决策树 可视化7

超级炫酷的决策树可视化R包

原创 阿越就是我 医学和生信笔记 2023-05-03 21:45 发表于上海

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0?wx_fmt=png

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决策树的可视化我们之前介绍过,主要是使用rpart.plot包,视觉效果还是不错的:

640?wx_fmt=png&wxfrom=13&tp=wxpic

今天再给大家介绍一个更加花里胡哨的R包:treeheatr

安装

install.packages('treeheatr')

# install.packages('remotes') # uncomment to install devtools
remotes::install_github('trangdata/treeheatr')

使用

可以直接提供数据框,它会自动帮你进行条件推断树,并画出结果:

library(treeheatr)

heat_tree(penguins, target_lab = 'species')

640?wx_fmt=png&tp=wxpic&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1

plot of chunk unnamed-chunk-2

非常多的参数可以自定义,真的是太花里胡哨了!非常强!我喜欢!

heat_tree(
  penguins, target_lab = 'species',
  par_node_vars = list(
    label.size = 0.2,
    label.padding = ggplot2::unit(0.1, 'lines'),
    line_list = list(
      ggplot2::aes(label = paste('Node', id)),
      ggplot2::aes(label = splitvar),
      ggplot2::aes(label = paste('p =', formatC(p.value, format = 'e', digits = 2)))),
    line_gpar = list(
      list(size = 8),
      list(size = 8),
      list(size = 6)),
    id = 'inner'),
  # terminal_vars = list(size = 0),
  cont_legend = TRUE, cate_legend = TRUE,
  edge_vars = list(size = 1, color = 'grey'))

640?wx_fmt=png&tp=wxpic&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1

plot of chunk unnamed-chunk-3

当然也是支持你自己先把树做好,然后提供给它,不过此时需要是a 'party' or 'partynode' object

# build tree using rpart:
x <- partykit::as.party(rpart::rpart(Outcome ~ ., data = train_covid))

heat_tree(x = x, label_map = c(`1` = 'Deceased', `0` = 'Survived'))

640?wx_fmt=png&tp=wxpic&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1

plot of chunk unnamed-chunk-4

而且,支持支持在测试集中使用,顺滑又流畅,做演示用非常炫酷!

heat_tree(
  x = x,
  data_test = test_covid, # 测试集
  target_lab = 'Outcome',
  label_map = c(`1` = 'Death', `0` = 'Survival'),
  lev_fac = 3)

640?wx_fmt=png&tp=wxpic&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1

plot of chunk unnamed-chunk-5

更多细节大家去官网学习:https://trang1618.github.io/treeheatr/index.html

 


视频教程可关注我的b站:阿越就是我


🔖精选合集


 

640?wx_fmt=png&tp=wxpic&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1

640?wx_fmt=png&tp=wxpic&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1

640?wx_fmt=png&tp=wxpic&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1

640?wx_fmt=png&tp=wxpic&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1

640?wx_fmt=png&tp=wxpic&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1

640?wx_fmt=png&tp=wxpic&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1

 

0?wx_fmt=jpeg

阿越就是我

感谢支持

s?search_click_id=17596924487772327600-1684153140939-6344618463&__biz=MzUzOTQzNzU0NA==&mid=2247497527&idx=1&sn=4c146863af6230eb1b42963dae82e775&chksm=facac7b0cdbd4ea640061b62e9a0e8873ffb5429428c263ee6e55fee20ddff5f36a22c5e0b41&scene=7&subscene=10000&clicktime=1684153140&enterid=1684153140&sessionid=0&ascene=65&fasttmpl_type=0&fasttmpl_fullversion=6680662-zh_CN-zip&fasttmpl_flag=0&realreporttime=1684153140966&devicetype=android-31&version=28002353&nettype=WIFI&abtest_cookie=AAACAA%3D%3D&lang=zh_CN&exportkey=n_ChQIAhIQ1WSugETuSpDmkoQ8FNNpORLcAQIE97dBBAEAAAAAABzwOPyQoF8AAAAOpnltbLcz9gKNyK89dVj02nSttUmsoOwXPFSJ0Y4fCrh7zUH4NaRtimkYoFdWUy4nCKK2wfyIjfkme2X5hwwvea8IDJAYPdkkk0pc3fHoK3l6ZtZATBJeVqPy%2BBvnqNmKhZVx7owHdl4sekH1jOFVtRMZoF4H40kioVg4cS7GH7HkQMnZHQijKjGHP7K%2BI5xRq6xQWRC%2FU20ZontPLZK5S6%2BsGu8HRSY0KuEmwc1p6M73WkR%2BpjwdKZC321e%2FAAgmAUilRy4%3D&pass_ticket=Gr%2B3mNa74XIIT%2Fmf3EVdBGZOafgmAI0L0LPG1Q3hXW2CtmcPgA3VkxpVmnO0ZzYHXx3nx6PgHqZA9iqCKk0AbA%3D%3D&wx_header=3喜欢作者

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