2021SC@SDUSC
一,前言
本周的主要目标是下载HHblits和Pconsc4,分别用于多重序列比对(MSA),用比对的结果获取接触图,但在安装与环境配置过程中踩了很多坑,本次报告主要想分享一下安装方法,以及遇到问题的处理。
二,环境准备
1,准备服务器(如用虚拟机或Linux系统则可不用)
因为安装的部分指令需要在Linux系统中运行
具体配置方法
软件准备:Xshell Xftp (这两个软件都可以从Xshell官方网站中直接免费下载)
填写好主机号之后,点击确认,在之后的命令行提示中输入服务器用户名和密码
配置好连接上服务器如下
单击启动Xftp
xftp,如图,左边为本地桌面,右边为远端服务器,如此便可以简便的将本地文件拖到远端服务器上
2,在服务器中创建虚拟环境
不同项目运行需要的环境不同,为了使项目中包简洁,一般可以为每一个python项目创建一个虚拟环境
这里参考这篇博客:服务器创建python2.7虚拟环境_Tra_cy的博客-CSDN博客,讲的十分详细
三,各种库的安装
这里以一个项目为例,项目运行需要keras,tensorflow,pythran并指定了相应的版本,
这是让人很头痛的,一般的项目文档中都不会明说使用什么python版本,而很多的包和代码既不向下兼容,甚至一些老版本的库直接就不能被下载了,因此,知道python版本和包的匹配关系十分重要。
这篇博客就列出了python和一些keras的对应关系,可以参考,一般用python3.6就不错
pip install tensorflow指定版本踩坑及Keras版本对应_gitfish的博客-CSDN博客
尽管知道了版本,仍有很多包下载不上,报各种各样的错误,遇到这种情况,一般解决方式是根据报错信息,一条一条去修改。
这里给出另外一种方式,可以直接去官网或者github,把库下载下来,这里给出安装pyGaussDCA的例子。
直接在命令行中,cd 库路径,python setup.py install 即可将该库安装到虚拟环境中,
有些库中有requirements.txt,此时也可以用pip install -r requirements.txt来安装!
四,HHblits安装
来到HHblits的github网页:https://github.com/soedinglab/hh-suite/wiki#installation-of-the-hhsuite-and-its-databases
我们直接看ReadMe部分
在user guide中,按照流程发现了一部分缺失的包
五,Pconsc4安装
其实这部分安装都是相同的,安装hhblits的方法都可以用到这里。
我们先来到github中:GitHub - ElofssonLab/PconsC4: Fast and easy contact prediction.
仍然从ReadMe入手,执行相关指令,安装相关库即可
安装完成后,pip list ,找到pconsc4,大功告成
六,总结
本周确实是花了很多时间在踩坑上(之前项目安装得太顺利了,很多问题都没出现),也总结了很多从github中安装项目的方式,以及从本地安装库的方式,配置服务器的方式(这很重要,很多指令都需要在linux系统中运行),下周将会去学习自己搭建图神经网络,也将会涉及到很多的原码分析。本次博客的内容就到此为止,如果对您有帮助,不妨点一个赞,如果有问题,也欢迎在评论区中指出!