尚不成熟,有待实践
整体规划
- 所有
conda 虚拟环境
均以python
或R
编程环境为区分,而非将各类用途的软件
归类于各种虚拟环境
中,因为设置各类虚拟环境是为了解决软件安装时依赖冲突
问题,而非为了软件
分门别类而设置;所有python或R软件尽量用pip,install.packages,bioconductor安装,尽量避免通过conda对虚拟环境的修改。 - 因此,虚拟环境的命名应为:
Python<版本号>-<编号>
或R<版本号>-<编号>
。如:Python3.9.11-1,R4.1.3-1。 - 虚拟环境的添加规则应为:i. 当前软件需要更新(或更低)版本的Python或R语言环境;ii. 当前软件与当前虚拟环境的其他软件出现冲突。当出现
i
类情况时,新虚拟环境命名更新版本号部分;当出现ii
类情况时,新虚拟环境命名更新编号部分。
优缺点
- 优点:解决生信软件依赖冲突问题
- 缺点:软件过多不易知道某一软件在哪个虚拟环境中,需要制作软件虚拟环境对照表