G4beamline在ubuntu下的安装过程（联想工作站P920）

一、制作ubuntu安装盘

1. 在Windows系统上下载ubuntu系统镜像，网址：http://www.ubuntu.com
2. 准备一个大于2G的空U盘
3. 在Windows系统上安装软件UltraISO，网址：cn.ultraiso.net
4. 插入U盘→打开软件UltraISO→点击“打开”按钮→导入ubuntu镜像→点击“启动”按钮→点击“写入硬盘镜像”按钮→点击“写入”按钮（建议“写入方式”选择RAW，否则可能会在安装时出现Failed to load ldlinux.c32的问题）

二、安装ubuntu系统

1. 重启电脑→F12进启动选项→选择U盘启动→正常安装ubuntu系统
2. 安装完成后，进入桌面打开终端，输入：

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install net-tools

3. 如果开机时间太长，在终端输入：

systemd-analyze blame
查看使用时间最长的是什么程序，
如果是plymouth-quit-wait.service，这是开机动画，没用，可以把它屏蔽了，在终端输入：
sudo systemctl mask plymouth-quit-wait.service
如果是NetworkManager-wait-online.service，就在终端输入：
cd /etc/systemd/system/network-online.targets.wants/
sudo gedit NetworkManager-wait-online.service
将里面的ExecStart=/usr/bin/nm-online -s -q --timeout=30的数字改为3

4. 如果想关闭开关机动画，改为代码刷屏（推荐，助于发现问题），可以在在终端输入：
   > cd /etc/default/
   > sudo gedit grub
   将文件中的GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT=“quiet splash”
   改为： GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT=""
   最后在终端输入：
   > sudo update-grub
   即可完成。
5. 如果关机的时候卡住，可以修改systemd/system.conf 文件：

sudo gedit /etc/systemd/system.conf
将这两句话取消注释，并且将时间改小：
DefaultTimeoutStartSec=1s
DefaultTimeoutStopSec=1s
保存后在终端执行命令：
systemctl reload

三、配置G4beamline的前置软件

1. Root

1. 安装依赖库文件（注意大小写），在终端输入：

sudo apt-get install git dpkg-dev g++ gcc binutils libx11-dev libxpm-dev libxft-dev libxext-dev libxmu-dev

2. 在官网http://root.cern.ch下载编译好的安装包

3. 解压到自定义目录后配置环境变量，在终端输入：
   > sudo gedit /ect/profile
   > sudo gedit ~/.profile （推荐）

4. 在打开的文件末尾输入：
   export PATH=$PATH:ROOTSYS=/home/…/root

   export PATH=$PATH:ROOT_DIR=/home/…/root

   source /home/ … /bin/thisroot.sh

5. 保存并关闭文件profile，若要立即生效，则需在终端输入：

source /ect/profile

2. Cmake

1. 在终端输入：

sudo apt-get install cmake-gui

2. 点击左下角，将图标放在快速启动栏上

3. Qt

1. 在终端输入：

sudo apt-get install qt5-default

4. GSL

1. 在终端输入：

sudo apt-get install libgsl-dev

2. 配置环境变量，在终端输入：

sudo gedit /ect/profile

3. 在打开的文件末尾输入：
   export GSL_DIR=/usr
4. 保存并关闭文件profile，若要立即生效，则需在终端输入：

source /ect/profile

5. FFTW

1. 在终端输入：

sudo apt-get install fftw3-dev

2. 配置环境变量，在终端输入：

sudo gedit /ect/profile

3. 在打开的文件末尾输入：
   export FFTW_DIR=/usr
4. 保存并关闭文件profile，若要立即生效，则需在终端输入：

source /ect/profile

6. Open MPI

1. 在官网http://www.open-mpi.org下载稳定版源码包
2. 解压到自定义的目录（路径不要有中文，建议直接在/Home/下）
3. 在源目录下打开终端输入：

./configure --disable-dlopen --enable-static --disable-shared --disable-mpi-f77 --disable-mpi-f90 --prefix=/home/…/openmpi（若不写就是默认安装目录/usr/local/lib，建议默认）（参数不需要）
[…很多输出…]
sudo make -jN all （若为默认安装目录则需要sudo）
sudo make install（若为默认安装目录则需要sudo）
配置环境变量，在终端输入：
sudo gedit /ect/profile

