特殊符号“.”对命令识别的影响：bam样本名报错 和 转换gene id时‘ENSEMBL’ keys无法识别

对特殊字符“.”、“+”这些要特别注意，很有可能影响你的指令！

用gatk来call体细胞突变时bam文件样本名始终报错

我在用gatk mutect2 call somatic variants，报错bam样本名。用samtools view -h xxx.bam看过了bam header没有问题。但还是一直报错。找了很久，最后把bam文件名的“.”去掉就可以了。小数点在代码里常常有特殊意义，最好不要用到参数上！

用clusterProfiler包的bitr转换gene id时识别不了输入的ENSEMBL

从TCGA下载的数据中，样本的"ENSEMBL"带有版本号，如ENSG00000000003.13，表示经过多次修正可能现在是第13个版本。而基因集中的‘ENSEMBL’肯定是以ENSG00000000003存在的。可以用字符串替代函数gsub将小数点及其后的数字们都替换成空，即删掉。注意到gsub()函数中一些特殊符号，如小数点"."、加号"+“等要加上两个反斜杠”\"来识别。

library(org.Hs.eg.db)
library(clusterProfiler)
gene <- COAD_counts$ECSG_ID
tmp=gsub("\\..*","",gene)
gene_id <- bitr(tmp, fromType = 'ENSEMBL', toType = c("SYMBOL", "GENENAME"), OrgDb = 'org.Hs.eg.db')