2022.12.2BUSCO评估基因组、蛋白序列质量并画图记录

#创建BUSCO conda环境并进入

conda create -n BUSCO -c bioconda busco
conda activate BUSCO

#运行BUSCO

nohup busco -m [protein,genomes] -i [input.fasta] -o [output folder] -l [数据库]~/YYY/Genommens-Quality/BUSCO/metazoa_odb10 -c 4 &
#实际跑时加了-f参数 因为先mkdir了output folder引起了报错

#BUSCO结果画图

在执行完毕之后，可以使用generate_plot.py画条形图，可以进行多个物种间同一个库结果的比较。

1. 首先把所有的经过BUSCO检测的物种结果short_summary.txt后缀文件放到一个文件夹（result）下；
2. 然后运行python busco/scripts/generate_plot.py –wd result；
3. conda安装py文件在：/home/shuichan301/anaconda3/envs/BUSCO/bin/generate_plot.py
4. generate_plot.py会在指定的目录下识别short_summary.specific/genetic前缀文件，载入所有符合这个模式的文件，然后在result下生成busco_figure.R脚本。
5. 然后运行这个脚本调用ggplot2生成图。如果当前环境的R中没有安装ggplot2

参考：生物信息：BUSCO进行完整性分析的问题? - 知乎