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原创 GSAman | 我「玩着游戏」就把「科研做了」

据说,今天是「1024」,也就是网传的「程序员」节。虽然我不是「程序员」,不过今天还是可以给大伙分享一款「玩着游戏」就把「科研做了」的工具。

2022-11-04 16:09:43 1476 1

原创 精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用

随着测序技术的进步和普及,现如今已经步入到“功能基因组学”(functional genomics)的时代。基因组注释是各种基因功能研究的基础,在之前的《生信石头》推文中,CJ大佬已经多次强调一个准确可靠的基因注释的重要性。基因注释可以分为结构注释和功能注释,结构注释描述了一个基因在基因组上具体的位置信息,是功能注释的前提。目前做结构注释大约有三种途径:从头注释(de novo prediction):通过已有的概率模型来预测基因结构,在预测剪切位点和UTR区准确性较低。

2022-11-04 16:04:56 2678

原创 IGV-GSAman |「功能基因组时代」的高效率科研工具

今天周末,转眼10月份只剩一周。万万没想到,一个月下去,我还是花了不少时间在完善「GSAman」。至于为什么本来「两个小时」就干完的事情,可以干成「22天」?到底还是我对前面的版本,不太满意。当然,我想今天应该要告一段落,起码在新功能的特性的增加上,可以基本告一段落。暂时我没想到新的非常 exciting 或者用户也没提出让我觉得确实非常值得尽快更新的功能。于是,今天对 GSAman 已有的功能特性做一个汇总,同时也做一个 GSAman 相关推文目录贴,方便大伙了解。**正确的开始,不一定能到达计划的终点。

2022-10-22 21:21:49 1987

原创 docker | 基于 WSL2 在 Windows 下使用 docker

题外题内绝大多数人安装 WSL2,其实是为了在 Windows 下用 docker。无论是 Windows/Mac/Linux 都可以直接在https://www.docker.com/products/docker-desktop下载对应安装包下载完成后,双击打开。按照提示安装即可。注意到,其中显示的"WSL2",即前述我们安装的 WSL2。安装完成后,重启重启后,桌面可以看到 Docker-desktop 图标,双击即可。选择接受条款,进入下一步。开启后进去界面,设置 Ubuntu 为底层VM Os简单

2022-03-03 08:26:48 2413

原创 教程 | 安装WSL2,在 Windows 下使用 Linux 操作系统工作

检测 Windows 操作系统版本目前(2022年01月24日)应该绝大部分 Win10 操作系统都支持 WSL2 ,除非....躲开了MS的强制后台更新....打开CMD,输入winver或者ver即可看到对应版本,与官方要求比较下即可知悉安装方法注意!!!有两种安装方法,一种是自动安装,一种是手动安装。不建议自动安装,因为绝大多数人的网络无法支持。1. 直接自动安装参考官方内容https://docs.microsoft.com/zh-cn/windows/wsl/install优点:一步到位缺点:网络

2022-03-03 08:24:38 2698

原创 摸鱼 | 随机听歌,就在「TBtools」

写在前面Emmm,今天是假期最后一天,想来想去,得搞个摸鱼工具。昨天释放了“Simple Dict”,感觉还是不错,至少我自己用了下,可以省去多开一个软件或者是.... 最近忙着赶课题,有点时间想听歌却....似乎很难找到能听的,要么不是VIP,要么歌曲质量是真的难对付。来来回回,发现“抖音榜”起码能听,另外随着大伙年纪也不小了,多少明白,现在能火的歌曲总是在“抖音”。打开软件跳转,要遇到广告;打开网页,又觉得麻烦;于是今天「TBtools」又多了一款摸鱼插件,就叫“Simple Random Music”

