劲爆！CRISPR比早期ABEs快1100倍！道翰天琼认知智能机器人平台API接口大脑为您揭秘。

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近日，CRISPR 基因编辑奠基人 Jennifer Doudna 在 Science 杂志发表了题为 DNA capture by a CRISPR-Cas9–guided adenine base editor 的论文，首次解析了单碱基编辑器 ABE8e 的超高分辨率冷冻电镜结构，揭示了 ABE8e 如何实现 DNA 上的快速脱氨，为单碱基编辑技术的改进和安全应用提供了一条新的思路。CRISPR/Cas 系统可以说是目前生物学界的“明星产品”。早在 30 年前，九州大学生物科学和生命技术部的 Yoshizumi Ishino 教授首次发现 CRISPR，但当时它的生物学功能还没有被人们所认识。

 

CRISPR 基因编辑器的早期发展史

 

2000 年初，阿利坎特大学免疫和生理部的 Francisco J M Mojica 教授带领的小组发现了 CRISPR 的间隔区与细菌病毒、古菌病毒和质粒的序列相似性，终于揭示了 CRISPR 作为免疫系统的功能。并于 2005 年由三个研究小组独立发表在刊物上。与此同时，他们还发现早前一些编码极端嗜热古菌特有 DNA 修复蛋白的基因与 CRISPR 有着强烈关联性，并将其命名为 cas (CRISPR-associated)基因。在当时，该发现的重要性显然为世人所低估。

 

比较基因组分析表明，CRISPR 和 Cas 蛋白 (cas 基因产物) 实际上是一起工作的，共同构成了一个获得性免疫系统，以保护原核细胞抵御入侵的病毒和质粒，类似于真核生物的 RNA 干扰 (RNAi) 系统 。因此，研究人员开始意识到，这可能成为一个非常强大的工具。

 

腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C）和胸腺嘧啶（T）是 DNA 的基本构成单元，按照 A-T、C-G 的配对形式搭建起了 DNA 的双螺旋结构。CRISPR-Cas9 碱基编辑器由 RNA 引导的 Cas 蛋白与一种脱氨酶融合而成。没有任何天然的酶让 DNA 中的腺嘌呤脱氨，因此，当天然的转移 RNA 脱氨酶融合到 Cas9 上，并进化出一种腺嘌呤碱基编辑器（ABE）时，基因编辑界就实现了全新的突破。

 

将基因组 DNA 中的 A-T 碱基对转换为 G-C 碱基对，将 C-G 碱基对转换为 T-A 碱基对，有望纠正人类约 60% 已知致病性单碱基变异。这种转换可以通过 CRISPR-Cas9 碱基编辑器，RNA 引导的 Cas 蛋白与单链 DNA（ssDNA）脱氨酶融合来实现。DNA 中的 A-T 到 G-C 转换需要将腺苷脱氨为肌苷，而肌苷被细胞机制识别为鸟苷（图 1，A 和 B）。在 DNA 没有脱氨基酶的情况下，大肠杆菌 tRNA 腺苷脱氨酶（TadA）与 Cas9 融合，并进化成 ABE7.10，它能催化脱氧腺苷的靶向脱氨 。

 

ABE7.10 编码两个 TadA 的副本，一个 N 端野生型（WT）TadA 连接到进化的 TadA（TadA-7.10），它的 C 端连接到一个 "缺口酶"[即切割双链 DNA（dsDNA）的一条链]版本的嗜热链球菌 Cas9（nSpCas9）（图 1C）。此后，ABE7.10 作为一种工具被广泛应用于许多细胞类型和生物体的基因组 DNA 的脱氨。研究人员还发现 ABE7.10 变体在细胞中催化非靶向 RNA 编辑，这种活性通过 TadA-7.10 域的突变或去除 N 端 WT TadA 域而降低，生成一个截短版的 miniABEmax(图 1.C)。 

 

然而，无论是 ABE7.10 还是 miniABEmax，早期的腺嘌呤碱基编辑器（ABE）效率都很低，运行也缓慢。待 ABE7.10 进一步发展以后，诞生了 ABE8e，它能编码单个 TadA 域(TadA-8e)，并与 8 个测试的 Cas 效应器广泛兼容(图 1.C)。

 

ABE8e 究竟强在哪里？

 

为了了解腺嘌呤碱基编辑器（ABEs）DNA 腺嘌呤脱氨的分子基础，亚利桑那州大学助理教授 Lapinaite 等人利用冷冻电子显微镜成像技术，以 3.2A 分辨率解析了 ABE8e 结合 DNA 时的 3D 结构，其中用于捕获催化构象的模拟物取代了目标腺嘌呤。这是人类首次观察到正在工作中的单碱基编辑器，也首次了解到融合后的 ABE 编辑器实际上仍然分相对独立的两个模块在工作，这让我们看清了 Cas9 融合蛋白的融合模式。

 

研究人员观察到，脱氨酶与 CRISPR/Cas9 R - 环复合物内暴露的 DNA 结合。动力学和结构数据表明，ABE8e 催化 DNA 脱氨的速度比早期的 ABEs 快约 1100 倍，因为突变使 DNA 底物稳定在一个受限的、类似转移 RNA 的构象中。此外，ABE8e 加速的 DNA 脱氨表明，在 CRISPR/Cas9 监控双链 DNA 的过程中，可能会发生以前未观察到的瞬时 DNA 融化。

 

