2020年01月_chestnut--

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原创【SimpleITK】分割label覆盖到原图上显示

医疗影像跟自然场景下图像的区别之一就是“像素”范围不一样，在将label覆盖到原图上时也略微不同，但是必须要将图像归一化到[0,255][0,255][0,255]。我们使用SimpleITK的相关API来解决这个问题。数据为BraTS2019的数据，label 有4个，[0,1,2,4]。from __future__ import print_function%matplotlib i...

2020-01-17 11:37:05 4094 21

原创【SimpleITK】医疗影像分割结果评价指标计算

文章目录Overlap MeasuresSurface Distance Measuressome APIOverlap Measuresjaccarddicevolume_similarityfalse_negativefalse_positive其中：Volume measures:volumeSimilarity2∗(v1−v2)v1+v2 volumeSimilari...

2020-01-16 17:20:48 3719 1

原创【SimpleITK】分割结果融合策略

前言有时我们会有多个专家标注的结果或者是多个模型得到的结果，对所有的结果做一个融合，目前有两种主流做法：投票法 (majority vote)STAPLE (Simultaneous Truth and Performance Level Estimation)对多个专家的标注结果进行融合之后，我们得到的标注就可以作为ground truth参与到模型的分割训练；当然，对多模型的结果进...

2020-01-16 11:44:29 2943 1

原创分类评价指标

有些东西虽然简单，但是还是要过个7、8遍才不容易记混记乱。Accuracy…Sensitivity在患病的所有人中（已经明确知道数据的分布了！），预测正确（判断为有病）的有多少？Sensitivity=TPTP+FNSensitivity = \frac{TP}{TP + FN}Sensitivity=TP+FNTPSpecificity在未患病的所有人中（已经明...

2020-01-09 18:04:44 532

原创【医疗影像处理】对分割的mask做处理，保留最大联通区域

APIskimage.measurehttps://scikit-image.org/docs/dev/api/skimage.measure.htmlout_arr 为得到的结果mask矩阵。from skimage import measurelabels = measure.label(out_arr, neighbors=8)print(np.unique(labels...

2020-01-07 15:04:34 1779

原创【医疗影像处理】DICOM Rescale Intercept / Rescale Slope

What is Rescale Intercept / Rescale Slope?DICOM tags :Rescale intercept (0028|1052)Rescale slope (0028|1053)缩放斜率和截距由硬件制造商决定。它指定从存储在磁盘表示中的像素到存储在内存表示中的像素的线性转换。磁盘存储的值定义为SV。而转化到内存中的像素值uints就需要两个dic...

2020-01-02 14:21:38 7621 7

原创 Pandas标签统计

数据来源：https://www.kaggle.com/c/rsna-intracranial-hemorrhage-detection/data —— stage_2_train.csvAPIgroupyunstackvalue_countscsv data查看 labellabel = traindf.Label.valueslabelarray([0, 0...

2020-01-02 11:23:37 929

itksnap-3.8.0-20190612-MacOS-x86_64.dmg

itksnap-3.8.0-20190612-MacOS-x86_64.dmg mac端的标注工具，针对 nifty 和dicom

2019-12-04

MRIcroGL_windows.zip

MRIcroGL_macOS_dcm2niix , 支持 dcm 转 nifty , windows客户端，最新版本 https://github.com/rordenlab/dcm2niix;https://www.nitrc.org/plugins/mwiki/index.php/dcm2nii:MainPage

2019-12-03

MRIcroGL_macOS.dmg

MRIcroGL_macOS_dcm2niix , 支持 dcm 转 nifty ,mac客户端，最新版本 https://github.com/rordenlab/dcm2niix;https://www.nitrc.org/plugins/mwiki/index.php/dcm2nii:MainPage

2019-12-03