2022-02-16 16:57:30 511

原创 实用 | 全局划「词/句/段 」翻译,就在「TBtools」

写在前面近日边忙家中杂事,边在胡思乱想。静坐下来,也只是看看文献,看不到一篇。有一些「TBtools」可能应该有的特性,一直找不到方法实现。思来想去,终于还是找到解法。于是,写一个简单的插件,用来测试对应功能的稳健性,以及解法的可行性。简单在线查词 - Simple Dict以前,我查一些单词的时候,会直接复制然后到浏览器黏贴查找。尽管有一些词典软件可以使用,但安装起来,稍显麻烦。有写点代码的,我们都知道,不少词典有api,如百度,必应,有道,谷歌等等。我们需要查词,完全可以直接调用。实现起来比较简单,于是

2022-02-15 10:52:38 609

原创 更实用 批量解析 Sanger 测序.ab1文件 出图出文本

写在前面年前,推了两个插件,主要针对基因克隆实验中常见需求,即引物设计以及Sanger测序结果解读....(主要还是为了情怀,都是我接触生信之前一直想要的功能...),对应了三个推文:《实用 | PCR 引物特异性?用Primer Check检测一下》《眼见为实!Sanger测序峰图比对到参考序列 - 直观!》《有点意思!Sanger 测序峰值图自动解析单倍型》其中最后一个推文事实上,是在「TBtools」老铁使用过之后做了增强。转眼两周过去了。万万没想到,不少湿实验的朋友过年期间一直在加班干实验。今天下午

2022-02-10 20:37:52 2237

原创 虎年大吉 TBtools 打工人返工喽

「虎年大吉」开机动画启动Emmm.... 去年12月份,黎老板说除夕给大伙特供「TBtools」虎年大吉开机动画~当时的说法是“构思都有了,放假回家,抽空再画”.....然后从除夕开始鸽,一天两天三天,鸽到初五财神到,她终于发来了,老板果然喜欢挑日子。丢给我一段.mp4,说是直接 PPT 怼的,然后就喊我折腾了....打开一看,感觉很不错。终于不用再看“吃完糖粥就过年”的动画了。随即,转成 GIF 推送到 TBtools 开机动画仓库。于是,大伙即日起,打开 TBtools,应该可以看到有意思~,唯一的缺点

2022-02-06 12:05:35 258

原创 「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握

写在前面原本,我并无写这一稿件的想法。主要原因有二:网络上已有相关资料较多,尽管类似的问题天天仍然有人问再谈起 GO富集分析,距离上次已是五六年,简单来说,不想谈如果要找合理解释,那么针对第一点,就是每天仍然有大量新接触生信数据分析的朋友;针对第二点,…在前两天我推的文稿《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM…》中,评论区答应了下,阅读过5000,那就写一写富集分析。于是,如果不写,总是不对。如果要写,只能现在写。毕竟有些事情,现在不做,以后真的不会做。基因集功能富

2021-12-10 14:53:33 16987 4

原创 教程 | “美好体验”本地 BLAST 基因功能鉴定

我突然觉得,TBtools 应该有一个愿景,亦即:让数据分析成为一种享受,而不是折磨。写在前面在过去的一个月内,TBtools每天都在更新。而几乎所有更新都只有一个目的,那么就是进一步支持“BLAST Zone”。详细更新细节,可以在这一教程中体现出来。而教程的主题,我还是稍微想了一下,尽量贴合了具体数据分析常常出现的场景。在我们拿到一个基因序列时,我们最感兴趣的或许就是这个基因到底具有什么功能,而对于编码基因,那么就是具体编码具有什么功能的蛋白。要开展这一分析,最常规有效的做法就是,直接到 Uniprot

2021-10-21 16:43:36 1587

原创 TBtools 最新版本/大型插件/依赖下载链接

TBtools 最新版安装器下载链接https://tbtools.cowtransfer.com/s/ee62fed4375142Rserver.pluginhttps://tbtools.cowtransfer.com/s/68df33e849a84cDESeq2 Win64 Meta Packagehttps://tbtools.cowtransfer.com/s/436dba652f434bDESeq2 MacOS Meta Packagehttps://tbtools.cowt

