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Hexo 是一个快速、简洁且高效的博客框架。Hexo 使用 Markdown（或其他标记语言）解析文章，在几秒内，即可利用靓丽的主题生成静态网页。所有必备的应用程序安装完成后，即可使用 npm 安装 Hexo。对于熟悉 npm 的进阶用户，可以仅局部安装 hexo 包。Windows：下载并安装。
2024-06-25 19:24:50
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原创 【R语言】Linux-Ubuntu22系统下R语言的安装与卸载（可安装最新版本）
由于之前的安装的不是最新版本的R，故我们将卸载R4.1.2。有两种简便的方法可以在Linux下安装R，但版本都不够新。为了安装最新版本（也是可以指定版本），我们使用编译安装。安装后显示R版本为4.1.2。最新版本为4.3.1。
2024-06-24 15:57:26
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原创 16s功能注释--PICRUST2的安装及使用
全部ASV和ASV前10000注释时都报错，暂未找到解决方法。但使用ASV前1000则能运行成功。解压后将bin目录设置到环境变量。利用bioconda安装。
2024-06-21 10:50:30
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原创 【NCBI】SRA toolkit安装及使用-Windows&Linux版本
由于市面上的文章介绍SRA toolkit基本上都是基于Linux，而在windows下运行SRA toolkit基本上可以达到相同的效果且更为方便，故本文将分别阐明在Windows和Linux环境下SRA toolkit的安装及使用。
2024-06-20 15:32:34
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原创 Gephi插件安装
导入Gephi包含node和edge颜色属性，按理说之后导入Gephi，按照Phylum(微生物的门水平)对node进行着色就行了，但是如果跑多个图的话，就会发现每次不同的Phylum对应的颜色都不一样，故需要安装插件来固定颜色，使其每次都对应上导入文件中的颜色，选择本地下载好的givecolortonodes-1.0.0.nbm进行安装。去官网下载网址：https://gephi.org/plugins/#/点击[工具]—>[插件]—>[已下载]—>[添加插件]点击[工具]—>[插件]—>[可用插件]
2024-05-16 11:03:59
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原创 蛋白质组学之MaxQuant
PRIDE数据库获得的数据中，combined文件为使用MaxQuant搜库后的蛋白质组数据，其中\combined\txt文件夹中的proteinGroups.txt文件为后续分析的目标文件。MaxQuant可以支持目前主流的蛋白质组学质谱仪厂商产生的原始数据格式：.raw (Thermo公司)、.d (Bruker公司)、.WIFF和.wiff.scan (SCIEX公司)等。数据：https://www.ebi.ac.uk/pride/archive?
2024-03-25 21:04:01
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原创 【QIIME2】细菌16s数据库_Greengenes2
用于物种分类的软件或插件叫“分类器”，这些分类器因为采用了机器学习原理，在正式用于你的数据分类前必须训练这些分类器，以便让软件“学会”哪些特征可以最好地区分每个分类组。参考[2]注1：训练分类器需要用到特定的物种分类数据库（比如Greengenes database）和你自己测序时的引物序列，训练步骤是：先用引物定位Greengenes中的参考序列，然后截取出这些参考序列（截取出的参考序列长度和你测序获得的序列长度类似），然后把这些序列与物种分类名称匹配，这样就获得了“分类器”。要么用上面两个为一套。
2024-02-19 15:18:26
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原创 【R语言】机器学习之随机森林--微生物组数据作为模型输入
虽然建模时可以选择哪一列作为标签，那些列作为自变量，但由与ASV数量较多，选取时操作不够简便，故直接删除掉用不到的标签。由于样本量大不能直接用EXCEL打开，选择使用R进行初步的数据处理，得到符合模型输入的数据。
2024-01-11 22:55:17
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原创 【R语言】计算多样性指数出现空值NA
计算多样性指数，算出Shannon,Simpson,Richness和Ace指数都是NA。:相对丰度算不了ace指数，要用reads。有的样品中的某个ASV是空值。读入的时候，去掉空值。
2024-01-10 15:57:05
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原创 R包adespatial的安装
安装依赖包后，成功手动安装install.packages()adephylo需手动安装，报错后继续安装依赖包。安装依赖包后安装成功。
2023-10-10 11:34:46
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原创 【R语言】Windows--R的下载与安装设置
进入R官方网址选择镜像选择合适的版本安装时默认安装即可进入下载网址：下载后默认安装即可更改下载包的链接选择国内镜像即可。
2023-10-10 09:47:46
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原创 WSL忘记用户密码——重置密码
参考WSL开发文档及http://www.manongjc.com/detail/60-dllphoqzawubyin.html#google_vignette。
2023-08-08 10:33:52
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原创 【QIIME2】DADA2&Deblur
如果使用deblur-16S，deblur执行初始的正向过滤步骤，其中它丢弃与85% GreenGenes 数据库中OTU的序列小于60%相似性的任何序列。请注意，deblur接受合并的序列，并将它们视为单端序列，因此如果使用deblur进行去噪，需要先合并读取。Deblur使用序列错误配置文件将错误的序列与从其来源的真实生物序列相关联，从而得到高质量的序列变异数据，主要为两个步骤。stats-dada2.qza质控、去噪、去嵌合体后剩下的序列文件#查看每个样品剩余有效序列数（丰度表）
2023-05-16 15:09:50
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原创 Win11右键更改为Win10右键菜单
Win11右键默认显示更多选项设置成默认显示更多：WIN+X 进入 终端（管理员）在终端应用程序里输入代码【reg.exe add “HKCU\Software\Classes\CLSID{86ca1aa0-34aa-4e8b-a509-50c905bae2a2}\InprocServer32” /f /ve】显示操作成功，重启Win11电脑，就可以看到跟以前win10一样的右键菜单恢复Win11新右键菜单的方法：WIN+X 进入 终端（管理员）在终端应用程序里输入代码【reg.exe
2023-03-17 11:28:14
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空空如也
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