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原创 Frequency calculation and screening.py
# -*- coding: utf-8 -*-# @Time : 2021/5/17 # @Author : Henrette_L########################################----READ ME----########################################'''1.选取需要将结果保存的路径Eg:保存在F:\geno result\打开cmd后输入f: 回车cd geno result2.运行程序 在上述路径下输入
2021-05-19 22:10:26 130
原创 数据分析处理.ipynb
# -*- coding: utf-8 -*-# @Time : 2021/5/19# @Author : Henrette_Limport osimport pandas as pdimport timestart = time.time()path = '/Users/eason/Documents/PythonProgrames/数据分析/Henriette/data/'path = input("请输入文件路径:")filename = input("请输入文件保存名
2021-05-19 22:05:57 450
原创 频率计算及筛选.py
# -*- coding: utf-8 -*-# @Time : 2021/5/17 # @Author : Henrette_Limport osimport pandas as pdpath = input("请输入文件所在路径:")# path = '/Users/数据分析/Henriette/data/'file_list = os.listdir(path)file_list.remove('.DS_Store')for i in file_list: df
2021-05-17 13:46:56 180
原创 模型三
i=1;for s =0.1:0.1:1;f=[-0.05*(1-s)-0.27*(1-s)-0.19*(1-s)-0.185*(1-s)-0.185**(1-s)s]’;A=[0 0.025 0 0 0 -1;0 0 0.015 0 0 -1;0 0 0 0.055 0 -1;0 0 0 0 0.026-1];b=[0 0 0 0]’;aeq=[1 1.01 1.02 1.045 1.065 0];beq=[1];lb=zeros(6,1);[x,foal,exitflag,options
2021-03-27 11:54:38 113
原创 实验室Linux常规命令合集——长期更新
查看使用帮助man ls # 许多Linux自带命令可以通过man查看使用帮助ls --help ls -h # 有些程序可以通过-h, --help查看使用帮助显示目录内容ls # 显示目录内容ls -l # 以列表显示形式显示目录内容,通常在~/.bashrc文件中增加一行:alias ll='ls -l' ,以后就可以直接使用别名ll了,更方便ll -h
2021-03-26 21:02:45 122
原创 FullSSR.pl运行方式
/* * Author:Henriette-L(3312065512@qq.com) * Date:2021-3-11 */VMware Workstation Pro 14CentOS 7 64位FullSSR.pl # https://sourceforge.net/projects/fullssr/.1.虚拟机连接U盘(Linux系统为图形化)点击标题栏—>虚拟机—>可移动设备—>……USB大容量存储—>连接虚拟机桌面上出现Q标识程序运行右键打
2021-03-11 17:53:05 115
原创 FullSSR.pl安装方式部分
/* * Author:Henriette-L(3312065512@qq.com) * Date:2021-3-11 */VMware Workstation Pro 14CentOS 7 64位FullSSR.pl # https://sourceforge.net/projects/fullssr/.安装方式下载后解压打开终端安装bioperl[@localhost ~]$ perl -MCPAN -e shellCPAN.pm requires configura.
2021-03-11 17:34:44 227
原创 FullSSR.pl安装存在的小问题
安装完毕后依然存在一些问题无法运行,例如环境配置和文件权限不足#开启文件权限sudo su #开启管理员模式cd /目标所在目录/chmod 777 filename 环境配置可私信解决
2021-03-11 17:31:28 67
原创 module
cpan[27]> install Getopt::LongRunning install for module 'Getopt::Long'Running make for J/JV/JV/Getopt-Long-2.52.tar.gzFetching with LWP:http://cpan.uni-altai.ru/authors/id/J/JV/JV/Getopt-Long-2.52.tar.gzFetching with LWP:http://cpan.uni-altai.ru/
2021-03-09 21:16:50 94
原创 FullSSR.pl
[@localhost ~]$ perl -MCPAN -e shellCPAN.pm requires configuration, but most of it can be done automatically.If you answer 'no' below, you will enter an interactive dialog for eachconfiguration option instead.Would you like to configure as much as po
2021-03-09 12:48:42 121
原创 FullSSR.pl运行报错。
./FullSSR.plCan't locate Bio/Tools/Run/Primer3.pm in @INC (@INC contains: /root/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi /root/perl5/lib/perl5 /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/l.
2021-03-08 21:47:03 141
原创 install Bio::Tools::Run::Primer3
cpan[13]> install Bio::Tools::Run::Primer3Running install for module 'Bio::Tools::Run::Primer3'Running make for C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-Run-1.007003.tar.gzFetching with LWP:http://www.perl.com/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-Run-1.007003.tar.gz
2021-03-08 21:36:25 200
原创 install CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz
cpan[9]> install CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gzRunning make for C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gzFetching with LWP:http://www.perl.com/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gzChecksum for /root/.cpan/sources/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/
2021-03-08 21:34:03 172
原创 install Bio::seqIO
perl -MCPAN -e shellcpan[1]> install Module::BuildReading '/root/.cpan/Metadata' Database was generated on Sat, 06 Mar 2021 02:55:31 GMTo confFetching with LWP:http://www.perl.com/CPAN/authors/01mailrc.txt.gzoReading '/root/.cpan/sources/auth
2021-03-08 21:15:58 1760 5
原创 记录
curl -L https://install.perlbrew.pl | bash % Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current Dload Upload Total Spent Left Speed100 170 100 170 0 0 42 0 0:00:04
2021-03-06 14:25:02 203
原创 bioperl插件安装报错记录
$ perl -MCPAN -e shellcpan[1]> install Bio::SeqIO#此处报错Running install for module 'Bio::SeqIO'Running make for C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.7.8.tar.gz Has already been unwrapped into directory /root/.cpan/build/BioPerl-1.7.8-V5bXpY CPAN.pm: Building
2021-03-06 11:22:03 522
原创 我太难了
俺只能说我太难了perl -vperl -MCPAN -e shellcapan> install Module::Build#这里可以是其他插件名称capan> o conf commitcapan> d /bioperl/capan> install <bioperl>
2021-03-05 21:20:22 127
翻译 Bacterial seed endophyte shapes disease resistance in rice种子内生菌与水稻抗病性的关系
Abstract种传性细菌病害在全世界范围内对禾谷类作物生产产生严重影响。在多种作物中部分发生抗病性的原因依然难以捉摸。在这里,我们观察到在相同的病原菌作用下,同种水稻植株可以产生抗病性和易感性表型。在鉴定出种子内生细菌为抗性作用剂后,利用高通量数据、基因诱变和分子相互作用整合的方法发现了其潜在的作用方式。鞘氨醇单胞菌通过产生邻氨基苯甲酸在抗性水稻种子中的世代积累和传播将抗性赋予病易感性表型。在不影响细胞生长的情况下,邻氨基苯甲酸通过干扰种传病菌——植物伯克氏菌(一种常见的水稻病原细菌)的RpoS转录..
2021-01-19 14:00:24 621 1
原创 SNP位点上下游序列查找1.0 2020-9-27
换账号重新发布orz/* * Author:Henriette-L(luanxito@163.com) * Date: 2020-9-27 * Introduction: (等我有空补)简单来说给定SNP序列的Excel文件,在源序列txt文件中查找SNP位点的上下游300个序列并且定位。 */ package demo;import java.io.File;import java.io.FileInputStream;import java.io.FileOutputStream;
2021-01-04 16:10:24 1002 4
空空如也
空空如也
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