VASP计算新手礼包：基于CentOS 7.6 系统安装VASP 5.4.1

最新推荐文章于 2024-06-18 22:30:33 发布

子非鱼c

最新推荐文章于 2024-06-18 22:30:33 发布

阅读量2.9w

点赞数 55

分类专栏： VASP 文章标签： VASP CentOS7 VASP安装 VASP编译

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_35548961/article/details/87943407

版权

VASP 专栏收录该内容

1 篇文章 2 订阅

订阅专栏

2020-9-24更新：更新VASP5.4.1网盘链接：
链接：https://pan.baidu.com/s/1n9C9CmF0j7iMilo1cPe1cA
提取码：69dj

2019-9-9 更新：因有人反馈最后编译vasp5.4.1的时候出现cp: cannot stat ‘src/.objects’: No such file or directory 的错误，因此在网盘中更新了 VASP5.4.1未解压版本的源文件，请后续安装的朋友自行下载，并在Linux系统中解压获得 VASP.5.4.1 及 VASP.5.lib 文件夹，其他步骤不变

========================== =分割线= ================================

同为Linux系统，Cent OS 系统更适用于计算科研人员的使用。在没有参考教程，编译一个之前没接触过的新型科研类程序的情况下，Cent OS 比 Ubuntu 更容易成功、遇到的困难更少。因此，本文将详细介绍基于目前最新版本（截止2019.2.28）的Cent OS 7.6 如何安装VASP 5.4.1（适用于零基础小白）。

一、前言

笔者能够在零基础情况下成功编译VASP，网传最广的VASP编译教程：教你从头编译VASP-5.4.1及CSDN博客上各位大神的安装记录功不可没。因此，特撰写该教程，回馈各位朋友，也希望能够为刚从事材料计算的小白贡献绵薄之力。
实践证明，参照教你从头编译VASP-5.4.1中楼主的步骤能够成功编译VASP 5.4.1，但时至2019，教程中的配置（Cent OS 6.6+intel 2011+openmpi 1.6.5+fftw 3.3.4+vasp 5.4.1）看起来有些“落后”。为使VASP保持最高效率运行，笔者尝试更新各个软件的版本，并使VASP 5.4.1 能够基于新版本的Cent OS、intel、openmpi、fftw下被成功编译。于是乎，本文就此诞生。

二、Cent OS 下VASP 5.4.1的安装配置

Cent OS 7.6 64位
Intel-parallel_studio XE 2019
openmpi 3.1.3
fftw 3.3.8
vasp 5.4.1
VMware Workstation Pro 14

三、详细安装步骤

（一） VMware Workstation Pro 14

为方便整个安装教程的记录截图，笔者将使用虚拟机安装Cent OS 7.6 进行整个安装过程。另外，对于首次接触Linux系统的人而言，强烈建议在虚拟机上安装Cent OS进行操作，避免未知错误导致系统崩溃需要重装。VMware Workstation的安装教程网上颇多，在此不再赘述。

（二）安装Cent OS 7.6

首先，请在Cent OS官网：https://www.centos.org/download/ 下载Cent OS 7.6 系统镜像iso文件，在按以下步骤安装系统。

打开VMware Workstation Pro 14→Workstation→文件→新建虚拟机，点击下一步
硬件兼容性选择Workstation 14.x
选择稍后安装操作系统
版本选择CentOS 7 64位
命名虚拟机名称及储存位置（注意选择剩余空间超过50GB的盘，存储虚拟机系统）
根据你的主机配置选择可为虚拟机提供的CPU，笔者为其提供了双核CPU。
选择虚拟机运行内存配置（注意这里选择2GB以上内存，Intel-parallel_studio XE 2019 安装过程中某个程序要求在2GB内存以上配置方可运行）。
网络类型选择（NAT），该种网络类型只要主机网络没问题，虚拟机也就可以直接联网，无需其他配置。
选择推荐项即可
同上
下一步
选择主机可为虚拟机提供的磁盘容量，为避免后续安装各类软件及存储VASP计算结果文件，将磁盘容量选大些，笔者选择50GB
该文件就是整个虚拟机的存储形式，用VMware workstation打开该文件就可启动你安装好的虚拟机系统，下一步
点击自定义硬件
点击新CD/DVD（IDE），在连接栏选择使用ISO映像文件，浏览→选择你下载的CentOS 7.6的镜像iso文件，然后关闭，点击完成。
点击开启虚拟机，进入CentOS 7.6的安装之旅。后续Cent OS 7.6 的安装请参考Cent OS 7.5 系统安装，笔者与其不同的是安装了英文版Cent OS 7.6。

