实验室Linux常规命令合集——长期更新

查看使用帮助

man ls        # 许多Linux自带命令可以通过man查看使用帮助
ls --help    
ls -h # 有些程序可以通过-h, --help查看使用帮助

显示目录内容

ls                      # 显示目录内容
ls -l                   # 以列表显示形式显示目录内容，通常在~/.bashrc文件中增加一行：alias ll='ls -l' ，以后就可以直接使用别名ll了，更方便
ll -h                   # 以人类可读的方式显示文件大小
ll -t                   # 以文件的修改时间排序，最新修改的在最前面
ll -tr                  # 以文件的修改时间排序，最新修改的在最后面
watch -n n -dc ls -l    # 追踪目录内容的变化，每n秒刷新一次

pwd - 显示当前目录

pwd                 # 显示当前目录的绝对路径
ls `pwd`/file       # 显示文件的绝对路径

切换目录

cd dir    # 切换到目录dir
cd        # 切换到用户的HOME目录
cd ~      # 同cd，~表示HOME目录
cd ..     # 切换到上一级目录；一个点.表示当前目录，两个点..表示上一级目录
cd -      # 切换到进入当前目录之前所在的目录

创建目录

mkdir dir           # 创建dir目录
mkdir -p dir1/dir2  # 递归创建目录，如dir1不存在，会先创建dir1

按行合并文件

cat file              # 合并一个或多个文件至标准输出，当只有一个文件时，相当于显示所有文件内容
cat file1 file2       # 合并file1和file2的内容，并在屏幕上输出
cat R1.fq.gz R2.fq.gz # 可以合并gzip压缩文件，如测序数据原始reads的合并

按列合并文件

paste -d ' ' file1 file2    # 按列对列的方式一行一行合并文件。默认列中间加TAB键， -d参数可以改变列之间的分隔符

分割文件

split -d -l 10000 file chunk_   # 按行数分割文件，每个文件最多10000行，分割成的文件名为chunk_01, chunk_02。。。
split -d -b 100m file chunk_    # 按大小分割文件，每个文件最多100m，分割成的文件名为chunk_01, chunk_02。。。

剪切文件

cut -f 1 file                   # 剪切文件的第1列
cut -f 1,2                      # 剪切文件的第1，2列
cut -f 3-                       # 剪切第3列及之后的所有列
cut -d ' ' -f 1 file            # 剪切第1列，但以空格作为列与列之间的分隔符。默认以TAB作为分隔符
grep '^>' test.fa | cut -c 2-   # 得到fasta文件中的序列名称（去掉了>符号）

显示文件内容

less file       # 分屏显示文件内容，按空格键显示下一页，按下/后可以搜索内容
less -SN file   # 显示文件的行号，并且截断太长的行 
​
head file       # 默认显示文件前10行
head -n 20 file # 显示文件前20行
​
tail file       # 默认显示文件后10行
tail -n 20 file # 显示文件后20行
tail -n +2 file # 跳过第1行，显示从第2行开始的所有行，可用于跳过文件的标题行
tail -f file    # 当文件的内容还在增加时，实时显示末尾增加的内容，常用于查看日志文件的更新情况

统计文件内容

wc -l file      # 统计文件行数

创建文件

touch file                  # 创建一个空文件
touch {file1,file2,file3}   # 同时创建3个文件

文件、目录的复制，移动删除

scp file1 file2     # 将file1复制一份，命名为file2，复制目录要加-r参数：scp -r
mv file1 dir1/      # 将file1移动到dir1/目录下
mv file1 file2      # 重命名：即将file1移动成为file2
rm file             # 删除文件，删除目录要加-r参数：rm -r
rm -f file          # 文件若不存在，删除时会报错，加-f参数就不会报错

文件打包压缩

# 平时tar基本上就能完成打包、压缩、解压的任务了
tar czvf file.tar.gz files  # 打包并压缩
tar xvf file.tar.gz         # 解包，解压缩
​
gzip file                   # 压缩
gunzip file.gz              # 解压

改变文件目录的权限

chmod +x file   # 增加[本人]可执行权限
chmod -x file   # 取消[本人]可执行权限
chmod a+x file  # 增加[所有人]可执行权限
chmod a-x file  # 取消[所有人]可执行权限
chmod 777 file    #给予文件运行权限

移动文件权限

chown <112> file      # 将文件的所有权给112
chown -R <112> dirname    # 将目录以及目录内的文件的所有权给112

排列

sort file				# 默认按字典序对文件进行排序
sort -k2,2 -k3,3 file	# 先按第2列排序，第2列相同，再按第3列排序
sort -k2,2n file		# 按第2列排序，且第2列是数字，升序
sort -k2,2nr file		# 按第2列排序，且第2列是数字，降序
sort -u file			# 先排序文件，然后去除相邻的重复行，只保留一条记录
sort file | uniq		# 去除相信的重复行，只保留一条记录，相当于： sort -u file

# 利用sort, uniq取两个文件的交、并、补集
sort a b | uniq			# 并集
sort a b | uniq -d > c	# 交集
sort a c | uniq -u 		# 补集

从网址下载文件

wget <http>	# 下载文件到当前目录，文件名保持不变

ssh远程连接

ssh username@host					 # ssh 远程连接至服务器

scp username@host:/path/to/file .	 # 将远程服务器上的文件传输到当前目录，文件名保持不变，复制目录加参数-r
scp file username@host:/path/to/dir/ # 将本地文件复制到远程服务器，文件名保持不变，复制目录加参数-r

rsync -azvP dir1 dir2					# 将dir1的内容同步至dir2
rsync -azvP --delete dir1 dir2			# 同步dir2与dir1，dir1中删除的文件，dir2中也要跟着删除
rsync -azvP --exclude 'file' dir1 dir2  # 同步dir2与dir2，且将file排除在外

df -h		# 查看磁盘使用情况，-h表示以人类可读的方式显示容量大小
du -sh		# 查看当前目录使用了多少磁盘空间
du -sh *	# 查看当前目录下各文件或文件夹使用的磁盘空间
free -h		# 查看内存使用情况

top -c		# 查看CPU，内存的使用情况
htop		# top的完美替代品，Linux系统不自带，需要安装， ubuntu系统：apt install htop
ps aut		# 查看后台任务运行情况，第2列是任务的PID号
kill -9 PID # 删除编号为PID的任务

nohup ./run.sh &> run.sh.o &	# 远程SSH登录服务器，在后台运行任务，断开远程连接后任务仍然在后台跑

./run.sh	# 假如任务是直接这样开始跑的
ctrl + z	# 按ctrl + z，将任务放到后台
jobs		# 输入jobs命令，回车，可以看到任务是暂停的： [1]+  Stopped(SIGTSTP)        bash run.sh
bg			# 让后台暂停的任务开始运行
jobs		# 再次运行jobs，可以看到任务已经跑起来了：   [1]+  Running                 bash run.sh &
disown -r 	# 从当前shell中移除运行中的作业，至此，可以关掉终端回家了