4. 在打开的文件末尾输入：
   export PATH="$PATH:/usr/local/openmpi/bin"

   export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib/"

5. 保存并关闭文件profile，若要立即生效，则需在终端输入：

source /ect/profile

7. Geant4

1. 在官网http://geant4.web.cern.ch下载源码包
2. 解压到自定义的目录→新建build目录→打开cmake-gui进行如下配置：
   CMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/geant4.10.XX
   BUILD_SHARED_LIBS=OFF
   BUILD_STATIC_LIBS=ON
   GEANT4_USE_SYSTEM_EXPAT=OFF
   CMAKE_BUILD_TYPE=Release
   GEANT4_USE_RAYTRACER_X11=ON
   GEANT4_USE_OPENGL_X11=ON
   GEANT4_USE_QT=ON
3. 配置完成后，在终端输入：

make -jN （N为线程数，可从资源监视器中看CPU数）
make install

4. 配置环境变量，在终端输入：

sudo gedit /ect/profile

5. 在打开的文件末尾输入：
   export GEANT4_DIR=$HOME/Geant4
6. 保存并关闭文件profile，若要立即生效，则需在终端输入：

source /ect/profile

四、安装G4beamline

1. 在官网http://www.muonsinternal.com/muons3/G4beamline下载源码包
2. 解压到自定义的目录→新建安装目录（与build在同一行目录，名称必须为G4beamline-3.06）
3. 如果需要多线程MPI，必须先修改源文件目录中的MPI.camke文件，将注释里的内容按要求复制到指定位置，再将elseif那一行中的名字改为当前电脑的名字（在“设置\详细信息”里可以看到），若openmpi不是默认安装位置就将注释里openmpi的include和link路径添加上，切记！set(LIBS ${LIBS} mpi) 这一行不要有mpi_cxx !
4. 修改源文件g4bl/BLMPI.cc的第1142行，在“Type_”后面加”“create_”
5. 修改源文件g4bl下的Geant4Data.cc文件里的数据版本号，这样就可以使用最新的数据文件Geant4data
6. 打开cmake-gui进行配置，如果需要多线程就勾选MPI选项
7. 配置完成后，在终端输入：

sudo make -jN （N代表线程数）
make install

8. 注意：源代码的CMakeLists.txt可能有大小写问题，改正后即可
9. 下载geant4-data数据集，进入安装目录/bin/下，在终端输入：

./g4blgui

10. 点击“Download and Install Check and Datasets”开始下载，不要更改其它设置，数据集将位于/home/jl/目录下，完成后关闭窗口。
11. 下载完毕后关闭窗口，打开g4blgui运行例子。如果出现“不存在libThread.so.6.16”之类问题，在终端输入：

sudo ldconfig /home/…/G4beamline-3.06/lib/ （临时的）
或者，打开文件/etc/ld.so.conf（需要权限），在最后另起一行输入链接路径：/home/…/G4beamline-3.06/lib/ （永久的），之后在终端输入：
sudo ldconfig

12. 添加环境变量同上，代码：
    export G4BL_DIR=/home/…/G4beamline-3.06
    source /home/…/G4beamline-3.06/bin/g4bl-setup.sh （这行要有）
13. 创建快捷方式：打开安装目录里的压缩包→找到/bin/下的g4bl-icon→复制到桌面→修改文件名和内容后双击打开即可（详见百度）
14. g4blmpi N input.file （N代表核数，不是线程数），若要更改上限，则打开OpenMPI主机文件/usr/local/etc/openmpi-default-hostfile（openmpi为默认安装路径），并在最后添加（在新行中，需要sudo）：
    localhost slots=N （N为线程数上限，我的是36）

五、为g4bl文件添加Gedit的高亮模式

1. 进入/usr/share/gtksourceview-3.0/language-specs目录下
2. 在终端输入sudo gedit xxx.lang （随便打开一个，比如awk.lang）
3. 在该文件内添加内容：
   i. .awk;.g4bl
   ii. xxxxxxxxxxx
4. 红色内容为添加项

遇到问题先重启！！！