转录组组装软件--Bridger安装使用和报错解决方案

@转录组组装软件----Bridger安装注意事项和使用

#前言

在很多的文章中都看到了关于转录组组装软件–Bridger的推荐，但是找遍了很多平台都没有找到详细的安装教程，众所周知，安装软件都需要去找到安装说明书，然后按照安装说明书进行安装。

实际上，对于我这种生信小白来说，还是遇到了一些安装的麻烦，所以写下这个文章希望对需要安装Bridger的人有所帮助，大家可以把安装中遇到的问题留言，我们一起探讨（其实我现在就遇到了安装问题）。

#简单介绍一下

Bridger是一种高效的RNA-Seg数据从头转录组组装器。它可以从短读(单或成对)集合所有转录本，而无需使用参考。该软件期望输入RNA-Seg以fasta或fastq格式读取，并以fasta格式输出所有组装好的候选成绩单。简单地说，它的工作分为两步:首先，Bridger将序列数据分割成许多独立的剪接图，每个图捕捉到一个特定基因或不超过几个基因的全部转录复杂性。然后，Bridger使用一个称为最小路径覆盖的严格数学模型来搜索最小路径集(转录本)，这些最小路径集可以被我们的数据支持，并且可以解释每个轨迹的所有观察到的剪接事件。

#关于包的下载

#在安装Bridger时需要先安装boost（在说明书中有写）
boost安装包来源：
https://boostorg.jfrog.io/artifactory/main/release/1.78.0/source/boost_1_78_0.tar.gz

#Bridger包来源
https://sourceforge.net/projects/rnaseqassembly/files/Bridger_r2013-06-02.tar.gz/download

#关于安装说明

1. 安装 Boost

   $ tar zxvf boost_1_78_0.tar.gz
   $ cd boost_1_78_0
   $ ./bootstrap.sh
   $ ./b2 install --prefix=</home/czheng/boost> #设置安装路径

   如果 boost安装成功就会在 /home/czheng/boost/路径地下能看到这两个文件:
   /home/czheng/boost/include/
   /home/czheng/boost/lib/

   注意:注意boost安装路径，因为Bridger安装程序需要知道boost的路径。

   环境设置