2019年03月_chestnut--

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原创 keras从dataframe中读取数据并进行数据增强进行训练（分类+分割）

keras的数据读取并进行在线数据增强进行训练，此处使用pandas dataframe的形式～dataframe 的数据存储分类def make_image_gen(in_df, batch_size = BATCH_SIZE): file = in_df['filepath'].values label = in_df['label'].values all...

2019-03-21 13:35:24 2570 1

原创 keras load model 并保存特定层 (pop) 的权重save new_model

有时候我们保存模型（save model）,会保存整个模型输入到输出的权重，如果，我们不想保存后几层的参数，保存成新的模型。 import keras from keras.models import Model, load_model from keras.layers import Input, Dense from keras.optimizers imp...

2019-03-21 13:21:53 3738 1

原创【医疗影像处理】去除医疗影像中背景的影响2D/3D【numpy-code】

在医疗影像中特别是CT影像，包含大量的背景，在进行器官分割时，首先去除背景对分割的效果有很好的提升。本博客使用python处理医疗影像并去除背景的影像。使用的样例数据来自Multimodal Brain Tumor Segmentation Challenge 2018读取数据的基本信息import nibabel as nibimport numpy as npfrom nilea...

2019-03-07 15:44:25 2533 2

翻译使用N4BiasFieldCorrection处理MRI图像

前言诸如扫描仪中的患者位置，扫描仪本身以及许多未知问题等因素可导致MR图像上的亮度差异。换句话说，强度值（从黑色到白色）可以在同一组织内变化。这被称为偏置场。这是一种低频平滑的不良信号，会破坏MR图像。偏置场导致MRI机器的磁场中的不均匀性。如果未校正偏置字段将导致所有成像处理算法（例如，分段（例如，Freesurfer）和分类）输出不正确的结果。在进行分割或分类之前，需要预处理步骤...

2019-03-04 10:33:48 16329 12

itksnap-3.8.0-20190612-MacOS-x86_64.dmg

itksnap-3.8.0-20190612-MacOS-x86_64.dmg mac端的标注工具，针对 nifty 和dicom

2019-12-04

MRIcroGL_windows.zip

MRIcroGL_macOS_dcm2niix , 支持 dcm 转 nifty , windows客户端，最新版本 https://github.com/rordenlab/dcm2niix;https://www.nitrc.org/plugins/mwiki/index.php/dcm2nii:MainPage

2019-12-03

MRIcroGL_macOS.dmg

MRIcroGL_macOS_dcm2niix , 支持 dcm 转 nifty ,mac客户端，最新版本 https://github.com/rordenlab/dcm2niix;https://www.nitrc.org/plugins/mwiki/index.php/dcm2nii:MainPage

2019-12-03