Gromacs分子动力学蛋白模拟、药物开发溶剂筛选

文章来源:公众号“科研讨论圈”

名称 内容

基础理论

1 分子模拟基础理论

1.1 统计力学理论概述

1.2 主要算法介绍:最速下降法、共轭梯度法、有限差分法

1.3 力场、力场类型、参数和分类:AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS

1.4 基础知识:积分迭代器、积分步长选取、温度控制、压力控制、周期性边界条件

1.5 模拟基本流程:能量最小化、NVE弛豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟

1.6 计算化学基本概念:范德华表面、分子表面、接触表面、溶剂可及表面、势能面

程序入门

2 GROMACS程序入门——学会编译方法,安装自己的GROMACS可执行程序,并运行一个例子。

2.1 版本/安装/运行

•Linux入门操作及方法

•并行介绍和环境搭建

•win版、linux版编译安装及运行

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