记录报错:运行desc

写在前面:重启内核也是一种解决办法!!!当发现找不出原因的时候就重启!!!

使用的包:

-----
anndata     0.9.2
scanpy      1.9.6
-----
PIL                                         10.2.0
absl                                        NA
asttokens                                   NA
astunparse                                  1.6.3
backcall                                    0.2.0
certifi                                     2023.11.17
charset_normalizer                          3.3.2
comm                                        0.2.1
cycler                                      0.12.1
cython_runtime                              NA
dab0eaeee8bfae79490a0d4f23f5ad820bb199d8    NA
dateutil                                    2.8.2
debugpy                                     1.8.0
decorator                                   5.1.1
desc                                        2.1.1
executing                                   2.0.1
flatbuffers                                 23.5.26
gast                                        NA
get_annotations                             NA
google                                      NA
h5py                                        3.10.0
idna                                        3.6
igraph                                      0.10.8
importlib_resources                         NA
ipykernel                                   6.29.0
jedi                                        0.19.1
joblib                                      1.3.2
keras                                       2.13.1
kiwisolver                                  1.4.5
llvmlite                                    0.41.1
louvain                                     0.8.1
matplotlib                                  3.7.4
matplotlib_inline                           0.1.6
mpl_toolkits                                NA
natsort                                     8.4.0
numba                                       0.58.1
numexpr                                     2.8.6
numpy                                       1.24.3
opt_einsum                                  v3.3.0
packaging                                   23.2
pandas                                      2.0.3
parso                                       0.8.3
pexpect                                     4.9.0
pickleshare                                 0.7.5
pkg_resources                               NA
platformdirs                                4.1.0
prompt_toolkit                              3.0.43
psutil                                      5.9.8
ptyprocess                                  0.7.0
pure_eval                                   0.2.2
pydev_ipython                               NA
pydevconsole                                NA
pydevd                                      2.9.5
pydevd_file_utils                           NA
pydevd_plugins                              NA
pydevd_tracing                              NA
pygments                                    2.17.2
pynndescent                                 0.5.11
pyparsing                                   3.1.1
pytz                                        2023.3.post1
requests                                    2.31.0
scipy                                       1.10.1
session_info                                1.0.0
setuptools                                  68.2.2
six                                         1.16.0
sklearn                                     1.3.2
stack_data                                  0.6.3
tensorboard                                 2.13.0
tensorflow                                  2.13.1
termcolor                                   NA
texttable                                   1.7.0
threadpoolctl                               3.2.0
tornado                                     6.4
tqdm                                        4.66.1
traitlets                                   5.14.1
typing_extensions                           NA
umap                                        0.5.5
urllib3                                     2.1.0
wcwidth                                     0.2.13
wrapt                                       1.16.0
zipp                                        NA
zmq                                         25.1.2
-----
IPython             8.12.3
jupyter_client      8.6.0
jupyter_core        5.7.1
-----
Python 3.8.18 (default, Sep 11 2023, 13:40:15) [GCC 11.2.0]
Linux-6.2.0-34-generic-x86_64-with-glibc2.17
-----
Session information updated at 2024-01-26 10:23

一、使用HCA_30k这个数据

1、导入包的时候出现的警告,不知道什么鬼

2、ValueError: Cannot assign value to variable ' encoder_0/kernel:0': Shape mismatch.The variable shape (2000, 64), and the assigned value shape (1344, 32) are incompatible.

ValueError: 无法为变量 "encoder_0/kernel:0 "赋值: 变量形状(2000,64)和赋值形状(1344,32)不匹配。

二、使用paul数据(教程的数据)

报错代码:pandas报错:

pandas报错:y0.cat.categories=range(0,len(y0.cat.categories))

原因:

在 Pandas 中,DataFrame.cat 属性是用于访问 DataFrame 中分类列的 Categorical 类型的属性。这个属性提供了对分类数据的管理和操作的方法。DataFrame.cat 属性在 Pandas 的早期版本中就已经存在,并且一直被支持。

然而,你提到的 DataFrame.cat.categories 属性用于设置或获取分类列的类别。这个属性在 Pandas 的不同版本中可能有不同的行为。在某些版本中,你可以直接设置 DataFrame.cat.categories,但在其他版本中,这可能会导致错误,因为 categories 属性可能是只读的。

为了确保兼容性,你应该查看你使用的 Pandas 版本的官方文档。如果你使用的是较新的 Pandas 版本(例如 1.0.0 或更高),你可以通过 DataFrame.cat.set_categories() 方法来设置新的类别,而不是直接修改 categories 属性。这个方法允许你添加、删除或重新排序类别,同时保持数据的完整性【gpt回答】

解决

-----
anndata     0.9.2
scanpy      1.9.6
-----
PIL                                         10.2.0
absl                                        NA
asttokens                                   NA
astunparse                                  1.6.3
backcall                                    0.2.0
certifi                                     2023.11.17
charset_normalizer                          3.3.2
comm                                        0.2.1
cycler                                      0.12.1
cython_runtime                              NA
dab0eaeee8bfae79490a0d4f23f5ad820bb199d8    NA
dateutil                                    2.8.2
debugpy                                     1.8.0
decorator                                   5.1.1
desc                                        2.1.1
executing                                   2.0.1
flatbuffers                                 23.5.26
gast                                        NA
get_annotations                             NA
google                                      NA
h5py                                        3.10.0
idna                                        3.6
igraph                                      0.10.8
importlib_resources                         NA
ipykernel                                   6.29.0
jedi                                        0.19.1
joblib                                      1.3.2
keras                                       2.13.1
kiwisolver                                  1.4.5
llvmlite                                    0.41.1
louvain                                     0.8.1
matplotlib                                  3.7.4
matplotlib_inline                           0.1.6
mpl_toolkits                                NA
natsort                                     8.4.0
numba                                       0.58.1
numpy                                       1.24.3
opt_einsum                                  v3.3.0
packaging                                   23.2
pandas                                      1.1.5  #使用低版本
parso                                       0.8.3
pexpect                                     4.9.0
pickleshare                                 0.7.5
pkg_resources                               NA
platformdirs                                4.1.0
prompt_toolkit                              3.0.43
psutil                                      5.9.8
ptyprocess                                  0.7.0
pure_eval                                   0.2.2
pydev_ipython                               NA
pydevconsole                                NA
pydevd                                      2.9.5
pydevd_file_utils                           NA
pydevd_plugins                              NA
pydevd_tracing                              NA
pygments                                    2.17.2
pyparsing                                   3.1.1
pytz                                        2023.3.post1
requests                                    2.31.0
scipy                                       1.10.1
session_info                                1.0.0
setuptools                                  68.2.2
six                                         1.16.0
sklearn                                     1.3.2
stack_data                                  0.6.3
tensorboard                                 2.13.0
tensorflow                                  2.13.1
termcolor                                   NA
texttable                                   1.7.0
threadpoolctl                               3.2.0
tornado                                     6.4
traitlets                                   5.14.1
typing_extensions                           NA
urllib3                                     2.1.0
wcwidth                                     0.2.13
wrapt                                       1.16.0
zipp                                        NA
zmq                                         25.1.2
-----
IPython             8.12.3
jupyter_client      8.6.0
jupyter_core        5.7.1
-----
Python 3.8.18 (default, Sep 11 2023, 13:40:15) [GCC 11.2.0]
Linux-6.2.0-34-generic-x86_64-with-glibc2.17
-----
Session information updated at 2024-01-26 14:37

码的,跑通了,我累了,为什么要把时间花在这种事情上啊啊啊啊

resolution=0.8

 

resolution=1.0

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