根据新旧文件名一一对应的表格批量循环修改文件名

Linux根据新旧文件名一一对应的表格批量循环修改文件名

从TCGA上下载的
①sample sheet文件包含file name，file ID 和对应sample type
②gdc download文件含有counts和FPKM的两个文件
③clinical文件：含有case submitter id和一些临床数据。这里的case id和file id不同
根据gdc download文件中manifest文件中的file ID（如0096f6b3-94f5-49d9-aa43-66d9ab6b2b5c），去sample sheet中查找该ID对应的sample ID（如TCGA-AA-3979-01A），将以file ID命名的一千多个文件全部转换成对应的以sample ID命名的文件。
即：
用shell写循环：文件重命名

思路

①将文件名作为可以被awk使用的变量，这里用了选项-v
②如果sample sheet表格中存在与旧文件名相同的，将其对应的新文件名输出为外界变量。这里用了eval命令（会首先完成命令行所有的赋值替换，然后再执行命令行）。
③mv命令完成重命名

图片:

代码

#!/bin/bash
  for file in `ls | grep .counts`
     do
     eval $(awk -v FILENAME="$file" -F"\t" '{if($2==FILENAME)printf("newfilename=%s\n",$7) }' ./tryname.tsv)
     mv $file $newfilename
     done