（三）正式安装前的环境配置及程序准备

打开CentOS 7.6系统，进入root用户。

1.将yum配置为阿里云的镜像

因为后续需要使用yum命令更新系统文件，为避免yum命令下载过慢，我们先将yum的下载镜像更换为国内阿里云镜像。
配置代码如下：

wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-7.repo
yum makecache

2.32位库环境配置

根据网上流传经验，不安装32位库，将会导致Intel-parallel_studio XE 2019安装过程报错，所以，我们在所有安装开始之前，先配置好所涉及的32位库文件。具体过程如下：
分别使用以下命令，将所查找到的所有文件，使用yum install 文件名更新或安装。

yum list libstdc*  
yum list glibc* 
yum list libgcc*

更新、安装好后再输入这三个命令查看是否已经安装完毕，特别注意以.i686为后缀的文件一定要安装好，那就是32位库文件。
安装好后检查一下，例如，使用 yum list libstdc*命令检查可见，所有安装包都可在Installed Packages一栏中找到。在这里插入图片描述

3. Intel-parallel_studio XE 2019 安装

（1）程序准备

Intel-parallel_studio XE 2019可以在官网免费注册账户并下载（使用邮箱申请序列号以及license文件。在安装之前准备好有效的License文件，安装过程需要用到）。

官网：https://software.intel.com/en-us/parallel-studio-xe

（2）安装过程

将Intel-parallel_studio XE 2019安装包与License文件一起放入虚拟机中，打开安装包所在目录终端界面，输入以下命令

tar -zvxf parallel_studio_xe_2019_update2_cluster_edition.gzip #解压
cd parallel_studio_xe_2019_update2_cluster_edition #进入intel 2019 的安装目录
sh install.sh #运行安装脚本

安装开始，具体操作步骤如下：
在这里插入图片描述
安装过程步骤：

Enter回车，跳过欢迎界面；
一直按空格到，可以输入accept，接受协议；
输入 1 ，Enter回车，同意，接下来进入安装前的检查，等待几分钟；
检查完毕，这里因为我们在虚拟机中运行系统，所以会显示一个错误，回车跳过即可，没有影响；

在这里插入图片描述
5. 进入选择激活方式选择，输入2，回车，选择证书文件激活；

6. 回车，选择证书文件激活；

7. 输入证书文件的完整路径，回车，会显示激活成功，继续回车进入下一步；

8. 默认回车；

9. Intel-parallel_studio XE 2019 默认安装目录为/opt/intel，在此可以选择2，更改安装目录。笔者选择安装在/public/software/intel
在这里插入图片描述
回车

输入2，回车回输入安装目录/public/software/intel；

可以看到划线处的安装目录已更改，回车，进入安装；

10. 开始安装；

11. 安装成功！

（3）环境变量设置

打开终端界面，输入以下代码，进入~/.brshrc添加环境变量

vi ~/.bashrc

按方向键↓至文档末尾处，按I进入写入模式加入以下语句：

# intel 2019 environment variable
source /public/software/intel/bin/compilervars.sh intel64
source /public/software/intel/bin/ifortvars.sh intel64
source /public/software/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64
export PATH=/public/software/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187:$LD_LIBRARY_PATH

注意：/public/software/intel/部分根据你的安装路径替换。
按ESC退出，输入以下代码保存。

：wq！

回车后，再输入以下代码更新环境变量设置。

source ~ /.bashrc

（4）验证是否安装成功

输入 which icc ifort icpc mpiifort 检查环境变量是否设置成功，成功则显示路径。
输入 vi hello.f90，加入下列语句后，ESC，输入：wq！保存。

program main
write(*,*) "hello"
stop
end

继续输入ifort -o hello hello.f90，再输入./hello，屏幕显示hello，说明安装成功，如下图所示。
在这里插入图片描述

4. openmpi 3.1.3 的安装

网传可用Intel-parallel_studio XE 2019自带的mpi编译器及fftw库进行编译安装vasp，可惜笔者根据相关教程都未能成功编译，所以，本文教程仍然借助openmpi及fftw来编译vasp5.4.1。一开始，笔者尝试安装了openmpi最新版本4.0.0，可惜在最后编译VASP时会出现不明错误，因此openmpi仅更新至3.1.3 版本。

（1）程序准备

在终端页面输入 wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v3.1/openmpi-3.1.3.tar.gz 下载，完成后逐步输入以下命令：

tar zxvf openmpi-3.1.3.tar.gz
cd openmpi-3.1.3/
./configure --prefix=/public/software/openmpi-3.1.3 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
make 
make install

注意：/public/software/openmpi-3.1.3为安装目录，可自行替换。

（2）环境变量设置

方法同上，在~/.bashrc中加入以下语句：

# openmpi 3.1.3 environment variable
if [ -f /public/software/intel/bin/ifortvars.sh ]; then
        source /public/software/intel/bin/ifortvars.sh intel64 2> /dev/null
        export MPI=/public/software/openmpi-3.1.3
        export PATH=$MPI/bin:$PATH
        export LD_LIBRARY_PATH=$MPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH
        export MANPATH=$MANPATH:$MPI/share/man
        export INFOPATH=$INFOPATH:$MPI/share/man
fi