2021-10-13 15:09:41 23501 4

原创 硬核科普 | 小谈 辣椒素和辣椒素受体 的研究,来自一线植物科研人员

导言我的老友(朱张生),一线植物科研人员,是少有的我所认识的具有极强科研业务素质与能力的青椒。我完全有信心,预见不久将来,他必然大有作为。一切只等时间。前几日,辣椒素受体相关工作拿了诺奖,而朱老友多年从事辣椒素相关研究。花了一方功夫,终于邀请到他,写来一份稿件,详细介绍辣椒素与辣椒素受体的研究工作与进展。与大伙共享,详细如下。-- CJ-陈程杰写在前面最近看到诺贝尔生理或医学奖颁发给了两位做感知温度和触觉感受器研究领域的大牛大卫·朱利叶斯(David Julius)和阿登·帕塔普蒂安(Ardem Patap

2021-10-09 16:01:21 1607

原创 教程 | 做一个自己专属的本地 BLAST 数据库

写在前面中秋和国庆期间,我总是要往返广州贵阳。工作在广州,家人在贵阳,于是多出了不少旅途时光。手机信号自然是没有,也常常是夜晚的航班。播客听多了,发现只能等着节目更新。来来去去,最后还是要闭眼思考。活着,为了什么?这个课题怎么做?那个课题怎么做?有没有什么新课题想法?是不是把一些想法给忘掉了当然,常常有成果的,自然还是“TBtools的优化”。可能,这是比较简单的事情。开发至今 6 年有余,最早期的功能包括 Fasta 序列提取 和 Blast 界面化。事实上,这些功能从当初开发到现在,几乎没有更新过。或许

2021-10-07 15:55:09 5038 1

原创 教程 | 基因家族扩张与收缩分析

介绍#1■  在比较基因组分析,对直系同源基因分析后,往往接着就是基因家族扩张收缩分析。确定生物间表型差异背后的遗传变化和导致变化的进化压力,是进化生物学的主要目标之一。基因组分析工作已经揭示了物种间基因家族的成员频繁获得和丢失。基因家族规模的变化可能有利、有害或者中性,但基因家族的数量变化也是形成物种特异的重要原因之一。#2■ 推荐一下普遍使用的软件CAFE (Computational Analysis of gene Family Evolution)。小编永远支持具体问

2021-09-23 14:07:28 8898

原创 解决方案!TBtools R Plugin 安装~ 终极奥义

写在前面很久很久以前,我期望通过插件模式让 TBtools 成为更多老师在生信数据分析中的得力助手。插件模式开放到现在,也是一年有余,期间我还是做了一些工作:1开放并完成 TBtools 插件模式,用户通过 Install Plugin 安装2软件分发相对低效,于是我开发 TBtools 插件商店,Plugin Store3尽管有插件商店,但依赖于我个人的小服务器,带宽太小,于是我做了优化,开发了,Plugin Store at High Speed4从 TBtools 开发起(2015年),我就希望,所有

2021-09-17 13:13:07 5178

原创 教程 | 柚子的祖先啥时候出来的?物种分歧推断

介绍还是接上之前Orthofinder分析后,很多老师和同学都会选择做时间分歧分析。Orthofinder下篇Orthofinder上篇"时间分歧" 简单来说,就是确定物种分化的大概时间区域。分歧时间区域计算原理:基于已知的时间节点(已被报道的分支时间节点/具有化石时间)和分子钟计算,推算系统发育树的其他节点发生的时间。简单补充分子钟原理:任意两个物种,自从分化成两个物种后,他们之间的遗传差异的进化速率应该与分化的时间保持相对稳定。举个例子:人与青蛙的分化点肯定比人与猴子的早,那么人与猴子的序列差异理论上会

2021-09-13 10:45:40 1968 4

原创 实用 | 写了一个 抽奖/点名 的功能,有点刺激!

