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本次工作的内容是将yaml文件中的key值进行修改并存入新的yaml文件。
1.解决迭代修改key的报错问题
字典中的key是不能通过循环修改的,会报错:
RuntimeError: dictionary changed size during iteration
所以我们可以通过创建一个新的键值对,并删除原来的键值对来修改key:
def convert(org_dict):
for key, value in list(org_dict.items()):
#替换key
old_key = key
#定义新的key
key = smiles2selfies(key)
#给key赋值
org_dict[key] = value
#删掉原来的key
del org_dict[old_key]
return org_dict
out = convert(data)
这样我们就可以循环的对key进行修改了。
2.将字典存入yaml文件中
首先用 yaml.safe_load(file_data) 获取yaml中字典格式的数据。
import yaml
file = open('/30t/lzj/drug/mol_opt/main/reinvent_selfies/results/results_reinvent_selfies_qed_0.yaml', 'r', encoding="utf-8")
#读取文件中的所有数据
file_data = file.read()
file.close()
#指定Loader
# data = yaml.load(file_data,Loader=yaml.FullLoader)
data = yaml.safe_load(file_data)
再将修改完的字典存入yaml文件
import os
"""
如果没有指定输出文件夹,就创建一个文件夹
sys.path.append(os.path.realpath(__file__))
path_main = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
if output_dir is None:
output_dir = os.path.join(path_main, "results")
"""
output_dir = ("/30t/lzj/drug/mol_opt/main/reinvent_selfies/results/")
output_file_path = os.path.join(output_dir, 'new2_results_' + "SELFIES" + '.yaml')
#对输出的字典进行排序,排序依据为value的第一个值的大小
#kv[1][0]中的第一个位置 1 表示字典中的value,0表示key;第二个位置的 0 表示第一个位置的值,1 表示第二个位置的值
result = dict(sorted(data.items(), key=lambda kv: kv[1][0], reverse=True))
with open(output_file_path, 'w') as f:
#sort_keys表示是否按照key排序,此处我们选择False
yaml.dump(result, f, sort_keys=False, default_flow_style=False)