abc" "abcdeFBA"———

2015-07-30 21:18:38 676

原创 Markdown

Headings(会显示为标题)## This is a secondary heading ### This is a tertiary headingUnordered List* first item in list * second item in list * third item in list

2015-07-30 21:07:05 258

原创 GitHub

git 常用 config命令$ git config -global user.name "Your Name Here" $ git config -global user.email "your_email@example.com" $ git config -list $ exit

2015-07-30 20:48:38 280

原创 Functional MRI (second edition) -- 7. BOLD fMRI: Origins and Properties

Ocygenated heoglobin(Hb) 富氧血红蛋白是diamagnetic反磁性的，使transverse方向的decay减慢，T∗2T_{2}^{*}变长，MRI信号变强。 ————————————————————————————– PET成像过程：radioactive tracer decay的过程中释放positron，与电子碰撞后释放gamma射线，通过接受gamma射线，

2015-07-26 10:27:09 386

原创 Functional MRI (second edition) -- 6. From Neuronal to Hemodynamic Activity

EPSP(excitatory post-synaptic potential) -

2015-07-23 15:35:43 362

原创 R -- 2. 简单函数Overview

ex: readLines()con <- url("http://www.jhsph.edu", "r") x <- readLines(con)ex: lapply>lapply function (X, FUN, ...) { FUN <- match.fun(FUN) if(!is.vector(X)||is.object(X)) X<-as.list(X)

2015-07-16 20:45:29 397

原创 R -- 1. 如何查看函数

Access help file ？rnorm Search help files help.search(“rnorm”) Get arguments args(“rnorm”) 会显示：function （n, mean = 0, sd = 1） NULL See code rnorm 会显示：function （n, mean = 0, sd = 1） .Externa

2015-07-16 20:29:51 381

原创 Functional MRI (second edition) -- 5. MR Contrast Mechanisms and Pulse Sequences

B增强时，T1T_{1} 变大，T2和T∗2T_{2}和T_{2}^{*} 变小。方便记忆可以思考陀螺的例子: - 当地球引力变大的时候，high-energy和low-energy状态之间的能量差变大，这时想改变状态就会变得更困难，因此T1T_{1} 变大。 - 同时为了保持平衡陀螺需要旋转的更快，因此相互间的相位更容易变得混乱，因此T2和T∗2T_{2}和T_{2}^{*} 变小。

2015-07-14 11:14:52 448

原创 Functional MRI (second edition) -- 4. Basic Principles of MR Image Formation

Bloch Equation dM⃗ dt=γM⃗ ×B⃗ +1T1(M0−Mz→→)−1T2(Mx→+My→)\frac{d\vec{M}}{dt}=\gamma \vec{M} \times \vec{B}+\frac{1}{T_{1}}(\vec{M_{0}-\vec{M_{z}}})-\frac{1}{T_{2}}(\vec{M_{x}}+\vec{M_{y}})————————–1 可

2015-07-10 14:44:14 345

原创 Functional MRI (second edition) -- 3. Basic Principles of MR Signal Generation(II)

公式解释：Magnetci Moment μ\mu: 在磁场中所受最大力和B的比。 Angular Momentum J=mωr2J=m\omega r^{2}———————1 gyromagnetic ratio γ=μJ\gamma=\frac{\mu}{J}————-2ex: 以单个质子为例 μ=IA=qTπr2\mu=IA=\frac{q}{T}\pi r^{2}———————————

2015-07-03 08:43:41 466

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