写在前面最近遇到一个场景,需要用到一个抽奖功能。Emmm,几个人聊了下,NG哥说,最好还是相对刺激一点。于是大晚上快11点了提了一个,滚动并缓慢停止的抽奖要求。想了下,我用 JIGplot 给写了一个。前后花了个把小时,尽管有点小问题,但还是可以使用。与大伙分享一下,预计是,用在组会抽奖或者课堂点名会是挺好。两年前的抽奖小功能很久以前,我写过一个抽奖功能,比较简单,大体可以给大伙看下。那会 TBtools 还没有插件模式。于是这个功能,至今为止还躺在主程序下面。使用非常简单,支持:输入一个文本文件输入一个文

2021-09-11 12:15:34 128

原创 收藏贴 | Vitural Box 虚拟机 CentOS 7 系统配置扩展 - CPU、内存、硬盘

写在前面第二期暑期培训已然结束,再一个一周七天,内容还是不少。此次培训,我们与往常一样,仍然让老师们使用Vitural Box虚拟机。这可以保证老师后续可以反复练习,而无需支付额外费用,如云服务器机时费等等。当然,这也有一定的代价,其中之一,即虚拟机的配置不能太高,不然可能大部分老师的电脑满足不到硬件要求。培训接触,前后三年,陆续有老师使用该些虚拟机分析自己的数据,也得到分析结果,推进了自己的课题。但对于越来越大的数据,我们提供的虚拟机配置常常不能满足需要。当然,对于常见的计算资源调整,在 Virtural

2021-09-10 12:25:58 630

原创 SCI | 热带果树栽培与育种-专刊征稿!IF:2.331

01.导言受SCI新收录期刊《Horticulturae》(SCIE,JCR Q1,IF:2.331)邀请,华南农业大学园艺学院果树系李建国教授与黄旭明教授组织专刊“Advances in Tropical Fruit Cultivation and Breeding”,旨在推进热带亚热带果树栽培科研进展的良好展现。征集稿件将通过同行评议,接受后发表并收录于《Horticulturae》期刊。02.专刊主题01 热带水果研究具有重大意义热带水果是许多发展中国家国民经济的重要组成部分,在其出口货物收

2021-09-09 14:19:24 344

原创 伪活码 | TBtools 用户再也不会找不到组织

目前,TBtools 社群 13000+ 人,接近生信札记公众号订阅人数的一半。当然,原本应该早就 20000+ 人的。前阵子,我解散了几个群,约等于清理了 10000+ 人。但随着时间推移,总会有新的朋友对 TBtools 感兴趣,开始使用 TBtools,也参与到具体的用户社群。其中,一些朋友实在是....执着于加入社区。比如,他们会通过:公众号评论或私信邮箱邮件QQ加我找中间人问我...而原因有二:不知道社群号码知道的社群都满人了对于第二种情况,我继续忍痛给“疼训”充钱!尽量保持最高等级的会员身份,这

2021-09-07 09:52:21 347 1

原创 Nat Genet | 湖南农业大学群体基因组学研究揭示古老芥菜身世之谜、百变之源

2021年9月6日,国际著名学术期刊Nature Genetics在线发表了湖南农业大学刘忠松教授团队联合中国农业科学院油料作物研究所华玮研究员团队等国内外多家单位完成的题为“Genomic insights into the origin, domestication and diversification of Brassica juncea”的研究论文。该研究解决了芥菜起源的百年之争,揭示了芥菜形态的百变之源,为芥菜基因组选择育种奠定了坚实基础。芥菜用途广泛,收籽榨油的叫芥菜型油菜,收籽磨粉做辣味调料

2021-09-06 23:09:37 481

原创 我的挣扎 与 TBtools 的开发

到底还是写了一篇推文,却着实想不到一个合适的题目。可能这是我写过最长的一篇推文,约莫万字。这篇推文的主要内容应该包括:TBtools 开发为了什么?TBtools 是怎么开发出来的?TBtools 版本迭代历史?JIGplot <- JJplot2 <- JJplot 的迭代过程?我是如何接触生信的?本硕博均是园艺果树专业,如何一步一步自学并入门生信。一份生信编程入门书籍清单 和 社群与论坛推荐。一些不堪回首的往事。感谢陪伴我和帮助过我的人。PS:推文在 TBtools 文稿 Online 前后

