【医学图像分割】KiTS19 肾脏肿瘤原始图像image数据集获取方法踩雷

最新推荐文章于 2024-05-13 14:17:10 发布
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【医学图像分割】KiTS19 肾脏肿瘤原始图像image数据集获取方法踩雷

获取KiTS19 肾脏肿瘤分割数据集时候，官网https://kits19.grand-challenge.org上的git仓库中https://github.com/neheller/kits19提供了一部分数据集，这部分数据集是已经分割过的数据，如下，这是分割过的,但是还缺少原始图像的数据集
在这里插入图片描述
这部分数据是imaging.nii.gz，在这里插入图片描述
获取imaging.nii.gz有两种方法，第一种是按照官网给的方法https://github.com/neheller/kits19

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KiTS 医学图像分割数据集
01-03
KiTS21 (Kidney Tumor Segmentation) 是一个分割肾脏及其上的肿瘤和囊肿的 CT 数据集，作为 MICCAI 2021 的一个挑战赛。目前 KiTS 挑战赛举办了三届，KiTS19，KiTS21 和 KiTS23。KiTS21 作为第二届 KiTS 挑战赛，相比 KiTS19 仅分割肾脏和肿瘤，KiTS21 新增了囊肿的分割，这三类分割被进一步在 KiTS23 中延用。KiTS21 数据包括 300 例公开的训练数据和 100 例不公开的测试数据，其中训练数据来源为 KiTS19 的 210 例训练数据加上 90 例测试数据构成。 肾癌是全球成人最常见的恶性肿瘤之一，而且发病率被认为在不断上升。幸运的是，大多数肾肿瘤都是在局部仍可手术的情况下被早期发现的。然而，有关局部肾肿瘤治疗的一些重要问题仍未得到解答，转移性肾癌几乎都是致命的。肾肿瘤在计算机断层扫描（CT）中成像明显，这使得放射科医生和外科医生能够开展重要工作，研究肿瘤的大小、形状和外观与其治疗前景之间的关系。
kits19:2019年肾脏和肾脏肿瘤分割挑战赛的官方资料库
04-29
KiTS19 官方的存储库。 注意：此挑战的2021年迭代正在进行中！ （未完成） 用法 要获取此挑战的数据，请克隆该存储库（约500MB），然后运行get_imaging.py 。 例如 git clone https://github.com/neheller/kits19 cd kits19 pip3 install -r requirements.txt python3 -m starter_code.get_imaging 这将从单独的源下载更大，更大的静态图像文件。 然后， data/目录的结构应如下所示 data ├── case_00000 | ├── imaging.nii.gz | └── segmentation.nii.gz ├── case_00001 | ├── imaging.nii.gz | └── segmentation.nii.g
2024年一文实现nnUNet v2 分割肾脏肿瘤数据集KiTS19_kits19数据集(5)，2024年最新食堂大妈看完都会了
afagagagaa的博客
05-13 823
modality: 模态，0表示CT数据，1表示MR数据。nnU-Net会根据不同模态进行不同的预处理（nnunet-v2版本改为channel_names）说明，这里是路径是你自己的路径，就是上一步创建的三个文件夹的路径（这部分说明不需要写进去，只需要以下三行代码）labels: label中，不同的数值代表的类别(v1版本和v2版本的键值对刚好是反过来的)test: 只包含测试集的image. 这里跟Training不一样。training: 训练集的image 和 label 地址对。
使用nnUNet训练肾脏肿瘤分割数据集KiTS19（仅用于记录）
u010684651的博客
09-03 1448
仅用于记录自己使用nnUNet的过程
2024年大数据最全一文实现nnUNet v2 分割肾脏肿瘤数据集KiTS19_kits19数据集
2401_84160041的博客
05-02 423
modality: 模态，0表示CT数据，1表示MR数据。nnU-Net会根据不同模态进行不同的预处理（nnunet-v2版本改为channel_names）说明，这里是路径是你自己的路径，就是上一步创建的三个文件夹的路径（这部分说明不需要写进去，只需要以下三行代码）labels: label中，不同的数值代表的类别(v1版本和v2版本的键值对刚好是反过来的)test: 只包含测试集的image. 这里跟Training不一样。training: 训练集的image 和 label 地址对。
一文实现nnUNet v2 分割肾脏肿瘤数据集KiTS19
xin_yan_tang的博客
08-05 1432
nnUNet v2实现KiTS分割
【图像分割】KiTS19 肾脏肿瘤分割数据集获取方法
lynnhgwang的博客
04-15 6425
比赛官网：KiTS19 Challenge Homepage 数据集下载方法 1. 找到官方提供的项目的github地址 2. 将该项目clone或者下载本地。 data目录下就是数据集300个标签数据，但没有原图数据。 根据README的提示，需要运行项目进行原图数据的获取。 我在命令行里面运行了该项目，发现数据下载的速度非常缓慢，并且有些数据只能下载一部分。 解决.........
