生信技能树 WES分析教程学习(1)conda安装软件，配置环境

1.首先添加conda的镜像

本文后续的分析主要参考的是这篇文章，主要是想用E.coil的数据进行后续的分析
https://zhuanlan.zhihu.com/p/33891718
但是再下载SRA数据的时候一直没下载下来
因为后续下载到了GATK上bundel上的100G的数据，所以直接俄按照jimmy后续的分析操作进行了。

conda的软件源有很多，其中专门收录了生物信息学软件的软件源，亦即bioconda。所以bioconda仅仅是conda的软件源之一，与bioconductor之于CRAN，bioperl之于CPAN是类似的。所以掌握bioconda，事实上也就是掌握conda，反之亦然。

常用的镜像有，清华大学的镜像，中科大的镜像和兰州大学的镜像等。
安装Anaconda或者miniconda，如若没有root权限，建议安装后者，后者包轻便，前者包含自带的一个python，安装过程如下:

#下载包 
wget "https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh"
#安装程序
bash  Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh
#添加环境变量
vim /etc/bashrc
export PATH=/tools/anaconda3/bin:$PATH  ##是你安装Anaconda的路径

配置bioconda
如果root身份运行则添加到全局，如果是用户身份运行则会修改用户主目录下的.condarc文件，与bashrc, bashprofile等类似

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channel