基因组重复注释

#创建conda环境

conda create -n REPEAT RepeatMaskerr Repeatmodeler
conda activate REPEAT

#使用RepeatMasker进行重复序列比对

#使用RepeatMasker自有数据库预测重复
RepeatMasker -e ncbi -specoes Ciona intestinalis -gff -html -dir repeat Halful.fa

#自建数据库进行重复预测
BuildDatabase -name halfulmodeler Halful.fa

RepeatModeler -database halfulmodeler -pa 10 -LTRStruct

nohup RepeatModler -database halfulmodeler -pa 10 -LTRStruct &

#RepeatModeler生成halfulmodeler-families.fa halfulmodeler-families.stk

RepeatMasker -e ncbi -lib halfulmodeler-families.fa -pa 10 Halful.fa
#生成.fasta.out 记录基因组重复的位置信息类型
.fasta.tbl 对各重复归类汇总
.fasta.masked重复序列替换为N，用于后续注释

参考

基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用 - 简书

基因组结构注释 - 简书

如何进行基因组注释_生信技术的博客-CSDN博客_基因组注释信息