2021-09-05 18:42:44 1221

原创 一键!构建最大似然树~ 简单又准确

写在前面很多人都知道“建树”,NJ树,最大似然树 - ML,贝叶斯法建树~ 建树的目的常常有两个:分类推断演化顺序其他 - 如分析基因家族扩张收缩等很多人都会用 mega 来建树,因为他非常方便,导入序列,点击多序列比对,然后就建树(mega默认在建树前可以选择按有效位点比例剪切)。事实上,中间还缺一个关键步骤,我相信很多不接触演化的朋友完全不知道。那就是“筛选合适的氨基酸替换模型”。IQ-tree的横空出世,解决了这一问题。软件的流行,不仅仅在于其快慢,还在于其方便程度。当然,要做最方便,那么最好是,多序

2021-09-05 18:40:27 4265

原创 终极奥义! 生信软件安装神器~ conda 从入门到精通

前言生物信息学分析常常需要用到许多不同的软件,常见安装方式有三种:源码安装,要求安装者对包有较充分的认识,适用于开发者或深入学习和挑战者;预编译版本安装,一般安装者将其拷贝到目录下即可运行;第三方安装管理软件,如conda、Bioconductord等包管理软件和docker、singularity等镜像管理软件。但是三种方式各有长处:预编译版本最简单,但许多包并不提供这种版本。绝大多数包都提供源码,但源码的依赖环境对于小白太过不友好(初期少不了砸键盘)。第三方管理包帮你解决了环境依赖,  &nb

2021-09-05 18:35:18 1982

原创 更新 | 如何对物种进行 Mapman 注释?

写在前面Mapman 是一款为植物通路分析专门设计的界面化软件,发表于2004年,其后不断更新,直到今日。我们也常常能在近期发表的一些文章中看到 Mapman 输出图稿的身影。在几年前,我写了系列 Mapman 软件使用指南,其后看到国内其他公众号或网课平台也发布类似内容。从某种角度来说,都推广了Mapman的使用。甚至有人误以为我参与了Mapman的开发。很遗憾,我没有这个机会,似乎也没有这个能力。不过,在软件使用上,我还是一下子就掌握的。Mapman使用的开始,需要对物种全基因组的蛋白序列进行Ma.

2021-07-13 08:34:54 1811

原创 教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

写在前面基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略,通过基因组,尤其是比较基因组分析,往往可以给我们带来更多确定性结果,如相比于近源物种A为何物种B的果皮更红?这完全有可能是特定家族成员扩张导致。这些问题,转录组常常无法告诉我们,而基因组可以。接下来推出两份教程,来自课题组成员的投稿。我个人感觉还不错。与大伙一起学习。同源基因分析介绍开展生物信息数据分析的关键,并不在于软件使用,而在于了解自己在做什么。我们先厘清一些概念。Q:什么是同源基因

2021-06-17 14:47:40 4741 4

原创 简明教程 | 用 PPT 做卡通热图 - eFP Graph?!

写在前面不少人应该知道,在生物模式,通路,调控机制上,PPT 已然是常规工具之一。类似的,那么画卡通热图,PPT一样靠谱。我们知道,Adobe Illustrator 和 CorelDraw 都是收费的。而很多人并不乐意花钱买,另外就是学习难度也不低。但是呢,PPT 就不一样。只要买的是品牌电脑,尤其是笔记本或者上网本,那么都会自带正版的windows操作系统或者是 Office。换句话说,我们几乎每个人都有正版的 PPT。下述,我用 PPT 给大伙演示,如果做出来可重复使用的优雅的卡通热图。注意,似乎.

