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一个螺丝钉
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
兵无常势,水无常形
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translig 转录组De novo组装软件保姆级别安装教程
前言: 对于许多的物种并没有参考转录本,需要进行从头(De novo)组装参考转录本,转录组组装已经有很多学者进行了研究,最近20年也开发了很多的组装软件。分类方法有很多,有根据软件算法分的,也有基于有参考基因组和无参考基因组区分的。translig 1.3 是2019年发布一款基于无参进行转录组组装的软件。下面是论文截图。原创 2022-04-26 17:52:07 · 688 阅读 · 0 评论 -
安装miniconda及一般常见问题的解决
前言:当你搜集到这篇文章的时候,我想有以下几种情况:【1】安装过conda,但是环境配置有问题的【2】从来没有安装过的。为了适应符合用户的需求,总结了所有的安装经验,总算是可以写点东西记录一下了,一边当作自己的总结和归纳,一边也希望很多和我一样的新手可以减少一点弯路吧。以下我写的内容适合从头再安装的同学。$:wget -c https:原创 2022-04-09 14:41:46 · 8411 阅读 · 3 评论 -
转录组组装软件--SPAdes--安装和使用
这是一个组装软件,运行很快。原创 2022-02-28 17:51:28 · 7955 阅读 · 12 评论 -
转录组组装软件--Bridger安装使用和报错解决方案
生信,转录组,组装软件,Bridger, De novo原创 2022-02-19 15:16:55 · 1165 阅读 · 0 评论 -
转录组组装软件----BinPacker--安装和使用
前言: 长话短说,BinPacker是一种高效的RNA-Seg数据从头转录组组装器。它可以从短读(单或成对)集合所有转录本,而无需使用参考。该软件预期作为输入RNA-Seq读取fasta或fastq格式,并输出所有在快速格式集合的候选人成绩单。简单地说,它有两个步骤:首先,BinPacker将序列数据分割成许多单独的拼接图,每个图都捕获在一个特定基因或不超过几个基因的全部转录复杂性。然后,BinPacker使用传统箱子包装模型的变体来搜索拼接图上的最小边路径覆盖,这可以被我们的数据支持,并...原创 2022-02-22 10:57:50 · 680 阅读 · 2 评论