前言:当你搜集到这篇文章的时候,我想有以下几种情况:
【1】安装过conda,但是环境配置有问题的【2】从来没有安装过的。为了适应符合用户的需求,总结了所有的安装经验,总算是可以写点东西记录一下了,一边当作自己的总结和归纳,一边也希望很多和我一样的新手可以减少一点弯路吧。以下我写的内容适合从头再安装的同学。
# step 1 下载并安装Miniconda
$:cd data/biosoft #再Linux中到达你安装软件的路径底下,注意$: 冒号后面是命令部分,以下同。
$:wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 如果不能使用wget ,你就直接复制后面的网页到你的浏览器下载。再通过winscp或者其他软件吧这个文件传送到linux的软件安装目录(例如:data/biosoft)中。
$:chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给.sh文件授权,使它成为可执行文件(变绿色)
$:sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #sh为执行的意思,你也可以使用./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 执行,注意 ./ 后面没有空格
$:conda #检测是否安装成功,跳出帮助命令为安装成功。
# step 2 写入Linux的环境中,方便全局调用
# 写入.bash_profile 中
$:cd #输入后回车
$:ls -a #找到 miniconda3
$:cd miniconda3
$:cd bin
$:pwd
/home/zflan/miniconda3/bin
复制上面这个bin的目录,备用。
$:cd
$:ls -a
$:vi .bash_profile #编辑.bash_profile
$:i
# .bash_profile
# Get the aliases and functions
if [ -f ~/.bashrc ]; then
. ~/.bashrc
fi
export PATH=$PATH:/home/miniconda3/bin
# 按Esc 退出编辑
$::wq! # :wq! 表示保存退出(英文格式字符,不要用中文)
$:source .bash_profile # 更新文件,就可以全局调用了。
# step 3 添加conda 镜像
这里有很多用清华镜像的,我的和他们不同。注意区分。
随便那个路径运行下面的命令
$:conda config --add channels defaults
$:conda config --add channels bioconda
$:conda config --add channels conda-forge
安装软件做示例
conda search trinity
这里出现了版本号码,比如我们下载trinity
$: conda install trinity #以后下软件你就用这个。
装软件的过程中出现这种的你就按提示输入 y
这样就下载完了,验证一下trinity验证
$: Trinity #出现了这个就是安装成功了
如果遇到其他环境问题:可能是你之前安装conda的时候写入过镜像。把那个镜像文件删除就行了,再重新配置镜像就行了( step 3 )
$:cd
$:ls -a
$:rm -f .condarc #就是这个文件,把他删除了。
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索
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