http://iccm.cc/classification-model-evaluation-confusion-matrix/
分类器评价与在R中的实现：混淆矩阵
Posted by c cm on January 18, 2014
分类模型评价一般有以下几种方法：混淆矩阵(Confusion Matrix)、收益图(Gain Chart)、提升图(Lift Chart)、KS图(KS Chart)、接受者操作特性曲线(ROC Chart)。“分类模型评价与在R中的实现”系列中将逐个介绍。
本篇介绍最基础的混淆矩阵。
一、混淆矩阵简介
混淆矩阵将分类预测结果与实际目标进行比较，并汇总成NXN列联表（N为分类类型数）。
以二元分类为例：
Confusion Matrix Target
Confusion Matrix Positive Negative
Model Positive TP(True Positive) FP(False Positive)
Negative FN(False Negative) TN(True Negative)
P(Positive Sample) N(Negative Sample)
由上表可以计算的指标有：
Accuracy = (TP+TN)/(P+N)
Error Rate = 1 – Accuracy = (FP+FN)/(P+N)
False Positive Rate = Fallout = FP/N
True Positive Rate = Recall = Sensitivity = TP/P
False Negative Rate = Miss = FN/P
True Negative Rate = Specificity = TN/N
Positive Predictive Value = Precision = TP/(TP+FP)
Negative Predictive Value = TN/(TN+FN)
Prediction-conditioned Fallout = FP/(TP+FP)
Prediction-conditioned Miss = FN/(TN+FN)
Rate of Positive Predictions = Detection Prevalence = (TP+FP)/(P+N)
Rate of Negative Predictions = (TN+FN)/(P+N)
Prevalence = (TP+FN)/(P+N)
Detection Rate = TP/(P+N)
Balanced Accuracy = (Sensitivity+Specificity)/2
MCC(Matthews correlation coefficient) = (TP*TN - FP*FN)/[(TP+FP)(TP+FN)(TN+FP)(TN+FN)]^(1/2)
是不是感觉这些货已经组合完所有的分子/分母了？没关系，其实只要知道TP和TN越高越好就好了。
二、在R中计算混淆矩阵
这次使用ROCR包中的ROCR.simple数据集，其中prediction是预测值，labels为真实值。
require(ROCR)
data(ROCR.simple)
str(ROCR.simple)
## List of 2
## $ predictions: num [1:200] 0.613 0.364 0.432 0.14 0.385 ...
## $ labels : num [1:200] 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 ...
1 用table()直接计算
在确定好阀值后，可以直接用table函数计算列联表，再根据之前的公式计算各个指标。假设我们认为prediciton>0.5的都预测为1，其余为0.
pred.class <- as.integer(ROCR.simple$predictions > 0.5)
print(cft <- table(pred.class, ROCR.simple$labels))
##
## pred.class 0 1
## 0 91 14
## 1 16 79
通过对混淆矩阵中数值的计算可以得到：
tp <- cft[2, 2]
tn <- cft[1, 1]
fp <- cft[2, 1]
fn <- cft[1, 2]
print(accuracy <- (tp + tn)/(tp + tn + fp + fn))
## [1] 0.85
print(sensitivity <- tp/(tp + fn))
## [1] 0.8495
print(specificity <- tn/(tn + fp))
## [1] 0.8505
2 用confusionMatrix()算
如果不想手动算，可以借助caret包中的confusionMatrix函数计算。该函数既可以用混淆矩阵的结果，也可以直接输入预测/目标两列原始数据计算上述值。只要确定好positive分类是那个，就能得出跟之前一样的结果。
require(caret)
confusionMatrix(cft, positive = "1")
confusionMatrix(pred.class, ROCR.simple$labels, positive = "1")
## Confusion Matrix and Statistics
##
## Reference
## Prediction 0 1
## 0 91 14
## 1 16 79
##
## Accuracy : 0.85
## 95% CI : (0.793, 0.896)
## No Information Rate : 0.535
## P-Value [Acc > NIR] : <2e-16
##
## Kappa : 0.699
## Mcnemar's Test P-Value : 0.855
##
## Sensitivity : 0.849
## Specificity : 0.850
## Pos Pred Value : 0.832
## Neg Pred Value : 0.867
## Prevalence : 0.465
## Detection Rate : 0.395
## Detection Prevalence : 0.475
## Balanced Accuracy : 0.850
##
## 'Positive' Class : 1
##
三、混淆矩阵的缺点
1 需要自己确定阀值
可以看到，混淆矩阵4个值的确定都依赖于最直线我们主观设定的0.5。如果只依靠混淆矩阵这种原始的方法，那么不经过繁琐的试错我们无法确认哪个阀值是最好的。
2不平衡数据鲁棒性不好
一些positive事件发生概率极小的不平衡数据集(imbalanced data),混淆矩阵可能效果不好。比如对信用卡交易是否异常做分类的情形，很可能1w笔交易中只有1笔交易是异常的。一个将将所有交易都判定为正常的分类器，准确率是99.99%。这个数字虽然很高，但是没有任何现实意义。
