Fisher-exact test和富集分析

本文探讨了Fisher精确检验与超几何分布在基因富集分析中的使用,指出在大样本情况下可能需要多重校正。同时,解释了Fisher检验与卡方检验的区别,强调在P值接近0.05时应优先考虑Fisher检验。最后提到,尽管卡方检验历史悠久,现代统计软件使得Fisher检验变得更加便捷。
摘要由CSDN通过智能技术生成

go和pathway的富集分析

1.Fisher的精确检验和累计超几何分布等方法,其中超几何,每个通路(功能)上都会有一个(1-0.05)[一般都是取0.05],在10^3甚至是10^4下,会产生很大的假阳性率,因而需要进行多重校正,一般是FDR或是本杰明校正;而Fisher则不一定需要进行校正;


2.在做富集分析的时候突然把Fisher和列联表卡方分布搞混了,之后查了些资料,整理如下:

四格表统计中该用Fisher确切概率法还是卡方检验?虽然书上说如果总样本量大于40,最小理论频数大于5,就应该用卡方检验,但部分教科书会遗漏一句很关键的话,即“如果采用卡方检验得到的P值在0.05附近时,应该用Fisher确切概率法”。

@1卡方检验最大的优势在于计算比较简便,不需要任何计算器,

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