2021-06-07 08:26:50 1362

原创 “生信札记”公众号 30,000+ 人订阅

写在前面今天周日,2021年06月06日,想想是个好日子。我个人独立运营的“生信札记”微信公众号事实上,早就达成 3万 人关注的小目标。一直没有就这个事件写过一个推文。主要原因似乎是有其他推送安排,有冲突。当然真实原因是,我太懒。既然是周末,就还是休息一下,写一个跟学习、工作没啥关系的推送。注册公众号和开始运营“生信札记”公众号注册时间应该是不早不晚。具体当时注册的原因,我早已不记得。2016年03月20日(数字上等于我阴历生日,难道是?…)。TBtools 是 2015年08月05日 开始开发,

2021-06-06 19:05:43 677 1

原创 TBtools | 插件子菜单支持~转录组~共表达分析~

写在前面前些日子有遇到用户问道:“TBtools上安装插件的数目是不是有限制?”…对我来说,这是比较奇怪的问题。通过远程(todesk)查看,发现是对方安装了几乎所有 TBtools 插件,超过了屏幕可显示的空间,所以后面安装的插件无法看到。具体我回头看了下 TBtools 插件商店,发现目前有接近 40 个插件。会出现这种情况…今天想了一下,可能最方便的方法,还是加子菜单。插件子菜单支持整体逻辑简单,对于用户和对于插件作者操作类似。效果如下:对于插件作者,直接在插件主目录新建一个文件,命

2021-05-15 18:33:52 3167

原创 Fasta序列文件合并与分割,支持.seq等无头序列

写在前面我隐约记得我写过类似主题,但也并不确定。相关功能,我并不写使用说明的冲动,一者是这些功能至少是四五年前就有的,二者是这些功能其实比较简单,但也并不常用。然而,现在我还是决定写一篇。主要动机简单,TBtools “黑转粉” 的人不多。而其中就有一个老铁直接找我聊过。说实话,我还是比较感动。毕竟愿意花时间去认识其他人的人,确实不多。而后来,这位老铁的不少建议,我都是接受的。其中有很多好建议,尽管我都放在todo list。但既然这次的需求简单,我觉得我有必要做个回应。于是有今天这个教程。Fasta

2021-05-09 17:18:25 4145 2

原创 稀有 | GXF Stat 一次统计物种的Gene/mRNA/Exon/Intron/CDS/UTR...信息

写在前面近日在鼓捣课题的过程中,遇到了一些数据整理需求。需要快速统计物种的序列特征情况,比如基因,转录本,外显子,内含子,CDS,UTR等。但我们其实都清楚,很多物种的基因结构注释信息比较粗糙,所以前面我写了一个功能GXF Fix,详细见《GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3》。说实话,我觉得这个功能还是比较有用的。既然Fix有了,那么就可以搞“Stat”,于是今天主要介绍GXF Stat。看看结果文件先Emmm,这个功能说来也简单,就是做一个信息整理,结果文件如

2021-04-14 14:45:29 879

原创 贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3

写在前面目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码,大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时,对应的基因结构注释信息文件,如GTF或GFF3文件等,也可公开下载。对于绝大多数要使用这些公共资源的研究人员而言,有了这两个文件就足够了。但想象总是美好,现实却常常骨感。物种基因组很多,基因组序列质量不高的同时,基因结构注释信息文件更加不规范,往往直接影响下游数据分析。我最近在看一些数据,也就遇到类似的问题。如果规范化一个GFF3文件,补充对应的信息,使得该文件能够尽可能适应各类下游

2021-04-13 21:25:40 2230

原创 windows下直接跑MEME suite?对!任何人都可以。

Motif,模式,pattern,如下。我个人理解为:一组具有类似特征的序列。而在分子序列中,那么就是具有类似分子(如碱基或氨基酸)的序列。Motif,不是一个序列,所以在生物序列分析时,无论是预测和挖掘,都并不是简单的完全匹配就能完成,他的处理,有点像正则表达式,但事实上,应是HMM。这种情况下,使用已有工具,其实是最合适的。MEME suite是一个motif挖掘和分析工具。在大多数情况下,我们会使用它从批量数据中鉴定出某些保守的motif,比如Chip-seq;当然,我们也会使用某个特定的mot

2021-04-12 22:26:30 1338

原创 TBtools | 多图合一至强版教程!进化树 + Motifs + 结构域 + 启动子 + 基因结构 + ....

