R学习中的问题
root_lty
这个作者很懒,什么都没留下…
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read.table中有一个参数 comment.char = “”默认情况下,read.table 用 # 作为注释标识字符。如果碰到该字符(除了在被引用的字符串内),该行中随后的内容将会被忽略。只含有空白和注释的行被当作空白行。如果确认数据文件中没有注释内容,用 comment.char = “” 会比较安全 (也可能让速度比较快)。例子:我的文件中他默认的时候是#以后的内容被注释了,因此读入的时候一直报错因此如果确认数据文件中没有注释内容,用 comment.char = “” 就不会原创 2020-07-03 10:24:35 · 4782 阅读 · 0 评论 -
Rmarkdown 报错:无法打开链接
这个bug在于R markdown不能找到源文件。 你把文件的路径在Markdown里先指定一下。setwd(“…”)原创 2020-03-02 09:35:03 · 4219 阅读 · 0 评论 -
set.seed的作用
#set.seed()产生随机数#用于设定随机数种子,一个特定的种子可以产生一个特定的伪随机序列,这个函数的主要目的,#是让你的模拟能够可重复出现,因为很多时候我们需要取随机数,但这段代码再跑一次的时候,#结果就不一样了,如果需要重复出现同样的模拟结果的话,就可以用set.seed()。ng=500 nc=20set.seed(123456789)head(rnorm(ng*nc))...原创 2020-02-05 14:39:39 · 7155 阅读 · 2 评论 -
RPKM, FPKM, TPM ????
https://www.jianshu.com/p/2bfa2b65a700https://www.jianshu.com/p/9dfb65e405e8https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/342/https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/78790938原创 2019-12-31 12:21:20 · 701 阅读 · 0 评论 -
EXCEL
#1 G列中对应到A列,匹配到返回对应的B列的值=INDEX(B:B,MATCH(G2,A:A,0))原创 2019-11-19 14:51:26 · 84 阅读 · 0 评论 -
查看函数R包
clusterProfiler::然后 table 键,然后就出现所有的函数方法然后这些都是explore过的函数,可以直接clusterProfiler::bitr() 调用但是有些未公布的函数,比如内部定义的函数,想要调用,可以直接用utile包的getFromNamespace去调用 clusterProfiler包的bitr函数utils::getFromNamespace...原创 2019-11-08 13:56:33 · 1472 阅读 · 0 评论 -
R install.packages() 设置国内CRAN镜像
为避免 time out 这种情况,可以设置CRAN使用清华大学镜像,命令如下:options(repos=structure(c(CRAN=“https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/”)))原创 2019-11-06 14:06:28 · 1750 阅读 · 0 评论 -
安装R包时候 ERROR: 'configure' exists but is not executable
ERROR: 'configure' exists but is not executable -- see the 'R Installation and Administration Manual'Warning in install.packages : installation of package ‘e1071’ had non-zero exit statusIf you ...原创 2019-04-19 09:56:38 · 899 阅读 · 0 评论 -
待解决
1. R中关于因子的运用,根据因子提取数据----------(提取因子水平为1 的行)原创 2017-04-16 15:13:11 · 247 阅读 · 0 评论 -
R read.table读取数据中的困惑
数据为GEO数据库里的样本数据:原创 2017-04-20 12:34:57 · 5792 阅读 · 0 评论 -
Fisher-exact test和富集分析
go和pathway的富集分析1.Fisher的精确检验和累计超几何分布等方法,其中超几何,每个通路(功能)上都会有一个(1-0.05)[一般都是取0.05],在10^3甚至是10^4下,会产生很大的假阳性率,因而需要进行多重校正,一般是FDR或是本杰明校正;而Fisher则不需要进行校正;2.在做富集分析的时候突然把Fisher和列联表卡方分布搞混了,之后查了些资料,整理如下:原创 2017-04-20 19:54:20 · 17334 阅读 · 2 评论 -
基因芯片Pro-processions -------Bioconductor 安装包
基于R的一个用于分析高通量基因组数据的工具,Bioconductor的应用功能是以包的集成形式呈现在用户面前,它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具,其中大多数工具是针对DNA微阵列或基因芯片数据的处理、分析、注释及可视化的。同时,Bioconductor。还提供许多与DNA微阵列相关的数据包。开源,每年更新一次。1.打开R直接 install.packages("a转载 2017-04-13 11:07:21 · 6883 阅读 · 0 评论