基于conda的生信软件布局规划

-oilvlio-

已于 2022-04-05 00:24:20 修改

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文章标签：运维

于 2022-04-03 00:57:39 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_37568304/article/details/123931806

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该博客探讨了一种基于conda的生物信息学软件布局规划，强调以Python或R版本区分虚拟环境，旨在解决依赖冲突而非分类软件。虚拟环境命名规则清晰，但可能导致查找特定软件不便，需额外维护软件环境对照表。该策略的优点在于有效解决依赖问题，缺点则在于环境管理的复杂性增加。

摘要由CSDN通过智能技术生成

尚不成熟，有待实践

整体规划

所有conda 虚拟环境均以python或R编程环境为区分，而非将各类用途的软件归类于各种虚拟环境中，因为设置各类虚拟环境是为了解决软件安装时依赖冲突问题，而非为了软件分门别类而设置；所有python或R软件尽量用pip，install.packages，bioconductor安装，尽量避免通过conda对虚拟环境的修改。
因此，虚拟环境的命名应为：Python<版本号>-<编号>或R<版本号>-<编号>。如：Python3.9.11-1，R4.1.3-1。
虚拟环境的添加规则应为：i. 当前软件需要更新（或更低）版本的Python或R语言环境；ii. 当前软件与当前虚拟环境的其他软件出现冲突。当出现i类情况时，新虚拟环境命名更新版本号部分；当出现ii类情况时，新虚拟环境命名更新编号部分。

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