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自定义博客皮肤

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原创 github使用记录

github使用记录

2025-04-29 14:28:58 731

原创 Linux断电重启后,硬盘挂载失败问题。

Failed to mount.

2025-03-05 14:43:26 525

原创 在Debian上安装向日葵

debian安装向日葵

2024-10-22 21:58:23 2254

原创 Conda安装R环境并在Jupyter Lab中运行

Conda 安装 R 环境并连接 Jupyter Lab

2024-09-10 10:16:16 775

原创 rig——管理不同R语言版本的工具

Rig: R 语言版本管理工具;

2024-09-03 19:59:14 542

原创 Ubuntu或Mac (M1) 上安装Pymol

Ubuntu或Mac(M1)安装开源Pymol

2024-08-06 10:28:15 1007

原创 使用sklearn严格计算AUROC和AUPRC

使用sklearn计算auroc和auprc

2024-01-21 19:08:40 2398 2

原创 Linux下安装JET2

JET2安装记录。

2024-01-09 12:08:47 1339

原创 从Hugging Face上手动下载并加载预训练模型

从 Hugging Face 上手动下载并加载预训练模型

2023-11-21 22:13:52 4434 4

原创 Linux下安装Foldseek并从蛋白质的PDB结构中获取 3Di Token 和 3Di Embedding

利用Foldseek将蛋白质PDB结构转化为3Di

2023-11-21 17:38:12 2780 3

原创 R语言绘图-5-条形图(修改坐标轴以及图例等)

ggplot2绘制条形图,并调整字体,输出pdf文件.

2023-10-30 18:00:07 1840

原创 Linux下实现 psi-blast 的多进程并批量生成 pssm 文件

在Linux下并行psi-blast,批量生成pssm文件。

2023-10-26 13:59:36 681 7

原创 使用 PDB Alignment Tool 对 PDB 中多个蛋白结构进行比对

蛋白结构对齐。

2023-10-17 11:43:09 3970 3

原创 Pytorch-学习记录-1-Tensor

Pytorch学习记录

2023-10-07 21:27:51 474

原创 R语言绘图-3-Circular-barplot图

利用ggplot2绘制环形条状图。

2023-09-18 11:14:44 922

原创 利用深度蛋白质序列嵌入方法通过 Siamese neural network 对 virus-host PPIs 进行精准预测【Patterns,2022】

论文学习记录。

2023-08-28 22:09:53 1203

原创 ProtTrans-Glutar: 整合来自Pre-trained Transformer-Based Models的特征用于预测谷氨酰化位点【Frontiers in Genetics,2022】

论文学习记录。

2023-08-01 17:33:22 683

原创 D2L学习记录-10-词嵌入word2vec

D2L学习记录。

2023-07-27 11:55:09 1160

原创 Emvirus: 基于 embedding 的神经网络来预测 human-virus PPIs【Biosafety and Health,2023】

论文学习记录。

2023-07-25 16:32:47 947

原创 Keras-5-深度学习用于文本和序列-处理文本数据

《Python深度学习》第6章第1节(处理文本数据)学习记录。

2023-07-04 22:09:30 1190 1

原创 Kears-4-深度学习用于计算机视觉-使用预训练的卷积网络

《Python 深度学习》第5章第3节(使用预训练的卷积神经网络)学习记录。

2023-06-26 23:08:07 951 1

原创 Keras-4-深度学习用于计算机视觉-猫狗数据集训练卷积网络

《Python 深度学习》第5章第2节(在小型数据集上从头开始训练一个卷积神经网络)。

2023-06-26 22:44:10 804

原创 Keras-4-深度学习用于计算机视觉-卷积神经网络对 MNIST 数字进行分类:

《Python深度学习》第5章第1节(卷积神经网络简介)学习记录。

2023-06-26 22:35:53 872

原创 Python的并行(持续更新)

Python多线程和多进程学习记录。

2023-06-22 11:55:24 3374

原创 Keras-3-机器学习基础及神经网络入门

Keras学习记录。参考书:《Python 深度学习》

2023-06-09 21:59:40 893

原创 Keras-3-实例3-回归问题

Keras学习记录:回归问题。参考书:《Python 深度学习》

2023-06-08 23:42:18 544

原创 R语言脚本:关于 TissueEnrich包 得到的组织特异性基因富集结果的进一步处理

关于 TissueEnrich包 得到的组织特异性基因富集结果的进一步处理。

2023-06-08 14:49:57 1622 2

原创 Keras-3-实例2-多分类问题

Keras学习记录:多分类问题。参考书:《Python 深度学习》

2023-06-07 23:36:48 465

原创 Keras-3-实例1-二分类问题

Keras实例1:二分类问题。参考书:《Python 深度学习》

2023-06-06 22:43:16 723

原创 Keras-2-深度学习基础

Keras学习记录。

2023-06-05 21:58:30 596

原创 Keras-1-在Mac M1上安装GPU版本的Tensorflow (包含Keras)

关于在 Mac M1上安装GPU版本的Tensorflow的参考。

2023-05-23 21:35:11 438

原创 机器学习相关的数学概念的学习记录【不定时持续更新】

数学基础薄弱,在机器学习中遇到的相关知识点的记录,只是想简单理解一下基础的数学概念而已。

2023-03-25 19:04:19 756

原创 基于点云的深度学习方法预测蛋白-配体结合亲和力【Briefings in Bioinformatics, 2022】

论文学习笔记论文题目:A point cloud-based deep learning strategy for protein–ligand binding affinity prediction

2023-03-22 21:12:39 2121

原创 pytorch-1-数据读取

Pytorch学习记录。

2023-03-14 23:20:32 239

原创 利用Swiss-model API进行蛋白序列提交及蛋白结构建模

利用Swiss-model API提交序列进行建模

2023-02-16 11:37:01 3567 24

原创 SGPPI: 使用GCN在严格条件下对蛋白质相互作用的结构感知预测【Briefings in Bioinformatics, 2023】

论文学习

2023-02-08 17:44:45 1381 6

原创 Python-类

Python类的学习记录。

2023-01-14 12:19:19 514

原创 Pytorch学习-2-安装Python 3.6和Pytorch 1.1.0

根据 CUDA 安装对应版本的 Python 和 Pytorch

2023-01-12 12:06:37 8093 15

原创 Pytorch学习-1-win10中给低版本显卡 (GeForce 930M) 安装CUDA

win10中根据GPU安装对应版本的CUDA。

2023-01-12 12:00:42 1137

原创 windows下软件安装:miniconda下安装R4.1.3并将其添加到 Jupyter notebook 中

windows中用conda安装R,并将R添加到 Jupyter notebook中。

2023-01-11 12:13:35 1616

pve的debian上安装向日葵,解包修改后,重新打包的结果,可以在pve的debian上进行安装

pve的debian上安装向日葵,解包修改后,重新打包的结果,可以在pve的debian上进行安装

2024-10-22

生物信息学-python-蛋白质二级结构预测-开源-参考文献(PMID:29492997)

参考文献:MUFOLD-SS: New deep inception-inside-inception networks for protein secondary structure prediction 目的:蛋白质二级结构预测。 上传原因:由于文献中的链接失效,因此将之前下载的开源源码上传。仅限学术研究使用。

2022-12-09

pymol-2.5.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl

This is an opensource version of pymol. You can use it with python3.7.

2021-03-15

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