注意：安装路径如有不同请自行替换。
最后输入source ~ /.bashrc，更新环境变量。

（3）验证是否成功安装

输入which mpirun mpif90 检查环境变量是否设置成功，检查环境变量是否设置成功，成功则显示路径。
在openmpi-3.1.3安装包路径中（注意是安装包路径！！），输入以下命令：

cd examples/
make
mpirun --allow-run-as-root -np 2 hello_c # 数字 2 为使用双核运行文件hello_c

出现以下界面则安装成功。

5. fftw 3.3.8的安装

（1）程序准备

在终端界面输入 wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz下载，完成后逐步输入以下命令：

tar zxvf fftw-3.3.8.tar.gz
cd fftw-3.3.8/
./configure --prefix=/public/software/fftw-3.3.8 --enable-mpi F77=ifort F90=ifort
make 
make install

注意：/public/software//fftw-3.3.8 为安装目录，可自行替换。

（2）环境变量设置

方法同上，在~/.bashrc中加入以下语句：

# fftw 3.3.8 environment variable
export PATH=/public/software/fftw-3.3.8/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/fftw-3.3.8/lib:$LD_LIBRARY_PATH

注意：安装路径如有不同请自行替换。
最后输入source ~ /.bashrc，更新环境变量。

（3）验证是否成功安装

检查 “/public/software/fftw-3.3.8/lib/libfftw3_mpi.a”文件是否存在，若存在，则安装成功。

6. VASP 5.4.1 的安装

（1）程序准备

在网盘：https://pan.baidu.com/s/1J4ChvvxIkiCXSq19FOMJMw 提取码：ce6z
下载我已准备好的makefile.include、vasp.5.4.1、vasp.5.lib，将其放入/public/software/vasp/ （可替换为你的安装路径）下，进入vasp.5.4.1目录。

（2）makefile.include文件修改及安装

将makefile.include放入vasp.5.4.1目录下，在其中找到以下三行变量，将路径修改为自己的安装路径。

MKLROOT =/public/software/intel/mkl
OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /public/software/fftw-3.3.8/lib/libfftw3_mpi.a
INCS =-I/public/software/fftw-3.3.8/include

例如，笔者Intel-parallel_studio XE 2019的安装路径为/public/software/intel/，fftw 3.3.8 的安装路径为/public/software/ffftw-3.3.8/，所以更改如上。
2. 输入make all开始安装编译VASP.5.4.1，如果编译过程出错，键入make veryclean清理上次编译失败的文件之后再进行新的尝试。
如果编译成功，将在/bulid/目录下分别存在/std/、/gam/、/ncl/三个文件夹，每个文件夹内都包含一个可执行的vasp文件，分别对应std、gam、ncl三个版的vasp程序。

（3）验证是否成功安装

任意准备四个输入文件INCAR、KPOINTS、POTCAR、POSCAR，打开该目录的终端界面，输入vasp程序路径：/public/software/vasp/vasp.5.4.1/build/std/vasp，直接运行std版VASP。
还可通过命令mpirun --allow-run-as-root -np 2 /public/software/vasp/vasp.5.4.1/build/std/vasp 运行std版VASP。
如果运行过程无报错，输出文件正常无误则安装成功。
经笔者亲测，该配置下编译的VASP5.4.1计算速率有所提升！成功达到目的！

四、感谢

在摸索VASP5.4.1的安装过程中，感谢贡献以下资料的博主。
https://blog.51cto.com/dklwj/2146945
https://blog.csdn.net/qq_41881581/article/details/79893263
https://blog.csdn.net/donkeydog/article/details/84312795
https://blog.csdn.net/xinming_365/article/details/80048281
http://bbs.keinsci.com/thread-9366-1-1.html
http://blog.sciencenet.cn/blog-3311084-1137630.html
http://blog.sina.com.cn/s/blog_61fc08490102wylx.html
http://bbs.keinsci.com/thread-4267-2-2.html

一入VASP深似水，希望本文的教程能为刚入门倒腾VASP的小伙伴点亮前行路上的第一盏明灯吧~ 如果有幸被大佬看到本篇教程，如有改进之处，还请不吝赐教~

子非鱼c

关注

55
点赞
踩
220

收藏

觉得还不错? 一键收藏
61
评论
VASP计算新手礼包：基于CentOS 7.6 系统安装VASP 5.4.1

同为Linux系统，Cent OS 系统更适用于计算科研人员的使用。在没有参考教程，编译一个之前没接触过的新型科研类程序的情况下，Cent OS 比 Ubuntu 更容易成功、遇到的困难更少。因此，本文将详细介绍基于较新版本的Cent OS 6.8 如何安装VASP 5.4.1（适用于零基础小白）。一、前言笔者能够在零基础情况下成功编译VASP，网传最广的VASP编译教程：教你从头编译VAS...
复制链接

扫一扫