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原创 MetaPhlaAn 所有样本不同层级物种统计

可参先考以下方法将一个样本的 Metaphlan结果,分为不同的level往往我们会统计所有样本里不同level的物种数量,可参考以下代码。

2023-12-12 10:14:22 431

原创 MetaPhlAn 结果文件处理获得各层级物种丰度

MetaPhlAn 对宏基因组样本做物种丰度注释会获得 profiled_metagenome.txt 文件,里面储存了各层级物种丰度结果。以下代码对该结果文件处理,分别获得各层级物种丰度的文件。

2023-12-10 23:11:26 633 1

原创 评估拼接的contig 长度信息

统计经过如megahit等软件拼接的contig长度,来评估拼接的结果。

2023-11-30 15:31:12 396

原创 基因组、宏基因组测序数据质量检测(Q30、Q20、GC%)

测序数据质量检测(Q30、Q20、GC%)

2023-11-30 13:23:00 1555

原创 eggnog 本地化及报错解决

eggnog 本地化及报错解决

2022-11-21 16:10:41 2672

原创 Linux 下载百度云文件——bypy

实现百度云文件在Linux服务器的上传和下载

2022-09-14 20:38:57 1048

原创 window 下Jupyter Notebook支持pytorch(anaconda 安装)

window 下Jupyter Notebook支持pytorch(anaconda 安装)

2022-07-11 23:25:55 633

原创 从NCBI上快速下载目标物种基因组序列、获取SRA数据信息

从NCBI上快速下载目标物种基因组序列、获取SRA数据信息

2022-05-04 14:47:11 10643

原创 Interproscan linux版本详细安装教程及运行报错解决方案

解决问题:interproscan 软件 在Linux中配置(个人经验,仅供参考~)文章目录前言一、参考文档二、需要软件Software requirements:1.下载压缩包2.解压3. 和hmm model 建立索引4. pather model5. 运行三、问题解决1 软件缺失总结前言提示:这里可以添加本文要记录的大概内容:例如:随着人工智能的不断发展,机器学习这门技术也越来越重要,很多人都开启了学习机器学习,本文就介绍了机器学习的基础内容。提示:安装的版本是一、参考文档htt.

2022-04-09 20:08:39 3825 4

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