文章来源:公众号“科研讨论圈”
名称 | 内容 |
基础理论 |
1 分子模拟基础理论 1.1 统计力学理论概述 1.2 主要算法介绍:最速下降法、共轭梯度法、有限差分法 1.3 力场、力场类型、参数和分类:AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS 1.4 基础知识:积分迭代器、积分步长选取、温度控制、压力控制、周期性边界条件 1.5 模拟基本流程:能量最小化、NVE弛豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟 1.6 计算化学基本概念:范德华表面、分子表面、接触表面、溶剂可及表面、势能面 |
程序入门 |
2 GROMACS程序入门——学会编译方法,安装自己的GROMACS可执行程序,并运行一个例子。 2.1 版本/安装/运行 •Linux入门操作及方法 •并行介绍和环境搭建 •win版、linux版编译安装及运行 |