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RSS订阅原创 jupyter notebook 如何切换虚拟环境
notebook界面，随机点击一个程序，然后点击Kernel-->Change kernel，就会看到你创建的虚拟环境，点击切换即可。
2023-07-01 10:46:45
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原创 DWI高级弥散模型成像：基础概念
DTI成像已经有比较长的应用历史，它可以显示纤维束的总体走形，并且可以产生定量的参数例如FA值和MD值来反应微结构的信息。但是研究也显示该模型对复杂的纤维束走形显示能力交差，特别是对于交差纤维和具有分支的纤维显示效果欠佳。为了更好的显示复杂纤维束的特点并准确判断纤维束的走向，研究者们提出了不同的方法，例如我们熟悉的扩散谱成像（diffusion spectrum imaging，DSI）（图1），实际上在显示负责纤维束走形的方法中，DSI只是其中的一种，其它还有我们所熟悉的QBI和GQI（图...
2023-03-10 22:59:48
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原创 时间弥散谱成像和IMPULSED
1 什么是时间弥散谱成像（temporal diffusion spectroscopy，TDS）时间弥散谱成像（temporal diffusion spectroscopy，TDS）一般利用震荡梯度波形得到，该种成像方式可以得到与细胞速率相关的各种各样的弥散普成分，而这种速率与水分子在弥散的过程中经历的各种各样的微观结构相关。通过对不同的弥散梯度频率下的谱线进行测量，可以揭示水分子在不同的尺寸上弥散受限或者受阻碍的信息，这种弥散谱不同于常规用在固定的弥散时间的描述空间频率的弥散谱，谱线的不同形状揭示
2022-05-17 15:52:37
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转载 R语言Logistic回归模型深度验证以及Nomogram绘制
R语言Logistic回归模型深度验证以及Nomogram绘制小易学统计互联网医疗统计师|自立，爱家人15 人赞同了该文章01 研究背景 本章将常用的基于R语言实现二元Logistic回归模型临床预测模型的构建和验证，以及诺曼图的绘制记录下来，更为复杂的生存分析中的Cox回归将在后续章节介绍。临床预测模型的思路总结如下：①明确临床问题，确定科学假设。②查找文献，确定预测模型的研究思路。③确定模型中结局变量。④确定模型中的预测因子。⑤构建模型，计算模型预测值。⑥模型区分度评估。⑦模型校准度评估。⑧临床实
2021-11-06 17:58:50
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转载 FSL处理DTI数据详细流程
FSL处理DTI数据详细流程（本人亲身经历的流程） txapples 2020-09-10 10:21:08 ...
2021-10-14 11:47:22
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转载 图解医学影像纹理特征
在医学影像分析中，纹理（texture）特征被广泛地应用于定量化描述病灶的特性。相比病灶影像的统计学特征和形状特征，纹理特征的计算往往较为复杂，不易于搞懂其背后的原理。然而，学习过程中建立对概念直观的认识（intuition）对理解问题的本质很有帮助，这也是本文的出发点。 本文尝试解决如下问题： 医学影像特征包的官方文档给了纹理特征数学定义，但是理解起来不够直观 网络上有许多介绍纹理特征的帖子，但是每个帖子介绍的内容有限； 少有文章关注不同类型纹理特征之间...
2021-10-12 21:47:33
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原创 影像组学一阶统计量含义白话介绍
直方图特征值又称为一阶统计量，因为一阶统计量就是指直接基于原始图像的像素灰度分布而计算出来的特征值，这些特征值均可以通过直方图的分布特征来反应出来，因而实际应用的时候并没有特别严格的区分。直方图特征共有19个，下面以上图为例，逐一解释：为了方便大家的英文写作，把官网的英文解释一道保留了下来，大家可以重点看中文释义，英文可以写文章的时候参考。1 最小值：minimum=min(X)；最大值：The maximum gray level intensity within the ROI：m...
