hhblits 格式转换错误错误

hhblits在进行a3m到aln格式转换时生成的文件是错误的，aln应该是a3m文件去除所有小写字母之后的结果。

hhblits在进行这一处理时，加入了太多的gap，导致MSA特别稀疏。

正确转换可参考如下代码：

def convert_a3m_to_aln(a3m_path, aln_path):
    aln = []
    with open(a3m_path, mode='r') as obj_a3m:
        for line in obj_a3m:
            if line[0] == '>':
                continue
            aln.append("".join([_ for _ in line if not _.islower()]))
    with open(aln_path, 'w') as obj_aln:
        obj_aln.writelines(aln)