基于MONAI框架UNet网络进行KiTS19数据集中的医学CT图像分割任务python源码+项目说明+数据.zip
04-09
+ **任务**：使用MONAI框架中的UNet网络完成KiTS19数据集的肾脏和肿瘤分割任务。 + MONAI框架中提供了UNet、UNetr等网络的实现，只需要直接引入网络进行训练就可以。 ...... #### 文件描述 + **UNet**：原始代码和...
基于MONAI框架的UNet网络进行KiTS19数据集中的医学CT图像分割任务
最新发布
06-07
【项目介绍】：任务：使用MONAI框架中的UNet网络完成KiTS19数据集的肾脏和肿瘤分割任务。 MONAI框架中提供了UNet、UNetr等网络的实现，只需要直接引入网络进行训练就可以。 BasicUNet：basicUNet代码和相关文件 ...
插值运算图像增强
yunxinan的专栏
01-04 684
为了做项目我测试不同的插值算法来实现自己的数据控制 参考脚本博客：https://blog.csdn.net/JNingWei/article/details/78822026 我适当修改代码 相关操作如下： # coding=utf-8 import cv2 """ INTER_NEAREST | 最近邻插值 INTER_LINEAR | 双线性插值（默认设置） INTER_AREA | 使...
深度学习 插值法
樊鴻燁的博客
09-01 3685
插值法线性插值最近邻插值如何寻找四个点  在图像几何变换时，无法给有些像素点直接赋值，例如，将图像放大两倍，必然会多出一些无法被直接映射的像素点，对于这些像素点，通过插值决定它们的值。于是，产生了图像插值算法。  插值法主要可以分为两类，一类是线性图像插值方法，另一类是非线性图像插值方法  那么在传统的插值方法如最近邻插值，双线性插值以及双三次插值等都属于线性插值方法。这类插值方法在图像插值过程中采用同一种插值内核，不用考虑待插像素点所处的位置，这种做法会使图像中的边缘变得模糊不清，达不到高清图像的视觉
volume:用于在诸如Kits19之类的体积数据集上进行流形学习的仓库
03-20
volume:用于在诸如Kits19之类的体积数据集上进行流形学习的仓库
nnUnet肾脏肿瘤分割实战(KiTS19)
weixin_44858814的博客
05-05 9679
nnUnet肾脏肿瘤分割实战 KiTS19 Challenge Homepage nnunet项目官方地址 MIC-DKFZ/nnUNet 使用nnunet之前，建议先阅读两篇论文 nnU-Net: Self-adapting Framework for U-Net-Based Medical Image Segmentation nnU-Net: a self-configuring method for deep learning-based biomedical image segmentation
（KiTS19-肾肿瘤分割挑战赛——第七名）Multi Scale Supervised 3D U-Net for Kidney and Tumor Segmentation
hu_wei123的博客
10-14 550
U-Net在各种医学图像分割挑战中取得了巨大成功。一些新的、带有花里胡哨功能的架构可能在某些数据集中在使用最佳超参数时取得成功，但它们的泛化性能无法保证。在这项工作中，我们专注于基本的U-Net架构，并提出了一种多尺度监督的3D U-Net，用于KiTS19挑战中的分割任务。为了提高性能，我们的工作可以总结为三个方面：首先，在解码器路径中使用多尺度监督，可以鼓励网络从深层预测正确的结果；其次，为了缓解肾脏和肿瘤样本不平衡的不良影响，我们采用了指数对数损失；第三，设计了一种基于连通组件的后处理方法。
一文实现nnUNet v2 分割肾脏肿瘤数据集KiTS19_kits19数据集