2021-10-12 19:11:50
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原创 ITK-SNAP自动分割应用示例：如何进行乳腺腺体脂肪体积测量
本文示例如何利用ITK-Snap自动分割功能进行乳腺腺体和脂肪体积的测量。步骤：1 选择蛇形按钮，在轴位、矢状位、冠状位调整欲分割的区域，包括乳腺。2 点击“Segemnt 3D按钮”，进入自动分割区域。3 选择欲采用的分割算法，针对动态增强序列，笔者尝试了Thresholding、Classification、Clustering、Edge Attraction几种方案，对于动态增强序列，以Clustering最优，其它序列可以尝试其它方法。4 点击优化按钮进行分类优化，对腺体进行分割
2021-10-11 23:01:33
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翻译 电影渲染技术cVRT在CT中的应用：一种新的逼真的3D可视化技术
【摘要】目的：本文的目的是对图像可视化技术-电影渲染（Cinematic Rendering，CR）的潜在优势和临床应用做一个综述。结论：容积渲染（Volume-Rendering，VR）技术可以在原始CT图像中得到可视化的3D图像，其在临床的多种场景和医学教育中发挥了重要的作用。电影渲染（Cinematic Rendering，CR）技术作为一种新的图像3D可视化技术，其可以模拟光线在穿过3D数据的过程中相互作用和传播特点，与传统的VR技术相比可以得到更加逼真的3D图像。 MDCT的出现...
2021-10-11 21:38:36
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原创 matplotlib 绘制直方图和拟合正态曲线
首先，还是看看matplotlib中hist函数的语法hist( x, bins=None, range=None, normed=False, # 超重要 density=False, weights=None, cumulative=False, bottom=None, histtype='bar', align='mid', rwidth=None, # 选用 orientation='vertical', color=None, edgecolor=None, label=No
2021-10-09 10:17:13
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原创 seaborn.distplot() 绘制直方图和核密度估计
首先介绍seaborn.distplot()函数seaborn.distplot(a, bins=None, hist=True, kde=True, rug=False, fit=None, hist_kws=None, kde_kws=None, rug_kws=None, fit_kws=None, color=None, vertical=False, norm_hist=False, axlabel=None, label=None, ax=None)其中：参数：a：Series、1
2021-10-09 09:52:28
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原创 Ubuntu 如何安装Rstudio
1安装R4.0，注意以下命令均需要管理员权限# update indicesapt update -qq# install two helper packages we needapt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos# To verify key, run gpg --show.
2021-09-22 17:37:54
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转载 Ubuntu安装Python虚拟环境
进行python项目开发的时候，由于不同的项目需要使用不同的资源包和相关的配置，因此创建多个python虚拟环境很有必要，现在介绍一下在Ubuntu如何安装虚拟环境。1 打开Linux终端（快捷键Ctrl+Alt+T）,输入命令，在此推荐使用pip安装，前提是安装了pip，一般python自带了pip： sudo pip install virtualenvsudo pip install virtualenvwrapper 注意：安装的顺序不能颠倒，virtualenvwrapper必须
2021-09-22 16:46:10
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原创 DWI高级弥散模型：NODDI简介
本节介绍一下（neurite orientation dispersion and density imaging，NODDI）组织模型，并定义方向分散指数，这是NODDI对神经凸起方向角度变化的量化。NODDI组织模型 NODDI的组织模型把微环境分为了三种情况：细胞内、细胞外、脑脊液。每一种微环境影响水分子弥散的方式都不同，并且会产生独立的可校准的MR信号。总的校准后的信号A可以表示成如下式子： 其中，和是细胞内组织校正后的信号和体积分数；是校...
2021-09-12 13:52:54
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原创 高级弥散模型：单指数、IVIM、DKI、SEM、FROC、CTRW
1 单指数模型：是Ｔ2加权的信号强度（或者是b=0sec/mm2），b代表弥散敏感因子，D代表弥散系数，其中b大小又等于单指数模型的参数图为：ADC2 双指数模型IVIM其中f表示由于微循环导致的弥散系数改变占总的弥散系数的分数，所以在该公式中，单纯弥散系数的改变所占的比例为 (1-f)，由微循环灌注引起来的总的弥散系数的改变为f。双指数模型所得到的参数图为：D、D*、f。3 弥散峰度模型DKI考虑到组织内结构的复杂性，组织内水分的扩散运动概率不...
2021-09-11 17:53:48
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原创 Ubuntu 18.04 如何调整桌面图标大小
Ubuntu 18.04 与其它版本不一样，调整桌面大小非常不方便。现在介绍一种比较便捷的方法。1 打开任何一个带有图标的文件夹2 按住“Ctr”，同时滚动鼠标滑轮，可以调整该文件夹内的图标。3 桌面图标会同时进行调整...
2021-09-07 21:16:38
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原创 Ubuntu 下如何安装FSL
网上关于FSL安装的介绍很多，大部分都不完整，最近刚刚安装完一次，把步骤总结如下，供小伙伴参考。1 还是要去官网下载安装文件 和测试文件官网链接：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/安装文件：fslinstaller.py测试文件：fsl-6.0.5-feeds.tar.gz2 安装安装FSL需要用Python2，因为Ubuntu默认的安装是Python3，因此需要安装Python2，安装方法如下：sudo apt install py
2021-09-07 18:47:40
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原创 Ubuntu 把路径下的文件转换为数组
# convert files under a path into an arrayfolder_list_array= # a global var used to recording converted arrayfunction convert_to_array(){IFS=$(echo -en "\n\b") # to cope with the space, TAB in namepath=$1cd $pathj=0for i in `ls -1`doe.