在之前列举的各种分类模型评价方法中，收益图(Gain Chart)、提升图(Lift Chart)、KS图(KS Chart)、接受者操作特性曲线(ROC Chart)都对混淆矩阵的缺点的有改进。参考后续。
https://www.jianshu.com/p/c61feeb8b36f
混淆矩阵相关指标(sen,spe,auc,recall,f1)计算(R语言)
ConfusionMatrix
image.png
由上表可以计算的指标有：
Accuracy = (TP+TN)/(P+N)
Error Rate = 1 – Accuracy = (FP+FN)/(P+N)
False Positive Rate = Fallout = FP/N
True Positive Rate = Recall = Sensitivity = TP/P
False Negative Rate = Miss = FN/P
True Negative Rate = Specificity = TN/N
Positive Predictive Value = Precision = TP/(TP+FP)
Negative Predictive Value = TN/(TN+FN)
Prediction-conditioned Fallout = FP/(TP+FP)
Prediction-conditioned Miss = FN/(TN+FN)
Rate of Positive Predictions = Detection Prevalence = (TP+FP)/(P+N)
Rate of Negative Predictions = (TN+FN)/(P+N)
Prevalence = (TP+FN)/(P+N)
Detection Rate = TP/(P+N)
Balanced Accuracy = (Sensitivity+Specificity)/2
MCC(Matthews correlation coefficient) = (TPTN - FPFN)/[(TP+FP)(TP+FN)(TN+FP)(TN+FN)]^(1/2)
以ROCR自带的数据集ROCR.simple为例:
require(ROCR)
data(ROCR.simple)
str(ROCR.simple)
## List of 2
## $ predictions: num [1:200] 0.613 0.364 0.432 0.14 0.385 ...
## $ labels : num [1:200] 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 ...
pred.class <- as.integer(ROCR.simple$predictions > 0.5) #这里假设prediciton>0.5的预测为1，其余为0.
print(cft <- table(pred.class, ROCR.simple$labels)) #先prediction value 后label
## pred.class 0 1
## 0 91 14
## 1 16 79
Method 1: manual
tp <- cft[2, 2]
tn <- cft[1, 1]
fp <- cft[2, 1]
fn <- cft[1, 2]
print(accuracy <- (tp + tn)/(tp + tn + fp + fn))
## [1] 0.85
print(sensitivity <- tp/(tp + fn))
## [1] 0.8494624
print(specificity <- tn/(tn + fp))
## [1] 0.8504673
Method 2: caret
require(caret)
confusionMatrix(cft, positive = "1") #使用上面的table
## Confusion Matrix and Statistics
##
##
## pred.class 0 1
## 0 91 14
## 1 16 79
##
## Accuracy : 0.85
## 95% CI : (0.7928, 0.8965)
## No Information Rate : 0.535
## P-Value [Acc > NIR] : <2e-16
##
## Kappa : 0.6989
##
## Mcnemar's Test P-Value : 0.8551
##
## Sensitivity : 0.8495
## Specificity : 0.8505
## Pos Pred Value : 0.8316
## Neg Pred Value : 0.8667
## Prevalence : 0.4650
## Detection Rate : 0.3950
## Detection Prevalence : 0.4750
## Balanced Accuracy : 0.8500
##
## 'Positive' Class : 1
confusionMatrix(as.factor(pred.class), as.factor(ROCR.simple$labels),
positive = "1", mode = "everything")
## Confusion Matrix and Statistics
##
## Reference
## Prediction 0 1
## 0 91 14
## 1 16 79
##
## Accuracy : 0.85
## 95% CI : (0.7928, 0.8965)
## No Information Rate : 0.535
## P-Value [Acc > NIR] : <2e-16
##
## Kappa : 0.6989
##
## Mcnemar's Test P-Value : 0.8551
##
## Sensitivity : 0.8495
## Specificity : 0.8505
## Pos Pred Value : 0.8316
## Neg Pred Value : 0.8667
## Precision : 0.8316
## Recall : 0.8495
## F1 : 0.8404
## Prevalence : 0.4650
## Detection Rate : 0.3950
## Detection Prevalence : 0.4750
## Balanced Accuracy : 0.8500
##
## 'Positive' Class : 1
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