CentOS7 非root安装LAMMPS

CentOS7非root安装LAMMPS

1. mpich-3.4.2安装

①在Index of /static/downloads中下载mpich-3.4.2.tar.gz

②将tar文件上传服务器，cd读取该文件所在路径。tar -zxvf mpich-3.4.2.tar.gz ，将其解压。

③cd读取解压后的文件夹。

./configure –prefix=/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/mpich（输入安装位置）

④编译

make

⑤安装

make install

1. fftw-3.3.2安装

①在Index of /pub/fftw/中下载fftw-3.3.2.tar.gz

②将tar文件上传服务器，cd读取该文件所在路径。tar -zxvf fftw-3.3.2.tar.gz ，将其解压。

③在Linux中安装FFTW:

总共需要两次安装  

第一次安装就按下面的④配置就行

第二次安装时为了生成libfftwf.so的库文件，以f结尾的代表可以的数据类型是 float ，加上 --enable-float ，第一次安装的时候不能加这个选项，否则会出错。

④配置

./configure --enable-type-prefix --prefix=/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/fftw.3.3.2（输入安装位置） --with-gcc --enable-shared=yes

其中，

--enable-type-prefix 参数是为了同时使用single precision(单精度)和double precision（双精度），如果不使用它，最后只有以rfftw开头的文件被安装（real fftw）；

--prefix=  参数是设定安装目录；

--with-gcc   使用gcc编译器；

--enable-shared=yes  为了生成动态库.so文件  否则生成的都是.a 文件没法编译。

⑤第一次安装

make 编译

make install 安装.这一次安装完后，在安装目录中存在以dfftw和drfftw开头文件，但没有sfftw开头的文件

make clean 还需要安装一次，先清除.

⑥第二次配置

./configure --enable-float --enable-type-prefix --prefix=/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/fftw.3.3.2（输入安装位置）  --with-gcc --enable-shared=yes

其中，--enable-float 为了生成单精度计算的头文件和库文件，即以sfftw开头的文件。

⑦第二次安装

make  重新编译

make install   再一次安装，安装完后，目录中便会同时存在sfftw和dfftw开头的文件(用于复数函数/complex function的FFT变换)和srfftw与drfftw开头的文件（用于实数函数的FFT变换）

1. LAMMPS安装

①在LAMMPS Source Download Repository: .下载lammps-7Aug2019.tar.gz

②将tar文件上传服务器，cd读取该文件所在路径。

tar -xvf lammps-7Aug2019.tar.gz ，将其解压。

③cd /data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/lammps-7Aug19（安装目录）/src/MAKE

找到Makefile.mpi。以下标红部分需要修改。

# mpi = MPI with its default compiler

SHELL = /bin/sh

# ---------------------------------------------------------------------
# compiler/linker settings
# specify flags and libraries needed for your compiler

CC =        g++ -std=c++11
CCFLAGS =    -g -O3 
SHFLAGS =    -fPIC
DEPFLAGS =    -M

LINK =        g++ -std=c++11
LINKFLAGS =    -g -O3
LIB = 
SIZE =        size

ARCHIVE =    ar
ARFLAGS =    -rc
SHLIBFLAGS =    -shared

# ---------------------------------------------------------------------
# LAMMPS-specific settings, all OPTIONAL
# specify settings for LAMMPS features you will use
# if you change any -D setting, do full re-compile after "make clean"

# LAMMPS ifdef settings
# see possible settings in Section 2.2 (step 4) of manual

LMP_INC =    -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64

# MPI library
# see discussion in Section 2.2 (step 5) of manual
# MPI wrapper compiler/linker can provide this info
# can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial
# use -D MPICH and OMPI settings in INC to avoid C++ lib conflicts
# INC = path for mpi.h, MPI compiler settings
# PATH = path for MPI library
# LIB = name of MPI library


MPI_INC =        -I/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-shi/mpich4/include -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1
MPI_PATH =       -L/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-shi/mpich4/lib
MPI_LIB =       -lmpich -lmpi -lpthread

# FFT library
# see discussion in Section 3.5.2 of manual
# can be left blank to use provided KISS FFT library
# INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings
# PATH = path for FFT library
# LIB = name of FFT library

FFT_INC =        -DFFT_FFTW3 -DFFT_SINGLE -I/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/fftw.3.3.2/include
FFT_PATH = -L/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/fftw.3.3.2/lib
FFT_LIB =    -lfftw3 -lfftw3f -lm

# JPEG and/or PNG library
# see discussion in Section 2.2 (step 7) of manual
# only needed if -DLAMMPS_JPEG or -DLAMMPS_PNG listed with LMP_INC
# INC = path(s) for jpeglib.h and/or png.h
# PATH = path(s) for JPEG library and/or PNG library
# LIB = name(s) of JPEG library and/or PNG library

JPG_INC =       
JPG_PATH =     
JPG_LIB =    

# ---------------------------------------------------------------------

④cd /data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/lammps-7Aug19（安装目录）/src

⑤make mpi进行安装

⑥如果安装失败，需要重新安装。先输入make clean-all，再重复⑤。

编译成功会在src中生成lmp_mpi文件。

⑦vi ~/.bashrc

再.bashrc后面输入

# mpich environment variable

export MPI=/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-shi/mpich4（mpich所在位置）

export PATH=$MPI/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=$MPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export MANPATH=$MANPATH:$MPI/share/man

export INFOPATH=$INFOPATH:$MPI/share/man

export INCLUDE=$MPI/include:$INCLUDE

# fftw environment variable

export PATH=/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/fftw.3.3.2（fftw所在位置）/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH =/data/gpfs01/zszhang/apps/lammps-zy/fftw.3.3.2（fftw所在位置）/lib:$LD_LIBRARY_PATH

按Esc退出编辑。

在命令行中输入:wq，保存并退出。

输入source  ~/.bashrc ，进行编译。

安装完成。