2021-08-30 21:47:05
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原创 Ubuntu 系统利用shell函数批量替换文件夹下的空格为下划线
函数一、# replace space with underline batch under a directoryfunction replace_space_with_underline() {dir=$1cd $dirfind $dir -name "* *" |while read name; dona=$(echo $name | tr ' ' '_')mv "$name" $nadone}函数二、# replace the space under a d
2021-08-30 21:44:47
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原创 Ubuntu 18.04 下如何安装ANTs
ANTs（Advanced Normalization Tools）是医学图像中配准效果比较稳定的软件之一，下面总结一下如何在Ubuntu 18.04 系统下面进行安装：一、安装 git , cmak 和 c++ 编译器，命令如下：sudo apt-get install git # 安装gitsudo apt-get install build-essential # 安装gcc和一些库函数，提供C/C++编译环境sudo apt install cmake # 安装cmake注意上面
2021-08-15 19:56:02
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原创 Windows环境下如何安装Python虚拟运行环境及常见问题
1 虚拟环境的优势：搭建独立的python运行环境，不与其他产生冲突；虚拟环境有助于包的管理和防止版本冲突；删除卸载方便。2 如何安装创建安装虚拟环境：1）在文件夹下直接建立（一般可以考虑在现行运行环境的上一级菜单下安装，方便运行环境管理）：先新建文件夹 python_ven_demo，然后进入该文件夹 cd python_ven_demo，然后搭建虚拟环境：python -m venv . （注：venv 之后一个空格加上一点“.”)2）初步骤1）外，还可以用下面命令. 在桌面上直接建立虚拟环
2021-07-17 23:14:18
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原创 如何做一个常规的Freesurfer脑部核团分析
1 FreeSurfer安装tar -C /usr/local -xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gzif in Ubuntu system, a few external packages are required.On Ubuntu:apt-get -y install bc binutils libgomp1 perl psmisc sudo tar tcsh unzip uuid-dev vim-comm
2021-06-21 15:25:04
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原创 ITK-Snap报错解决方案
有时候在用ITK-Snpa浏览图像的时候会遇到这样的报错：E:\tk\bb3\Nightly\itk\v4.12.2\itk\Modules\IO\XML\src\itkXMLFile.cxx:104:not well-formed (invalid token) C:/Users/…/AppData/Roaming/itksnap.org/ITK-SNAP/UserPreferences.xml其原因为打开的路径中带有中文字符所致。解决方案：删除 C:/Users/…/AppData/Roami
2021-06-21 14:44:00
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原创 Ubuntu18.04 如何安装GPU驱动
一、 安装之前切记要把之前的驱动卸载掉，否则会出现开机卡死的界面，如下所示：EDAC skx: ECC is disabled on imc 0… …一旦出现上述问题也不要着急，可以试着 用组合键：Ctrl + Alt+ F1/F2/F3/F4/F5/F6,分别对应的tty1 - tty6 进入tty模式（一般Ctrl + Alt+ F1对应图形界面，Ctrl + Alt+ F3~6对应tty模式）。之后用卸载命令卸载之前的驱动，重启进行正常安装。卸载命令：sudo apt-get --purg
2021-04-29 15:56:35
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转载 git 创建分支并提交代码
git 创建分支并提交代码1、查看所有分支git branch -a # -a 表示所有的意思2、查看当前分支git branch3、新建一个分支git branch feature-xx # 最好写一些有意义的名字，还可以加版本号4、切换到新建分支上面git checkout feature-xx5、提交代码到本地缓存区git add .6、添加提交的代码备注git commit -m “备注内容”7、推送提交的代码到远程新建的分支上面git push origin fea
2021-03-07 20:14:57
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原创 Python 如何合并交叉列表
import itertoolsname = [‘value1’, ‘value2’, ‘value3’, ‘value4’]name_value = [value + “" + ‘value’ for value in name]name_std = [value + "” + ‘std’ for value in name]a = [1, 2, 3, 4]bb = [‘a’, ‘b’, ‘c’, ‘d’]c = list(itertools.chain.from_iterable(zip(
2021-03-06 20:48:38
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空空如也
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