2401_84164649的博客
04-17 985
在nnUNet_raw文件中，新建文件夹Dataset040_KiTS。然后在dataset_conversion文件中，新建一个py文件，用来生成对KiTS数据集做出描述的json文件dataset。然后在dataset中，新建四个文件夹如下图所示，其中后三个用来存储nnunet数据和结果。结构化处理的结果是在nnUNet_raw/Dataset040_KiTS文件下，生成四个文件。分别是，训练数据（应该是210条），测试数据（90），训练标签(210)，数据说明。在下载好数据以后，对数据进行处理。
Literature reviews of top KiTS19
qq_37735698的博客
11-22 660
Datasets: C4KC-KiTS19 与MICCAI19合办；可靠的肾脏和肾脏肿瘤语义分割；open on github; downloaded(脚本运行过程中有卡顿或有case的image不完整) 数据集：共300例CT（10-18） in NIFTI，接受部分或彻底肾切除术的独特肾癌患者的动脉期腹部CT扫描生成了ground truth。其中210例训练，90例test。 注：数据标注是医学学生临床医师的指导下进行的，在过程掺杂了简单线性插值。fat标签的划分源于高斯模糊和阈值分割。mo.
[论文阅读]KiTS(肾脏肿瘤分割挑战赛)2019第一名解决方案----An attempt at beating the 3D U-Net
gefeng1209的博客
10-26 3357
预处理方法 1.重采样 KiTS数据集的图像spacing是不相同的，卷积神经网络没有办法解释体素间距，因此需要通过重采样将所有图像的体素spacing统一到一个公共的值，文章的target spacing=3.22*1.62*1.62，对应的图像shape=128*248*248 2.强度裁剪 当从不同的扫描仪或医院扫描同一器官时，期望同一器官的强度值是相同的。这个属性经常被用来设置一个...
KITS+肾脏肿瘤预处理+重采样+窗体变换+强度裁剪
h201601060805的博客
10-21 2201
摘要 目前正在做肾脏肿瘤的预处理问题，比赛地址。 KiTS19 年比赛的 结果。 JunMa大佬在自己的知乎里面给出了自己的看法和对于论文的学习与展望。 我最近正在解决数据预处理的问题，论文的数据预处理分为了重采样，spacing 到 3.22mmx1.62mmx1.62mm，然后将灰度值cut off到[-79,304],然后将cut off 之后的数据进行z-score（subtract 101 and divide by 76.9 to bring the intensity values in a
图像分割-肾脏的miccai竞赛数据集有哪一些
02-03
MICCAI竞赛数据集中包含了多个用于肾脏图像分割的数据集。其中包括了来自不同来源和不同分辨率的肾脏CT和MRI影像数据。这些数据集可以用于评估和比较不同肾脏图像分割算法的性能。 其中包括了KiTS数据集，该数据集包括了来自肾脏肿瘤实例分割挑战的120个CT扫描，这些扫描是经过专业标注的。此外，还有一个类似的数据集叫做KiTS19，它包括了来自多个医疗中心的210个CT扫描，用于进行肾脏肿瘤的分割和定位。 此外，还有一个数据集叫做Koln数据集，该数据集包括了来自肾脏CT扫描的99个三维图像数据，可用于进行肾脏的分割。此外，还有一个叫做3DIRCADb数据集，它包括了来自三维腹部CT扫描的20个病例，其中包括了肾脏的图像数据，用于肾脏器官的分割。 以上这些数据集都是MICCAI竞赛中用于肾脏图像分割的常用数据集，它们包含了丰富的多模态、多尺度的肾脏影像数据，为图像分割算法的研究和评估提供了重要的数据基础。

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