(入门）分子动力学——需要安装的软件

1.VMware虚拟机

在此软件中下载linux系统的虚拟机——Ubuntu（在网上看目前CentOs好像已经停止管理了，而且Ubuntu系统的界面我更喜欢，可自行选择）

2.VMD

VMD软件可以可视化看到所建立的溶液模型，便于查看在模拟过程中是否模型出现问题，例如：

3.packmol软件

此软件没有图形化界面，以输入命令代码形式工作，可通过编写的inp文件和不同原子的pdb文件，来建立模型。

4.open babel

此软件可以将在网站中下载的小分子文件转换成pdb格式。

5.sobtop

一种生成小分子的拓朴文件，gromacs适用于蛋白质等大分子生成拓朴文件等，因此可选择sobtop来下载，下面的网站有对此软件的详细介绍

索布托普 --- Sobtop (sobereva.com)http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ8

6.gromacs

此软件下载在linux系统中，主要运用此软件建立模拟盒子，从而计算出性质

（以上软件的下载均可以在网上找到教程，目前我的能力只能简单记录记录，如果有问题可以一起沟通）