2019年10月_chestnut--

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原创 BraTS2019中的不确定性分割任务

BraTS 2019中新增添了一项为任务3: 分割中不确定性的量化。目的是给每一个像素值的预测值的确定性给打分，哪些像素可以100%的确定是属于某种肿瘤区域，那些是很大概率的属于某种肿瘤。当然，临床上最终的金标准的判断是病理的检测化验。这项新任务的重点是在神经胶质瘤区域分割的背景下探索不确定性测量，其目标是奖励参与方法的结果预测:(a) confident when correct(b)...

2019-10-29 17:40:17 2245 4

原创【医疗影像处理】脑部MRI影像denoise方法总结[antspy]

当不考虑时间成本的时候，选择协同过滤方法BM3D要比NLM和ilateral filtering要好，这部分的讨论可以参考1。其中这三个算法都可以尝试：BM3D2 3Non-Local Means: 4Bilateral Filter: 5antspy 使用NLM对脑MRI实现去噪import antsimport numpy as npfile_path = 'x.nii....

2019-10-25 22:11:09 2534 4

原创【医疗影像处理】Erosion and Dilation of medical images masks using scipy.ndimage in python

对2D或者3D的医疗影像mask进行膨胀和腐蚀处理。参考使用库scipy.ndimage要完成的事对3D的脑mask进行膨胀和腐蚀操作。数据初探对脑影像——已去脑壳并配准到标准模版上，卡阈值0得到脑mask:index 116index 80对数据进行膨胀操作将脑mask中的空洞进行填补。brain_mask2 = ndimage.binary_closing(brai...

2019-10-25 10:23:40 1062 4

原创 Miccai2019 oral简单总结

词云初探注水大区 – Segmentation不同的人体部位不同的图像类型GANOral SessionComputer Aided Diagnosis, Detection and ClassificationIndustry SessionReconstruction and SynthesisRegistration and SegmentationDoctora...

2019-10-20 22:13:12 1075 1

itksnap-3.8.0-20190612-MacOS-x86_64.dmg

itksnap-3.8.0-20190612-MacOS-x86_64.dmg mac端的标注工具，针对 nifty 和dicom

2019-12-04

MRIcroGL_windows.zip

MRIcroGL_macOS_dcm2niix , 支持 dcm 转 nifty , windows客户端，最新版本 https://github.com/rordenlab/dcm2niix;https://www.nitrc.org/plugins/mwiki/index.php/dcm2nii:MainPage

2019-12-03

MRIcroGL_macOS.dmg

MRIcroGL_macOS_dcm2niix , 支持 dcm 转 nifty ,mac客户端，最新版本 https://github.com/rordenlab/dcm2niix;https://www.nitrc.org/plugins/mwiki/index.php/dcm2nii:MainPage

2019-12-03