R实战 Nomogram(诺莫图列线图)及其Calibration校准曲线绘制

最新推荐文章于 2024-07-09 08:40:04 发布
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本文介绍了如何使用R语言绘制Nomogram诺莫图和Calibration校准曲线，通过Logistic回归和COX比例风险模型进行分析。Nomogram是一种将回归结果可视化的工具，便于计算患者风险概率。Calibration曲线则用于评估模型预测性能。文中还提到了C-index作为衡量预测精度的指标，并介绍了2022年度VIP会员的权益。
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R实战|Nomogram(诺莫图/列线图)及其Calibration校准曲线绘制

Nomogram，中文常称为诺莫图或者列线图。简单的说是将Logistic回归或Cox回归的结果进行可视化呈现。它根据所有自变量回归系数的大小来制定评分标准，给每个自变量的每个取值水平一个评分；对于每个患者，就可计算得到一个总分，再通过得分与结局发生概率之间的转换函数来计算每个患者的结局时间发生的概率。

读图

随遍找一篇文章的图作为示例。

Nomogram

435b6a734076dfe4fadf15f1862fe698.png

Jin C, Cao J, Cai Y, et al. A nomogram for predicting the risk of invasive pulmonary adenocarcinoma for patients with solitary peripheral subsolid nodules. J Thorac Cardiovasc Surg. 2017;153(2):462-469.e1.

红色箭头为我手动标注。

列线图的名称主要包括三个部分：

  • 预测模型中的变量名称

    例如图中的vascular convergence signs，pleural tag，computed tomography等信息，每一个变量对应的线段上都标注了刻度，代表了该变量的可取值范围，而线段的长度则反映了该因素对结局事件的贡献大小。

  • 得分

    • 单项得分，即图中的Points，表示每个变量在不同取值下所对应的单项分数，

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在R语言中，可以使用包含nomogram函数的rms包来绘制诺莫图。诺莫图是一种用于可视化模型预测结果的图形，通常用于预测某个事件的概率或风险。 下面是使用SVM模型绘制诺莫图的示例代码： ```R # 导入rms包 library(rms) # 创建一个SVM模型 data <- iris data$Species <- ifelse(data$Species == "versicolor", "versicolor/virginica", data$Species) model <- svm(Species ~ ., data = data, probability = TRUE) # 生成诺莫图 Nomo <- nomogram(model, fun = function(x) predict(model, x, probability = TRUE)[, 2], funlabel = "Risk of SVM") # 绘制诺莫图 plot(Nomo, cex.axis = 0.8, col.grid = "gray", col.lines = "darkgray", col.text = "black", lty.grid = 1) ``` 在这个代码中，首先使用iris数据集创建了一个SVM模型。然后，使用nomogram函数生成了一个诺莫图，其中fun参数指定了用于计算预测结果的函数。最后，使用plot函数绘制了诺莫图。 需要注意的是，生成诺莫图的过程需要使用模型的预测概率值，因此在创建SVM模型时需要设置probability参数为TRUE。同时，根据具体的模型类型和预测目标，fun参数需要根据实际情况进行设置。
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