ABE8e 的快速多转位反式 ssDNA 脱氨动力学研究显示，ssDNA 中的任何腺苷，包括那些被 Cas9 短暂暴露在溶剂中的腺苷，都可能被 TadA-8e 脱氨。为了探究这个想法，研究人员使用 dsDNA，其中 NTS 含有多个腺嘌呤，比较了 ABE7.10、miniABEmax 和 ABE8e 的体外编辑特性（图 2E），发现 ABE7.10 和 miniABEmax 主要是对单个 PAM - 端腺嘌呤进行脱氨，ABE8e 则是对多个腺嘌呤进行脱氨，包括存在于 R 环双链区域内的腺嘌呤

 

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  认知智能和人工智能的优劣势对比主要可以分为四大方面： 第一：时代发展不同。人工智能是智能时代发展的第二个阶段，认知智能是智能时代发展的第三个阶段。时代发展上决定了认知智能更显具有时代领先性。 第二：基础理论体系不同。人工智能的基础理论体系以数学为基础，以统计概率体系为基础。认知智能基础理论体系以交叉许可理论体系为基础。包含古今中外哲学体系，心理学体系，逻辑学体系，语言学体系，符号学体系，数学体系等学科。其基础理论体系更加具有创新性，突破性和领先性。且交叉学科理论体系的研究也是未来智能发展的大方向。其具体理论体系，还包含三体论（宇宙，信息，大脑三者关系），融智学，和HNC等。 第三：技术体系不同。人工智能的核心技术体系主要是算法，机器学习，深度学习，知识图谱等。其主要功用在感知智能。感知智能其核心主要是在模仿人类的感知能力。认知智能的核心技术体系是以交叉学科理论体系而衍生出来的。具体包含三大核心技术体系，认知维度，类脑模型和万维图谱。认知智能的技术体系核心以类脑的认知体系为基础。以全方位模仿类脑能力为目标。人工智能以感知智能为基础的体系，只能作为认知智能中的类脑模型技术体系中的感知层技术体系。类脑模型大致包含，感知层，记忆层，学习层，理解层，认知层，逻辑层，情感层，沟通层，意识层等9大核心技术层。因此人工智能的核心只是作为认知智能类脑模型中的感知层。因此在技术体系上，人工智能和认知智能基本上没有太多的可比性。 第四：智能度成本等方面的不同：人工智能产品的综合智能程度，普遍在2-3岁左右的智力水平。认知智能产品其智能程度大致在5-8岁左右。认知智能体系构建的机器人更加智能。且更省时间，更省人力和资金。优势非常多。具体请看下列的逐项对比。

道翰天琼CiGril机器人API

道翰天琼CiGril认知智能机器人API用户需要按步骤获取基本信息：

1. 在平台注册账号
2. 登录平台，进入后台管理页面，创建应用，然后查看应用，查看应用相关信息。
3. 在应用信息页面，找到appid,appkey秘钥等信息，然后写接口代码接入机器人应用。

开始接入

请求地址：http://www.weilaitec.com/cigirlrobot.cgr

请求方式：post

请求参数：

参数	类型	默认值	描述
userid	String	无	平台注册账号
appid	String	无	平台创建的应用id
key	String	无	平台应用生成的秘钥
msg	String	""	用户端消息内容
ip	String	""	客户端ip要求唯一性,无ip等可以用QQ账号，微信账号，手机MAC地址等代替。

 

接口连接示例：http://www.weilaitec.com/cigirlrobot.cgr?key=UTNJK34THXK010T566ZI39VES50BLRBE8R66H5R3FOAO84J3BV&msg=你好&ip=119.25.36.48&userid=jackli&appid=52454214552

注意事项：参数名称都要小写，五个参数不能遗漏，参数名称都要写对，且各个参数的值不能为空字符串。否则无法请求成功。userid,appid,key三个参数要到平台注册登录创建应用之后，然后查看应用详情就可以看到。userid就是平台注册账号。

示例代码JAVA：

import java.io.ByteArrayOutputStream;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStream;
import java.net.HttpURLConnection;
import java.net.URL;

public class apitest {

    /**
     * Get请求，获得返回数据
     * @param urlStr
     * @return
     */
    private static String opUrl(String urlStr)
    {        
        URL url = null;
        HttpURLConnection conn = null;
        InputStream is = null;
        ByteArrayOutputStream baos = null;
        try
        {
            url = new URL(urlStr);
            conn = (HttpURLConnection) url.openConnection();
            conn.setReadTimeout(5 * 10000);
            conn.setConnectTimeout(5 * 10000);
            conn.setRequestMethod("POST");
            if (conn.getResponseCode() == 200)
            {
                is = conn.getInputStream();
                baos = new ByteArrayOutputStream();
                int len = -1;
                byte[] buf = new byte[128];

                while ((len = is.read(buf)) != -1)
                {
                    baos.write(buf, 0, len);
                }
                baos.flush();
                String result = baos.toString();
                return result;
            } else
            {
                throw new Exception("服务器连接错误！");
            }

        } catch (Exception e)
        {
            e.printStackTrace();
        } finally
        {
            try
            {
                if (is != null)
                    is.close();
            } catch (IOException e)
            {
                e.printStackTrace();
            }

            try
            {
                if (baos != null)
                    baos.close();
            } catch (IOException e)
            {
                e.printStackTrace();
            }
            conn.disconnect();
        }
        return "";
    }
    
    
    public static void main(String args []){        
            //msg参数就是传输过去的对话内容。            
            System.out.println(opUrl("http://www.weilaitec.com/cigirlrobot.cgr?key=UTNJK34THXK010T566ZI39VES50BLRBE8R66H5R3FOAO84J3BV&msg=你好&ip=119.25.36.48&userid=jackli&appid=52454214552"));
            
    }
}