Henrietta_L-CSDN博客

原创 Frequency calculation and screening.py

# -*- coding: utf-8 -*-# @Time : 2021/5/17 # @Author : Henrette_L########################################----READ ME----########################################'''1.选取需要将结果保存的路径Eg：保存在F:\geno result\打开cmd后输入f: 回车cd geno result2.运行程序在上述路径下输入

2021-05-19 22:10:26 117

原创数据分析处理.ipynb

# -*- coding: utf-8 -*-# @Time : 2021/5/19# @Author : Henrette_Limport osimport pandas as pdimport timestart = time.time()path = '/Users/eason/Documents/PythonProgrames/数据分析/Henriette/data/'path = input("请输入文件路径：")filename = input("请输入文件保存名

2021-05-19 22:05:57 439

原创频率计算及筛选.py

# -*- coding: utf-8 -*-# @Time : 2021/5/17 # @Author : Henrette_Limport osimport pandas as pdpath = input("请输入文件所在路径：")# path = '/Users/数据分析/Henriette/data/'file_list = os.listdir(path)file_list.remove('.DS_Store')for i in file_list: df

2021-05-17 13:46:56 169

原创模型三

i=1；for s =0.1:0.1:1;f=[-0.05*(1-s)-0.27*(1-s)-0.19*(1-s)-0.185*(1-s)-0.185**(1-s)s]’;A=[0 0.025 0 0 0 -1;0 0 0.015 0 0 -1;0 0 0 0.055 0 -1;0 0 0 0 0.026-1];b=[0 0 0 0]’;aeq=[1 1.01 1.02 1.045 1.065 0];beq=[1];lb=zeros(6,1);[x,foal,exitflag,options

2021-03-27 11:54:38 101

原创实验室Linux常规命令合集——长期更新

查看使用帮助man ls # 许多Linux自带命令可以通过man查看使用帮助ls --help ls -h # 有些程序可以通过-h, --help查看使用帮助显示目录内容ls # 显示目录内容ls -l # 以列表显示形式显示目录内容，通常在~/.bashrc文件中增加一行：alias ll='ls -l' ，以后就可以直接使用别名ll了，更方便ll -h

2021-03-26 21:02:45 112

原创 FullSSR.pl运行方式

/* * Author：Henriette-L（3312065512@qq.com） * Date：2021-3-11 */VMware Workstation Pro 14CentOS 7 64位FullSSR.pl # https://sourceforge.net/projects/fullssr/.1.虚拟机连接U盘（Linux系统为图形化）点击标题栏—>虚拟机—>可移动设备—>……USB大容量存储—>连接虚拟机桌面上出现Q标识程序运行右键打

2021-03-11 17:53:05 103

原创 FullSSR.pl安装方式部分

/* * Author：Henriette-L（3312065512@qq.com） * Date：2021-3-11 */VMware Workstation Pro 14CentOS 7 64位FullSSR.pl # https://sourceforge.net/projects/fullssr/.安装方式下载后解压打开终端安装bioperl[@localhost ~]$ perl -MCPAN -e shellCPAN.pm requires configura.

2021-03-11 17:34:44 215

原创 FullSSR.pl安装存在的小问题

安装完毕后依然存在一些问题无法运行，例如环境配置和文件权限不足#开启文件权限sudo su #开启管理员模式cd /目标所在目录/chmod 777 filename 环境配置可私信解决

2021-03-11 17:31:28 55

原创 module

cpan[27]> install Getopt::LongRunning install for module 'Getopt::Long'Running make for J/JV/JV/Getopt-Long-2.52.tar.gzFetching with LWP:http://cpan.uni-altai.ru/authors/id/J/JV/JV/Getopt-Long-2.52.tar.gzFetching with LWP:http://cpan.uni-altai.ru/

2021-03-09 21:16:50 82

原创 FullSSR.pl

[@localhost ~]$ perl -MCPAN -e shellCPAN.pm requires configuration, but most of it can be done automatically.If you answer 'no' below, you will enter an interactive dialog for eachconfiguration option instead.Would you like to configure as much as po

2021-03-09 12:48:42 104

原创 FullSSR.pl运行报错。

./FullSSR.plCan't locate Bio/Tools/Run/Primer3.pm in @INC (@INC contains: /root/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi /root/perl5/lib/perl5 /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/l.

2021-03-08 21:47:03 129

原创 install Bio::Tools::Run::Primer3

cpan[13]> install Bio::Tools::Run::Primer3Running install for module 'Bio::Tools::Run::Primer3'Running make for C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-Run-1.007003.tar.gzFetching with LWP:http://www.perl.com/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-Run-1.007003.tar.gz

2021-03-08 21:36:25 191

原创 install CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz

cpan[9]> install CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gzRunning make for C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gzFetching with LWP:http://www.perl.com/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gzChecksum for /root/.cpan/sources/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/

2021-03-08 21:34:03 159

原创 install Bio::seqIO

perl -MCPAN -e shellcpan[1]> install Module::BuildReading '/root/.cpan/Metadata' Database was generated on Sat, 06 Mar 2021 02:55:31 GMTo confFetching with LWP:http://www.perl.com/CPAN/authors/01mailrc.txt.gzoReading '/root/.cpan/sources/auth

2021-03-08 21:15:58 1724 5

原创记录

curl -L https://install.perlbrew.pl | bash % Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current Dload Upload Total Spent Left Speed100 170 100 170 0 0 42 0 0:00:04

2021-03-06 14:25:02 183

原创 bioperl插件安装报错记录

$ perl -MCPAN -e shellcpan[1]> install Bio::SeqIO#此处报错Running install for module 'Bio::SeqIO'Running make for C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.7.8.tar.gz Has already been unwrapped into directory /root/.cpan/build/BioPerl-1.7.8-V5bXpY CPAN.pm: Building

2021-03-06 11:22:03 497

原创我太难了

俺只能说我太难了perl -vperl -MCPAN -e shellcapan> install Module::Build#这里可以是其他插件名称capan> o conf commitcapan> d /bioperl/capan> install <bioperl>

2021-03-05 21:20:22 112

翻译 Bacterial seed endophyte shapes disease resistance in rice种子内生菌与水稻抗病性的关系

Abstract种传性细菌病害在全世界范围内对禾谷类作物生产产生严重影响。在多种作物中部分发生抗病性的原因依然难以捉摸。在这里，我们观察到在相同的病原菌作用下，同种水稻植株可以产生抗病性和易感性表型。在鉴定出种子内生细菌为抗性作用剂后，利用高通量数据、基因诱变和分子相互作用整合的方法发现了其潜在的作用方式。鞘氨醇单胞菌通过产生邻氨基苯甲酸在抗性水稻种子中的世代积累和传播将抗性赋予病易感性表型。在不影响细胞生长的情况下，邻氨基苯甲酸通过干扰种传病菌——植物伯克氏菌(一种常见的水稻病原细菌）的RpoS转录..

2021-01-19 14:00:24 611 1

原创 SNP位点上下游序列查找1.0 2020-9-27

换账号重新发布orz/* * Author：Henriette-L（luanxito＠163.com） * Date： 2020-9-27 * Introduction: （等我有空补）简单来说给定SNP序列的Excel文件，在源序列txt文件中查找SNP位点的上下游300个序列并且定位。 */ package demo;import java.io.File;import java.io.FileInputStream;import java.io.FileOutputStream;

2021-01-04 16:10:24 978 4

m0_54186398的博客