三因素方差分析(Three-way ANOVA) R语言

你能看出下面这两个命令的区别吗？

summary(aov(A~B*C*D, data=E))

summary(aov(A~B*C*D-B*C*D, data=E))

summary(aov(A~B*C*D, data=E))

aov() 函数用于执行方差分析（ANOVA）

summary() 函数来对 aov() 函数的结果进行摘要统计

因变量是A，而自变量是B、C和D，并且数据来自数据框 E。

summary(aov(A~BCD, data=E)) 的输出将提供以下几个关键统计量：

1. 方差分析表（ANOVA table）：该表列出了各个因素的方差分解、自由度、均方（mean square）以及与因变量之间的 F 统计量和显著性水平。它可以帮助我们了解不同因素对因变量的影响程度及其统计显著性。

2. 每个因素的效应估计：对于每个因素（B、C、D）以及交互作用（BC、BD、CD、BC*D），summary() 函数将给出各个效应的估计值、标准误差、t 统计量和显著性水平。这些效应估计可以用于判断各个因素是否对因变量产生显著影响。

3. 残差（Residuals）：摘要统计中还会给出关于残差的一些统计指标，如残差的均值、标准误差以及最小值和最大值。残差是因变量与因素效应之间的差异，它提供了评估模型拟合优度的信息。

4. 模型拟合统计信息：summary() 函数还会提供一些关于整个模型拟合质量的统计指标，如调整 R 平方值、F 统计量和 p 值等。这些指标可以帮助我们判断整个模型拟合是否显著，并对模型进行评估。

summary(aov(A~B*C*D-B*C*D, data=E))

因变量是 A，自变量是 B、C 和 D

但是在模型中，移除了 BCD 这个交互作用项。数据来自数据框 E。

接下来，将通过 summary() 函数对 aov() 函数的结果进行摘要统计。

summary(aov(A~BCD-BCD, data=E)) 的输出将提供以下几个关键统计量：

1. 方差分析表（ANOVA table）：该表列出了各个因素的方差分解、自由度、均方（mean square）以及与因变量之间的 F 统计量和显著性水平。因为在模型中移除了 BCD 这个交互作用项，所以方差分析表中不会出现 BCD 的 F 统计量和显著性水平。这个表可以帮助我们了解其他因素对因变量的影响程度及其统计显著性。

2. 每个因素的效应估计：对于每个因素（B、C、D）以及交互作用（B*C），summary() 函数将给出各个效应的估计值、标准误差、t 统计量和显著性水平。这些效应估计可以用于判断各个因素是否对因变量产生显著影响。

3. 残差（Residuals）：摘要统计中还会给出关于残差的一些统计指标，如残差的均值、标准误差以及最小值和最大值。残差是因变量与因素效应之间的差异，它提供了评估模型拟合优度的信息。

4. 模型拟合统计信息：summary() 函数还会提供一些关于整个模型拟合质量的统计指标，如调整 R 平方值、F 统计量和 p 值等。这些指标可以帮助我们判断整个模型拟合是否显著，并对模型进行评估。

总结

这两个代码都是在R语言中进行方差分析（ANOVA）的操作，主要是用于对线性模型的拟合效果进行检验以及分析自变量和因变量之间的相互影响。

第一个代码summary(aov(A~B*C*D, data=E))中：我们使用aov()函数对数据框E中的因变量A与三个自变量B、C和D之间的交互作用进行了方差分析。具体来说，该模型可以看作为：

A = B + C + D + B:C + B:D + C:D + ε

其中，ε为误差项。此外，BCD表示在B、C和D三个变量下的交互作用，也就是说，我们同时考虑了B、C和D对A的单独作用，以及它们之间的交互作用。

第二个代码 summary(aov(A~B*C*D-B*C*D, data=E))中：我们在第一个代码的基础上，通过减去BCD的交互作用，来将其当做一个嵌套模型，然后进行方差分析。这意味着我们将BCD的交互作用从模型中移除，只考虑B、C和D对A的单独作用。

总体来说，第一个代码用于检测三个自变量和因变量之间的交互作用，而第二个代码则用于检测自变量B、C和D对因变量A的单独作用。在数据分析过程中需要根据研究目的选择适当的模型进行分析。