R 读入fastq文件

最新推荐文章于 2022-07-12 22:45:43 发布

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分类专栏：生物信息

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_37119401/article/details/106887813

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本文介绍了如何利用R语言读取和处理fastq格式的生物信息学数据，包括基础操作和常见分析步骤。

摘要由CSDN通过智能技术生成

##--构建函数--##
seq_import <- function( file ){
   
  seq <- readLines(file) # 读入序列，每个元素存入一行
  seq <- seq[seq != ""] # 去除空行
  is.anno <- regexpr("^>", seq, perl=T) # 正则匹配（regular expression）注释行,是注释行为1，否则为-1
  seq.anno <