2021SC@SDUSC软件工程应用与实践07----hhblits与Pconsc4的配置

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一，前言

  本周的主要目标是下载HHblits和Pconsc4,分别用于多重序列比对(MSA),用比对的结果获取接触图，但在安装与环境配置过程中踩了很多坑，本次报告主要想分享一下安装方法，以及遇到问题的处理。

二，环境准备

1，准备服务器(如用虚拟机或Linux系统则可不用)

因为安装的部分指令需要在Linux系统中运行

具体配置方法

软件准备：Xshell Xftp (这两个软件都可以从Xshell官方网站中直接免费下载)

 填写好主机号之后，点击确认，在之后的命令行提示中输入服务器用户名和密码

 配置好连接上服务器如下

 单击启动Xftp

 

 xftp，如图，左边为本地桌面，右边为远端服务器，如此便可以简便的将本地文件拖到远端服务器上

 2，在服务器中创建虚拟环境

不同项目运行需要的环境不同，为了使项目中包简洁，一般可以为每一个python项目创建一个虚拟环境

这里参考这篇博客：服务器创建python2.7虚拟环境_Tra_cy的博客-CSDN博客，讲的十分详细

三，各种库的安装

这里以一个项目为例，项目运行需要keras，tensorflow，pythran并指定了相应的版本，

这是让人很头痛的，一般的项目文档中都不会明说使用什么python版本，而很多的包和代码既不向下兼容，甚至一些老版本的库直接就不能被下载了，因此,知道python版本和包的匹配关系十分重要。

这篇博客就列出了python和一些keras的对应关系，可以参考，一般用python3.6就不错

pip install tensorflow指定版本踩坑及Keras版本对应_gitfish的博客-CSDN博客

 尽管知道了版本，仍有很多包下载不上，报各种各样的错误，遇到这种情况，一般解决方式是根据报错信息，一条一条去修改。

这里给出另外一种方式，可以直接去官网或者github，把库下载下来，这里给出安装pyGaussDCA的例子。

直接在命令行中，cd 库路径，python setup.py install 即可将该库安装到虚拟环境中，

有些库中有requirements.txt，此时也可以用pip install -r requirements.txt来安装！

四，HHblits安装

来到HHblits的github网页：https://github.com/soedinglab/hh-suite/wiki#installation-of-the-hhsuite-and-its-databases

我们直接看ReadMe部分

 在user guide中，按照流程发现了一部分缺失的包

五，Pconsc4安装

其实这部分安装都是相同的，安装hhblits的方法都可以用到这里。

我们先来到github中：GitHub - ElofssonLab/PconsC4: Fast and easy contact prediction.

仍然从ReadMe入手，执行相关指令，安装相关库即可

 安装完成后，pip list ，找到pconsc4,大功告成

 

六，总结

本周确实是花了很多时间在踩坑上(之前项目安装得太顺利了，很多问题都没出现)，也总结了很多从github中安装项目的方式，以及从本地安装库的方式，配置服务器的方式(这很重要，很多指令都需要在linux系统中运行)，下周将会去学习自己搭建图神经网络，也将会涉及到很多的原码分析。本次博客的内容就到此为止，如果对您有帮助，不妨点一个赞，如果有问题，也欢迎在评论区中指出！