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RSS订阅原创 只有一列的数据框删除特定行后如何还能保持原有数据框的行列结构
只有一列的数据框在删除某些行后，会自动转换成numeric类型，可能只剩一行向量了。如何保持原有的数据框行列名和结构呢？加一列重复值，一劳永逸以下展示一个简单的数据框，我们删除尾号为01A的数据。可以看到删除改行后变成了类型为numeric的向量countscounts_normal <- counts[-grep("01A", rownames(counts)),]counts_normal结果如下我们可以添加一模一样的一列，再进行操作。问题可能是以后一直要带着这列“repeat”
2020-12-17 14:52:59
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原创 特殊符号“.”对命令识别的影响：bam样本名报错 和 转换gene id时‘ENSEMBL’ keys无法识别
对特殊字符“.”、“+”这些要特别注意，很有可能影响你的指令！用gatk来call体细胞突变时bam文件样本名始终报错我在用gatk mutect2 call somatic variants，报错bam样本名。用samtools view -h xxx.bam看过了bam header没有问题。但还是一直报错。找了很久，最后把bam文件名的“.”去掉就可以了。小数点在代码里常常有特殊意义，最好不要用到参数上！用clusterProfiler包的bitr转换gene id时识别不了输入的ENSEMB
2020-12-09 21:00:03
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原创 根据新旧文件名一一对应的表格批量循环修改文件名
Linux根据新旧文件名一一对应的表格批量循环修改文件名从TCGA上下载的①sample sheet文件包含file name，file ID 和对应sample type②gdc download文件含有counts和FPKM的两个文件③clinical文件：含有case submitter id和一些临床数据。这里的case id和file id不同根据gdc download文件中manifest文件中的file ID（如0096f6b3-94f5-49d9-aa43-66d9ab6b2b5
2020-12-08 17:19:14
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空空如也
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