安装miniconda及一般常见问题的解决

前言：当你搜集到这篇文章的时候，我想有以下几种情况：

【1】安装过conda，但是环境配置有问题的【2】从来没有安装过的。为了适应符合用户的需求，总结了所有的安装经验，总算是可以写点东西记录一下了，一边当作自己的总结和归纳，一边也希望很多和我一样的新手可以减少一点弯路吧。以下我写的内容适合从头再安装的同学。

# step 1 下载并安装Miniconda

$:cd data/biosoft        #再Linux中到达你安装软件的路径底下，注意$:  冒号后面是命令部分，以下同。

$:wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  # 如果不能使用wget  ，你就直接复制后面的网页到你的浏览器下载。再通过winscp或者其他软件吧这个文件传送到linux的软件安装目录（例如：data/biosoft）中。

$:chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   #给.sh文件授权，使它成为可执行文件(变绿色)

$:sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh          #sh为执行的意思，你也可以使用./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  执行，注意 ./ 后面没有空格

$:conda            #检测是否安装成功，跳出帮助命令为安装成功。

# step 2  写入Linux的环境中，方便全局调用

# 写入.bash_profile 中

$:cd                         #输入后回车
$:ls -a                      #找到 miniconda3
$:cd miniconda3
$:cd bin
$:pwd 
/home/zflan/miniconda3/bin

复制上面这个bin的目录，备用。
$:cd 
$:ls -a 
$:vi .bash_profile           #编辑.bash_profile
$:i

# .bash_profile

# Get the aliases and functions
if [ -f ~/.bashrc ]; then
	. ~/.bashrc
fi

export PATH=$PATH:/home/miniconda3/bin

# 按Esc  退出编辑
$::wq!                     #  :wq! 表示保存退出（英文格式字符，不要用中文）

$:source .bash_profile     #   更新文件，就可以全局调用了。

# step 3  添加conda 镜像

这里有很多用清华镜像的，我的和他们不同。注意区分。

随便那个路径运行下面的命令

$:conda config --add channels defaults
$:conda config --add channels bioconda
$:conda config --add channels conda-forge

安装软件做示例

conda search trinity

 这里出现了版本号码，比如我们下载trinity

$: conda install trinity              #以后下软件你就用这个。

 装软件的过程中出现这种的你就按提示输入  y 

 这样就下载完了，验证一下trinity验证

$: Trinity                #出现了这个就是安装成功了

 如果遇到其他环境问题：可能是你之前安装conda的时候写入过镜像。把那个镜像文件删除就行了，再重新配置镜像就行了（ step 3 ）

$:cd   
$:ls -a 
$:rm -f .condarc    #就是这个文件，把他删除了。

路漫漫其修远兮，吾将上下而求索

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