go和pathway的富集分析
1.Fisher的精确检验和累计超几何分布等方法,其中超几何,每个通路(功能)上都会有一个(1-0.05)[一般都是取0.05],在10^3甚至是10^4下,会产生很大的假阳性率,因而需要进行多重校正,一般是FDR或是本杰明校正;而Fisher则不一定需要进行校正;
2.在做富集分析的时候突然把Fisher和列联表卡方分布搞混了,之后查了些资料,整理如下:
四格表统计中该用Fisher确切概率法还是卡方检验?虽然书上说如果总样本量大于40,最小理论频数大于5,就应该用卡方检验,但部分教科书会遗漏一句很关键的话,即“如果采用卡方检验得到的P值在0.05附近时,应该用Fisher确切概率法”。
@1卡方检验最大的优势在于计算比较简便,不需要任何计算器,