放一张效果图,这些,三四年前的东西,我其实一直懒得说。写在前面“Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说,也是一时兴起写出来的。开发的主要动机,还是发现师弟师妹在做的事情实在是太费时间精力。就这样,四五年过去了。直到现在,我仍然没搞懂,这个功能是怎么被大伙用起来的。我甚至没有花过时间,专门为这个功能写教程。网络上已有的教程,均是用户们自发总结,确实已经讲解得足够清晰明白。多少,我有时看到还是有点感动,毕竟这些事情也可以说是软件开发的一部分。太懒,仍然是我的问题。工.

2021-04-05 14:57:40 26128 6

原创 插件 | 蛋白序列集合功能注释快速完成 - Quick Protein Anno

写在前面下游数据分析的时候,大体会遇到以下两个场景:手工查看基因组任意位置的基因,具体的注释信息,以及其前后基因的功能注释信息手上有某个序列或者某几个序列,想要快速知道这些序列对应的蛋白到底都有什么功能一般而言,我们会使用BLAST软件,比对到一些数据库,然后整理整理。不过这个过程还是相对较慢。快,估计是所有人都在追求的。要加速这个过程,其实只需要做两个事情:数据库本地化,因为网页总归是慢一些的,尤其是网站主机在国外,比如NCBI使用比BLAST更快的软件,如ghostz或者diamond

2021-03-14 20:42:40 2246 1

原创 新手 | 青年基金申请流程

写在前面最近也加入了“写本子”大军。在新的领域暂无足够积累,但今年在大伙的鼓励下,我还是结合自己的能力属性,想了一个主题,并快快鼓捣出来。无论如何,做得如何另说,有没有做才是重点。熟悉下流程,为来年再战做好准备。大体记录下相关经历。猜想,有人或许在不久之后,可能会和我之前状态类似,即对基金申请毫不了解。获取基金申请账号是的…账号需要通过单位拿到,自己注册不了。所以第一步,就是联系单位相关负责人,由他们给你注册一个账号,然后拿着账号,登录国家自然科学基金管理信息系统。### 链接https://is

2021-03-08 16:55:25 5748

原创 !Help | 我又有一个有趣的想法!

写在前面Emmm,最近,说实话,确实是忙。基本没维护 TBtools 用户社群。好在老铁群管以及热心社群成员的无私付出,勉强应付得了林林总总的成员使用问题。当然,前几天去跑去学校西园吃饭的时候,一个人也没事干,稍微刷了下历史消息,总结:最近新手太多问题绝大多数为新手问题,而且他们基本没看过《生信札记》推文总的来说,绝大多数 TBtools 功能,我实现之后,多少是会写一个使用示例,然后推出来。同时,对于一些常见的使用问题,甚至结果解读,也会稍稍提及。对于用户来说,遇到问题,或许第一步就是翻翻《

2021-03-03 10:12:56 1628

原创 Tips | Windows 下增加右键菜单“复制文件路径”

写在前面知道我的人都应该很清楚,我的日常工作环境就是 Windows。为啥没有用 macOS?因为买不起;为啥不用 Linux?因为折腾补齐。后两者我多少都尝试了半年以上,最后还是转回 Windows。不可否认,macOS和Linux不同发行版,对开发效率都有帮助。但对于我个人来说,windows是最好的选择:用了快二十年windows,习惯在那里身边绝大多数用Windows,从方便沟通的角度出发,这是最好的选择TBtools 的主要用户在Windows下工作,macOS用户最多不到10%,从TB

2020-08-03 12:23:11 1133 1

TBtools_windows-x64_1_049.rar

2020年08月05 - TBtools 最新版本 - 既然到处有人上传我写的工具赚积分,那我就直接自己也上传一个。

2020-08-05

TBtools_windows-x64_0_66673.rar

TBtools最新版本程序,由《生信札记》微信公众号官方发布。 主要功能:序列提取,基因功能分析,本地Blast界面化,热图,韦恩图,Upset图 基因结构可视化,共线性分析与可视化 Circos图绘制,dnds批量计算等等...

2019-05-10

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